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在宫廷和整个国家中，宗教改革的激烈争斗不断，构成一个严重的问题，许多人认为这将会困扰、毁灭女王。她是新教徒，可是全国有2/3或3/4的人口为天主教徒，多数司法官和全国僧侣皆为天主教徒，新教只在南方港口和工业城市发展。他们在伦敦占优势，欧陆各国的难民进入该城，使新教徒人口剧增，但在北方和西方的乡村里——几乎完全是农业地区——他们是微不足道的少数人。不过，新教徒远较天主教徒热心。1559年，约翰·福克斯（John Foxe）出版《教内事件述评》一书，热烈地描述新教徒在前朝受到的迫害。该书于1563年被译为《伟绩与丰碑》（Actes and Monuments），更出名的叫法是《殉道书》（The Book of Martyrs），对英国新教徒影响至深，历时一个世纪之久。16世纪的新教代表一种为将来而战的新思想的热能，天主教则具有深植于传统信仰和生活方式的力量。
在少数派的逐渐增加中，宗教纷争已经产生了怀疑主义——甚至到处产生无神论的主张。教派之间的冲突、抨击、互不宽容及基督徒信念与实际行为之间的强烈对照，促使某些抱实际观念者怀疑所有神学的价值。罗杰·阿谢姆在《教师》（Scholemaster，1563年）一书中说：
意大利人首先以《圣经》攻击英国裔的意大利人，意指他们生活的虚荣不比他们在宗教上的猥亵意见更厉害……他们重视西塞罗的《论政府》一书比保罗的书信更甚，他们重视薄伽丘《十日谈》中的故事较《圣经》故事为甚，而且他们把基督教神灵奇事视为寓言。他们认为基督及其《四福音书》只对教化人民的方策有利，是以不管任何宗教（新教或天主教）对他们均无所谓好坏。有时他们公开推广这种宗教，可是在某地他们又在私底下诋毁它们……在他们敢于言说的地方，和他们喜欢的友伴一起，他们就大胆地嘲笑，蔑视新教徒和天主教徒。他们对《圣经》毫不关心……他们嘲笑教皇，他们责骂马丁·路德……他们向往的天国就是让他们快乐和获利的地方。由此他们简单地宣告了他们的宗派：那就是在生活上主张伊壁鸠鲁派的享乐主义，在理论上则坚持无神论。
塞西尔抱怨（1569年）“那些嘲笑宗教的伊壁鸠鲁派和无神论者到处都是”；约翰·斯特赖普（John Strype）宣称（1571年）“许多人完全脱离教会，而且不再参与宗教礼拜”；约翰·李利（John Lyly）认为（1579年）：“从未见到异教有这么多的宗派……也未见到不信教的人有这种异端邪说，像现在的这些学者中的分歧一样。”神学家及其他人写书攻击无神论——不过那可能意味着信上帝而不信基督的神性。1579年、1583年和1589年，凡否认基督神性的人皆受火刑。有几位戏剧家——格林（Greene）、基德（Kyd）、马洛（Marlowe）——均为著名的无神论者。伊丽莎白时代的戏剧，在其他方面都能广泛地表现人生百态，唯独很少表现宗教纷争，反而出现了取材自异教神话的伟大戏剧。
在莎士比亚《爱的徒劳》（Love’s Labour’s Lost）一剧中，有两行意义模糊的句子：
哦！矛盾！黑色是地狱的徽志，
地牢的色彩及夜间的学院。
许多人把最后一句解释为意指在瑟本（Sherbrone）的雷利寓所的夜间集会，座中有雷利、天文家托马斯·哈里奥特（Thomas Harriot）、学者劳伦斯·基米斯（Lawrence Keymis），也包括诗人马洛、查普曼（Chapman）及其他人在内，讨论天文、地理、化学、哲学及神学。哈里奥特显然是这群人的领袖，据古董家伍德（Wood）的说法，“他对《圣经》有奇特的看法，而且总是低估创造世界的旧故事……他著有《哲学的神学》（Philosophical Theology），其中已扬弃了《旧约》”。他信神，可是拒绝基督的启示和神性的说法。耶稣会教士罗伯特·帕尔森（Robert Parsons）于1592年写道：“雷利爵士的无神论派……揶揄摩西和救世主、《新约》和《旧约》，而且这些学者不再重视上帝的特殊地位。”雷利被控曾静听马洛宣读一篇无神论的论文。1594年3月，政府设在多塞特（Dorset）的瑟恩寺（Cerne Abbes）——雷利的家就在该地——的委员会奉命调查邻近一群无神论者的谣言。就我们所知，当时并未立即采取行动，可是其后在雷利受审时（1603年），罪名之一却是无神论。在其《世界史》（History of the World）自序中，他特别提到要扩大其对神的信仰一事。
有人怀疑伊丽莎白抱有自由思想。格林说：“没有一个女人像她那样根本没有宗教观念。”依弗劳德（Froude）的看法：“伊丽莎白并没有明晰的情感上的信念……对于伊丽莎白来说，新教的教义并不比旧教为真……她对神学的教条主义抱着宽容又轻视的看法。”她吁请上帝——发着令其大臣惊怕的恶誓——毁灭她，以使她可以不遵守嫁与艾列森的诺言。可是在私底下对他的自夸，她屡加讪笑。她对一位西班牙使节表示，纷争中的基督教各派之间的差别是“小事一桩”——因而使他认为她是无神论者。
虽然如此，就像1789年以前的多数政府一样，她也认为这些超自然的力量和道德制裁的宗教，对社会秩序和国家稳定是不可或缺的，直到她稳固其地位为止。她一度显得摇摆不定，意在让天主教君王抱着她会改信旧教的希望。她喜欢天主教仪式、教士独身的生活及弥撒的富于戏剧性，假如不是唯恐屈服于教皇之下，她会与教会保持友好。她不相信天主教，因为那是一种外国强权，可能使英国人对教会的效忠超过对女王的忠贞。她在其父的新教熏陶中成长，那种新教等于没有教皇的天主教。她想在英国建立的就是这种宗教。她希望英国教会采取半天主教礼拜式，可以缓和乡间天主教徒的情绪，至于抗拒教皇，则可以满足城市的新教徒。她同时希望国家控制的教育使新的一代接受自己的这种措施，因而宗教纷争可以就此告一段落。在宗教方面，犹如其婚姻，她也迟疑不做决定，以便达成其政治目的，直到其强有力的敌人面对既成的事实。她让他们对她存有幻想而彼此分裂。
许多势力怂恿她完成宗教改革。欧陆改革者写信感谢她恢复新教，他们的信件感动了她。教会财产的占有者祈祷她做出有利于新教的决定。塞西尔劝她自己成为欧陆新教国家的领袖。伦敦的新教徒取下圣托马斯的铜像丢到街道上，表达他们信新教的情绪。其首届国会（1559年1月23日—5月8日）成员多为新教徒。国会毫无保留地拖延通过拨款的决议，并向所有人征税；无论是教会还是世俗人士。新的《统一法案》（Act of Uniformity，1559年4月28日）颁布克莱麦（Cranmer）的《通用祈祷书》（Book of Common Prayer），重订英国礼拜仪式，并禁止采用其他的宗教仪式。弥撒被废止了。法案还规定英国人均应参加国教的星期礼拜，否则应付出1先令以救济贫苦。一个新的《神圣法案》（Act of Supremacy，1559年4月29日）宣称伊丽莎白是英国不分世俗与宗教的各类事务的最高管理者，教士、律师、教师、大学生、地方法官及教会或皇家官吏均应起誓承认女王的最高地位；主张主要圣职的任命和教会的决定均由政府指定的高级宗教法庭发布；主张教皇在英国有权对初犯处以无期徒刑，再犯处死（1563年）。1590年，英国教会成为新教教会了。
伊丽莎白假装不压制舆论自由，她说，任何人只要不违背法律就可享有思想和信仰自由。其唯一要求是为了全国的团结须有表面的一致。塞西尔使她确信“宽容两种宗教的国家不可能有安全”——但是伊丽莎白仍要求信奉天主教的法国容忍新教徒。她不反对和平的伪善矫情，可是表达意见的自由不得转而解释为言论自由。在重要事件上有异议的传道士或被强迫缄默，或被解职；处置异端的法律重新确定范围并加强执行；唯一神教派和洗礼教派被宣告为非法；到伊丽莎白的统治结束，共有5名异端分子被焚杀——在当时，这个数目不算很多。
1563年，神学家的一项集会确立了新的教义。大家赞成预定论：上帝凭其自由意志，在创世之前，不管人类个体的善恶与否，已选择了某些人为其选民，注定得救，其余诸人则被扬弃受地狱的折磨。他们接受路德信仰得救之说——那就是说，选民的得救并不是因其善行，而是信仰上帝的慈悲及耶稣为救人类而流血。不过，他们采取加尔文教派的主张，认为圣餐是与基督在精神上而非物质上的交往。通过一项国会法案（1566年），规定此种新神学的“三十九条款”（Thirty-Nine Articles）为英国教士的义务，它们至今仍是英国正式国教的教义。
新的礼仪也是一种折中。弥撒虽已撤销，令清教徒看不惯的是，教士布道竟穿白袍法衣，主持圣餐则着长袍。圣餐礼竟须跪受，而且仍然使用面包与酒。向圣者祈祷的仪式已被每年追念新教的英雄取代。坚信礼和任命圣职礼仍然列为圣礼，但不再视为耶稣建立的圣礼，只在临死时人们才被鼓励向神父忏悔。许多祈祷书保留罗马天主教的形式，但披上英国的外衣，成为英国文学中辉煌的一部分。400年来，这些祈祷书和赞美诗，在庄严高贵的天主教和俭朴尊严的各教区礼拜堂中，由僧侣和会众朗诵，给予英国家庭灵感、安慰、道德纪律及精神上的和平。