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即使这样，路易还不能拯救他的灵魂，因为法国尚有150万新教徒。马扎然继续黎塞留的政策，保护胡格诺派教徒的宗教自由，只要他们在政治上顺服就好。柯尔伯也认识到他们在法国商业与工业上的重要性。1652年，路易确认他祖父亨利四世1598年颁布的《南特诏书》。1666年，他又表示赞扬胡格诺派教徒在投石党作乱时的忠诚。但令他悲哀的是，法国不能在宗教上如同政治上一样统一，约1670年他在回忆录里写下预示性的一段：
至于为数不少的臣民信奉的所谓“改革的宗教”，是一个罪恶……我对之非常悲哀……对于我来说那些好使用矫枉过正方法的人不知道这个罪恶的性质，那部分是由心灵的热诚引起，就应该让它过去，在不自觉中消失，而不应以如此强烈的对立重新激起它……为了逐步削弱国内的胡格诺派教徒的势力，我相信最好的方法是，第一步，不再以任何新的严刑峻法胁迫他们（那样做的结果已经可以从我的前任们看见），而是只给予他们司法与礼仪所能允许的最低限度。
在这里，我们看见一种真正不宽容的态度。这是一位以波舒哀的话——一个国王，一个法律，一个宗教——为格言的绝对君主的观点，不再有黎塞留的宽容。黎塞留任命有能力的人任职，不论他信奉什么教派，但路易继续表示将只任命优秀的天主教徒以职位，以为如此可以鼓励悔改。
法国教会从来没有赞同《南特诏书》中保证的宗教宽容。1655年，一个教士会议要求更为严格地诠释诏书的内容。1660年的教士会议要求国王关闭所有的胡格诺学院与医院，不许他们加入公职。1670年的会议建议年龄达到7岁的儿童应视为在法律上有能力弃绝胡格诺派异端，那些能做到这一点的儿童应将他们与其父母分离。1675年的会议要求宣布所有的天主教徒与胡格诺教徒之间的通婚均为无效，这种婚姻的子女应视为私生子。虔敬的教士，如贝律尔红衣主教，认为只有国家强制的压迫才是对付新教主义切实可行的办法。高级教士一个接一个向国王进言，他们的理论，政府的稳定基于社会秩序，社会秩序基于道德，社会如无全国统一的宗教支持，道德势将瓦解。天主教的信徒也拥护这种理论。地方上，行政官报告市镇中不同教派之间的冲突——天主教徒攻击新教的教堂、墓地与住宅，而新教徒也加以报复。
路易违背了他个性中的优点，一点一点地屈服于这些鼓动。由于随时需要钱用于战争与享乐上，他发现教士可以供给他大批捐款，只要他接受他们的观点。其他因素也驱使他走向同一条路。他曾鼓励——应该说是贿赂——查理二世使英国转向天主教，现在如何能让新教在法国存在？难道新教徒没有在1555年的《奥格斯堡和约》（Peace of Augsburg）与以后的其他条约中，同意“统治者的宗教须成为该国臣民义务性宗教”这一原则吗？难道德国与联合省的新教统治者没有驱逐那些坚持不同信仰的家庭吗？
从路易实际主政开始，他和他的首相就发布一连串的诏令，逐步趋向撤销宗教宽容的敕令（南特）。1661年，他宣布靠近瑞士边界的热克斯行省的（province of Gex）新教崇拜为非法，理由是热克斯是在《南特诏书》颁布后才归入法国的。但那一省中有1.7万名新教徒，只有400名天主教徒。1664年，除了天主教徒外，要在行会中升至师傅都变得非常困难。1665年，年满14岁的男孩与12岁的女孩均被授权改信天主教，离开他们的父母，此后其父母须付出一笔年金支持其生活。1666年，禁止胡格诺派教徒建立新学院，或继续维持教育青年贵族的学院。1669年，若再发现胡格诺派教徒的移民，他们将被逮捕，他们的财产将被充公。任何人只要协助胡格诺派教徒移民，将被处以终生苦工船役。1677年，路易捐建一项悔改基金，每一个改信天主教的胡格诺派教徒能从中得到约6利维尔。为了保证悔改信仰得以持久，路易下诏（1679年）驱逐任何恢复原来信仰的悔改者，将其财产充公。这时，由于勃兰登堡选帝侯的抗议，柯尔伯抱怨这些措施将影响贸易，及路易本人的赴战，暂时中止了迫害。1681年，他再度结婚，与一夫一妻制的天主教义协调后，他再次展开对胡格诺派教徒的圣战。现在他告诉他的大臣，他感到无可推诿的责任去影响他所有的臣民悔改及禁绝国内的异端。1682年，他发布一篇文告，命令所有的新教牧师读给会众听，文告中威胁胡格诺派教徒犯有比以往都要恐怖并足以致死的罪恶。在此后的3年中，全国815个胡格诺教堂中有570个关闭了，许多教堂被拆毁，教徒们企图在教堂废墟中崇拜时，他们遭受处罚，被视为国家的叛徒。
这时，龙骑兵的武力迫害已经开始。在法国，有个古老的习俗，军队须驻于民家，食宿由民家供应。1681年4月，当时的战争部长卢瓦向路易建议，两年内改信天主教的人家得以免除被派定为驻兵之户。路易便如此下令了。卢瓦于是指示普瓦图与利穆赞（Limousin）两省的军事将领派遣龙骑兵驻扎于胡格诺派教徒家中，特别是有钱人家中。在普瓦图的统帅马里亚克（Marillac）暗示他的部队，他不反对他们对这些异教家庭发泄一点使徒的愤怒。于是这些士兵在胡格诺派教徒家中奸淫掳掠，无所不为。路易听到这些情形后责备马里亚克，暴行仍不停止，他将马里亚克撤职。5月19日，他下令停止悔改家庭免派驻兵的办法，并谴责某些地区对教徒的暴行。卢瓦通知各省区长官武力迫害异教可以继续下去，但须小心不要让国王知道。于是武力迫害遍及法国大部分，使成千的新教徒悔改，某些省市——蒙彼利埃、尼姆和贝阿恩地区——全部转向天主教信仰。大多数的胡格诺派教徒在惊恐中假装悔改，但也有成千的教徒违抗命令，抛弃家庭与财产越过边界或逃往海外。有人告诉路易，现在法国只有很少数的胡格诺派教徒，因而《南特诏书》已不具有意义了。1684年，教士大会向国王请愿，《南特诏书》应完全废除，“耶稣基督不受阻碍的统治……应在法国重新建立”。
1685年10月17日，路易宣告废除《南特诏书》，因为现在法国几乎全是天主教徒，《诏书》不再需要。所有胡格诺派教徒的崇拜与学校教育此后被禁绝。所有胡格诺教派的聚会所被摧毁或改建成天主教堂。胡格诺派教士被勒令在两星期内离开法国，但其他胡格诺派教徒的移民则严加禁止，违者将罚以苦工船的终生劳役。移民的财产一半分给告密者。所有出生在法国的孩童均须接受施洗，并须在天主教信仰中长大。最后，允许少许遗留的胡格诺派教徒获准在某些城市居住。这一条款在巴黎及其郊区照章实行。胡格诺教派的商人受到警方的保护，在巴黎附近地区再没有武力迫害，凡尔赛宫的舞会继续下去，国王可以问心无愧地安眠。但在其他地区，在卢瓦的唆使下，武力迫害继续进行，固执的胡格诺派教徒被强掠与折磨。研究《南特诏书》之所以被撤销的法国权威米什莱说：
除了谋杀以外，士兵们什么都做到了。他们命令胡格诺派教徒不停地跳舞直到精疲力竭，把他们包在毯子里在地上滚动，用滚热的开水灌进他们的喉咙……他们鞭打教徒的脚掌，拔他们的胡须……用蜡烛灼烧他们的手臂与脚……强迫他们用手握住燃烧的煤炭……士兵们捉住许多人的脚，把它们放在大火上烧……他们强迫妇女赤身裸体站在街上，受过路人的辱骂讥嘲。他们把一个正在喂奶的母亲绑在床柱上，令她的婴儿哭喊着要奶吃，当她张口哀求时，他们把口水吐进她嘴中。
米什莱认为，这次1685年的神圣恐怖，远胜于1793年的革命恐怖。约有40万的悔改者被强迫望弥撒、领圣餐，有些人走出教堂后将口含的圣饼吐出则被判活活烧死。顽抗的胡格诺派教徒，男人被关在地牢中或没有暖气的囚房中，女教徒则被囚禁在修道院，但修女们对待她们相当慈悲。
有两个省份抵抗得特别顽强，其中多菲内的沃杜瓦（Vaudois）与萨伏依的皮德蒙特我们以后将提到。在朗格多克的色维尼山脉（the Cevennes range）山谷中，成千的“悔改者”依旧秘密保持他们的信仰，等待时机。他们的“先知”声称接受神的指示，向他们保证时候已将临近。西班牙王位继承之战爆发时，这些农民组成一个叛变团体称作“卡米萨”（Camisards），团员着白衬衣以便晚间相互辨识。他们发动一次袭击，杀死了谢拉教长（Abbé du Chayla），后者曾以特别残酷的手段迫害他们。但一队士兵被派到这里来，不分情由地屠杀他们，并摧毁了他们的房舍与农作物（1702年）。少数生还者继续顽抗，直到维拉尔（Villars）出面调解，劝服他们安静下来。
1660年，居住在法国的150万胡格诺派教徒，约有40万人在《南特诏书》撤销的前后十年间，冒着生命危险逃出边境。在这段苦难日子中，无数的英勇故事流传下来。新教国家欢迎这些逃亡者。日内瓦，一个1.6万人的城市，容纳了4000名胡格诺派教徒。查理二世与詹姆士二世，尽管本人是天主教徒，却对胡格诺派教徒提供不少物质援助，并减低他们加入英国经济与政治生活的困难。勃兰登堡选帝侯给他们如此友善的接待，1697年柏林1/5的人口是法国人。荷兰也大开欢迎之门，建筑数千房舍以容纳新来者，借钱给他们重建事业，给他们全部公民权。荷兰天主教徒、新教徒与犹太人合作，为胡格诺教派难民募集捐款。心怀感激的难民不但繁荣了联合行省的贸易与工业，还加入英国与荷兰的军队中与法国作战。其中有些人跟随威廉三世到英国协助他对抗詹姆士二世。法国加尔文派教徒舒姆贝格元帅（Schomberg）曾为路易十四赢得胜仗，现在率领英军与法国作战，1690年在博因河战役中击溃了法军，而他自己不幸阵亡。胡格诺派教徒在每个接纳他们的地方贡献他们在手工艺、商业与财政上的技术。全欧的新教国家都从法国天主教的胜利中获得好处。伦敦市一整个区都住满法国丝织工人。英国的胡格诺派教徒成为将英国思想传到法国的媒介，他们将培根、牛顿与洛克的思想介绍到法国。
有一小部分法国天主教徒曾私下谴责《南特诏书》撤销时期的屠杀，并秘密给许多难民协助与掩护，但大多数法国人欢呼胡格诺教派的摧毁是国王最伟大的成就。他们说，现在法国终于成为天主教的统一国家。当时最著名的作者——波舒哀、费奈隆、拉封丹、拉布吕耶尔，甚至詹森教派的阿诺德，都交口称赞路易完成了一项他们认为是全国民意的工作。塞维涅夫人写道，没有比这更好的事，没有一个国王曾做过或会做出更值得纪念的事。路易本人也快乐地认为他完成了一件不愉快但神圣的工作。圣西蒙说：
他相信自己已恢复了使徒们传道的日子……主教们为他写颂辞，耶稣会教士的布道无非是对他的赞扬……他听到的都是颂赞，然而真正诚心的天主教徒内心痛苦地见到正统教派对待错误与异己的态度，正像暴君与异教徒曾经对待真理、忏悔者与烈士一样，但他们也未必做得出如此偏激与亵渎神圣的事。
圣西蒙与沃邦是少数法国人中，首先明白驱逐这么多勤谨的公民将对法国经济造成巨大损失的人。卡昂丧失了织布工厂，里昂与图尔失去了3/4的丝纺织机。昂古姆瓦的60个纸浆磨坊中只剩下16个，梅济耶尔镇上的109家店铺只剩下8家，图尔的400家制革厂只剩下54家。马赛港口由于失去许多国家的市场而衰落。那些国家中，得胡格诺派教徒之助，生产出原来是从法国进口的产品。法国由柯尔伯一手重建的经济部分被破坏了，他费大力发展的工业现在在那些与法国竞争的国家中繁荣。由于工业收入大量减少，政府复又落到从柯尔伯手中挣脱出来的高利贷者手中。法国海军失去了9000名水手，陆军失去了600名军官与1.2万名士兵。也许这些损失部分造成了法国对西班牙的王位继承战的失败，几乎动摇了国家根基。由于法国对新教迫害的野蛮手段及日后新教移民的诉愿，更加强了欧洲新教国家联合对抗法国的决心。
《南特诏书》的撤销也许直接有助于法国生活中的艺术、风气与典雅。加尔文教派的精神，其弃绝装饰、图像的过分沉重的态度，压抑了艺术、优雅与机智：一个清教徒的法国是反常的，而且是一个错误。《南特诏书》的撤销，对法国宗教却是一大灾害。现在法国天主教徒的心目中，在天主教与不信者之间再无任何回旋余地。在瑞士、德国、荷兰与英国，还有新教主义来表示对教会的反叛，但法国再没有这种表示反对的工具了。现在运用全盘怀疑的形式比公开的抗议（新教徒称为“抗议教徒”）安全得多。法国的文艺复兴由于没有受到新教主义的影响，在路易十四死后便直接进入启蒙时代。