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爱尔兰于1169年至1171年被英国征服，自此以后即被英国长期占领，理由是若不如此则它可能会成为法国和西班牙进攻英国的基地。伊丽莎白即位时，英国人在爱尔兰的直接统治只限于东海岸——“英国统治特区”——都柏林周围及南部，该岛其余地区则由爱尔兰酋长统治，他们仅在名义上承认英国的主权。爱尔兰与英格兰常年的斗争破坏了部族统治，导致爱尔兰的混乱，但也使爱尔兰产生许多诗人、学者及圣哲。全国大部分的土地仍是森林和沼泽地区，交通和运输的改善有赖于大胆的投资，土著凯尔特人约80万人民生活于近乎野蛮、几无法治的状态中。在爱尔兰特治区的英国人几乎同样贫穷，他们腐化，盗用公款、犯罪，增加伊丽莎白的麻烦。他们窃夺伦敦政府的财产就像抢劫爱尔兰农民一般。终伊丽莎白一朝，英国殖民者迫使爱尔兰地主和佃农“贫无立锥之地”。这些失去财产的人以暗杀来反抗，因而征服者与被征服者同样生活在不断的暴力和仇恨中。塞西尔认为，爱尔兰人反对英国的统治就如同“佛兰芒人反对西班牙人的压迫，是没有理由的”。
伊丽莎白的爱尔兰政策是基于她相信信奉天主教的爱尔兰会危及新教英国的安全。她强制爱尔兰全岛改信新教，禁止弥撒，关闭天主教修道院，废除在狭小的特区外围的公开礼拜。幸存的天主教神父只有躲藏起来，暗中为少数人举行圣礼。宗教和和平导致的道德消失殆尽，谋杀、偷窃、通奸及强奸案件层出不穷。爱尔兰领袖诉之教皇和菲利普二世，求其保护或协助。菲利普不敢侵入爱尔兰，唯恐英国人会入侵和协助荷兰，可他在西班牙建立的爱尔兰难民营和学校甚多。庇护四世派遣一位爱尔兰籍耶稣会教士戴维·沃尔夫（David Wolfe）至爱尔兰（1560年），沃尔夫具备他所属教会的勇敢和尽职的特性，因此能建立秘密教会，带进许多化装的耶稣会教士，恢复天主教徒的虔诚敬神和希望。酋长们心悦诚服，前仆后继反抗英人的统治。
其中最有力的酋长是蒂龙（Tyrone）的沙恩·奥尼尔（Shane O’Neill），他是传奇所歌颂及爱尔兰人愿为之战死的人物。他曾对付其阴谋篡位的兄弟，力守其“奥尼尔”的头衔，忽视十诫却崇拜教会。他阻止英国人的征服，冒生命危险访问伦敦，并与伊丽莎白结盟，得其支持，凯旋后不但统治蒂龙，而且统治阿尔斯特（Ulster）。他与强敌奥唐奈（O’Donnell）家族战斗，最后竟为其所败（1567年），他与一群定居于安特里姆（Antrim）的苏格兰移民麦克·丹奈尔（Mac Donnell）相偕逃亡时，被杀。
他死后的爱尔兰历史充满了叛变、集体屠杀及贵族纷争。菲利普爵士之父亨利·西德尼爵士忠诚地在伊丽莎白治下担任不为他人垂涎的职务达9年之久。他参加打败奥尼尔的工作，追捕并处死罗里·奥摩尔（Rory O’More），后被撤职（1578年），起因是其胜利的代价太过昂贵。沃尔特·德弗罗（Walter Devereux）是第一任埃塞克斯伯爵，在担任贵族代表的两年内，主要功绩是在安特里姆海岸以外的拉斯林岛（Rathlin）大肆屠杀。叛军麦克尼尔族人派遣卫士护送妻子和小孩、老弱和病人至该岛的安全处所，埃塞克斯派军队攻取该岛。该岛守军答应投降，条件是他们获允移居苏格兰。英军拒绝这个条件，他们无条件投降，包括妇孺和病人老弱在内共600人，均遭屠杀（1575年）。
伊丽莎白时期最大的叛变是杰拉尔丁族（Geraldine）在芒斯特（Munster）的叛变。许多人被俘及逃亡以后，詹姆士·菲茨莫里斯·菲茨杰拉德（James Fitzmaurice Fitzgerald）越过欧陆，调集一支混合西班牙人、意大利人、葡萄牙人、佛兰芒人及英国天主教流亡者的军队，登陆克立（Kerry）海岸（1579年），但他本人在一次与另一族人的战争中意外阵亡。其堂兄弟杰拉尔德·菲茨杰拉德（Gerald Fitzgerald）——第15代戴斯孟德伯爵（Earl of Desmond）——继续叛变，邻近的巴特勒（Butler）氏族在新教徒奥蒙德伯爵（Earl of Ormonde）的领导下，宣告支持英国。英国特区的天主教徒组成一支军队，击败新贵族代表洛德·格雷爵士（Lord Grey）新征集的军队（1580年），不久格雷又获得支援，由海陆两路围攻在斯梅里克湾（Smerwick）的戴斯孟德主力军。600名幸存的叛军发现无法抵抗格雷的火炮，当即投降乞求从轻发落。除了答应提供大笔赎金的军官外，其余不分男女均遭屠杀。英国对爱尔兰人以及本地氏族互相对抗的战争，把芒斯特毁坏得很厉害，以致“这年自丁格尔湾（Dingle）起至卡舍尔海峡（Cashel），听不到牛叫或农夫的声音”。一位英国人写道（1582年）：“除了其他被绞或被杀的人外，在不到半年内芒斯特有3万人……死于饥荒。”一位伟大的英国历史学家说：“在该省区杀一位爱尔兰人被认为与杀一条疯狗一样。”芒斯特此时几无爱尔兰人，由英国殖民者划分为许多农庄（1586年）——当中有一位埃德蒙·斯宾塞，在当地完成了《仙后》（The Faerie Queene）一书。
1593年，绝望的爱尔兰人东山再起。泰尔康奈尔（Tyrconnel）爵士——休·丹奈尔（Hugh O’Donnell）与第二代蒂龙伯爵休·奥尼尔（Hugh O’Neill）联合起事。此时的西班牙已答应协助他们，与英国公开作战。贵族院改选期间，奥尼尔在亚尔马（Armagh）一地大败英军，攻下英国北方重镇黑水河（Blackwater，1598年），并派遣一支军队重启芒斯特的叛变。英国殖民者放弃田园，向外逃亡。
就在此时，伊丽莎白任命年轻的第二代埃塞克斯伯爵罗伯特·德弗罗（Robert Devereux）为其爱尔兰贵族议员（1599年3月）。她给他一支1.75万人的军队——这是英国派遣至爱尔兰岛人数最多的一次。她训令他攻击奥尼尔，未经其同意不得签订和约，未得其允许不得返国。抵达都柏林后，整个春天他都不积极，只做了几次袭击，其军队又因受疾疫之害而报废。于是他未经授权即直接与奥尼尔签约停战，然后回到英国（1599年9月），向女王解释其失败理由。洛德·孟特乔爵士（Lord Mountjoy）、查尔斯·布朗特（Charles Blount）迅速取代其地位，有勇有谋地对付狡猾的奥尼尔、骁勇的奥唐奈及一支停泊于金塞尔港（Kinsale）的军舰——舰上有西班牙军队与武器，并有教皇克莱门特八世准备赐予保卫爱尔兰及天主教徒的赦罪券——上的联军。孟特乔急向南进迎击西班牙人，并予以致命的击溃，使奥尼尔屈服。叛变终告失败，其后全面赦免才赢得暂时的和平状态（1603年）。伊丽莎白也告去世。
她在爱尔兰的政绩使其光荣减色不少。她低估了在几无道路的国家施以征服的困难，更未顾及该地人民因热爱其土地和信仰而不惜牺牲的意愿。她责备其代表的失败，而不知道这些失败部分应归因于她自己的吝啬。他们无法给养军队，军队才会发现抢劫比作战更有利可图。她在停火和高压恐怖政策之间摇摆不定，从未决定一贯的政策。她建立三一学院和都柏林大学（1591年），爱尔兰人却与以前一样未开化。在花了1000万镑的战费以后，她所得到的和平是岛上一半的土地荒无人烟，而在岛上存在着那种不可言说的积恨，终导致俟机而起的另一次残杀与破坏。