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或许查士丁尼的虔诚是出于真心，而非出于政治上的目的；就是狄奥多拉也会承认，查士丁尼在王宫里过着僧侣般的生活：禁食祈祷，熟读神学书籍，与教授、大主教、教皇辩论教义的细微差异。普罗科匹乌斯以一种完全赞同的口吻引述一个反叛者的话说：“甚至只要有一点点勇气的人都不会拒绝谋刺查士丁尼，再没有勇气的人也不应该惧怕一个总是到三更半夜还在无人守卫的休息室里，津津有味地和七老八十的教士们讨论基督教经典的人。”东西方教会之间的冲突，由于《芝诺诏书》（ Henoticon ）的颁布而愈演愈烈。然而查士丁尼担任查士丁的摄政时，首次运用权力，几乎就已弥缝了两者之间的裂痕。由于接受代代相承的教皇观点，查士丁尼在意大利赢得抵制哥特人的正统教会的支持，而在东方则获得反基督一性论者的拥护。
这个教派，热烈地坚持基督只有一性的观点，它在埃及的信徒几乎跟天主教徒一样多。亚历山大港的教徒更为极端，他们之中还分成正统和非正统基督一性论两派。两派人在街上殴斗，女信徒则从屋顶投下石块助阵。皇帝的军队于亚他纳修辖区安排了一位天主教主教，当他第一次布道时，与会的教徒以一连串的石头来欢迎他，当场为皇帝的军队所杀。天主教虽然号称掌握了亚历山大港的主教职位，异端邪说却在乡间大行其道。农民藐视主教和皇帝的诏书。整个埃及在阿拉伯人到来之前，几乎有一个世纪不听皇帝的指挥。
对于这件事的处理，正如许多其他事情一样，果决的狄奥多拉比优柔寡断的查士丁尼能干。她买通罗马教会的执事维格柳斯（Vigilius），说如果他答应向基督一性论者让步，则可升他为教皇。斯尔维里乌斯（Silverius）教皇被贝利沙鲁斯调离罗马城（537年），放逐至帕尔马里亚岛，不久即被虐待至死，维格柳斯随即由一纸诏书被任命为教皇。最后查士丁尼总算接受狄奥多拉认为基督一性论无法被摧毁的看法，发表了一篇名为《三章》（ Three Chapters ）的神学文书，向那些信徒们绥靖。他把维格柳斯召回君士坦丁堡，唆使他在这篇声明上签名。维格柳斯很不情愿地答应。非洲天主教会因而将他处以破门律（excommunicate，550年）。之后，他又收回他的声明，而被查士丁尼放逐至普罗科奈苏斯（Proconnesus）满布岩石的山间，然后他再度表示愿意妥协而获准回到罗马城，却死在半路上（555年）。有史以来只有一个皇帝敢这样公然企图支配教皇。查士丁尼在君士坦丁堡召开一次教会大会（553年），西部诸主教几乎都拒绝与会，大会通过了查士丁尼的律令。西方教会却表示反对，使基督教的东西教会又持续了一个世纪的分裂局面。
结果，死亡赢得了一切纷争。548年狄奥多拉的去世，是挫败查士丁尼的勇气、信心和精力的几次打击中最厉害的一次。当时他已65岁，身体由于禁欲苦修和周期性的危机而变得孱弱，他把政务交给手下处理，疏忽了他曾经辛劳地建立起来的防线，而全神贯注于神学。数百次的灾祸，使他在丧妻之后苟延残喘的17年的岁月变得昏暗。他在位时地震特别频繁，有十几个城市几乎全在这些地震中毁灭，重建这些城市耗尽了国库的财富。542年瘟疫猖獗，556年大饥荒，558年瘟疫又肆虐。559年科特里格（Kotrigur）匈奴渡过多瑙河，抢劫摩西亚和色雷斯，俘虏数千人，强暴主妇、处女和修女，将女俘虏在行军途中所生的婴儿丢下喂狗，一路逼近君士坦丁堡的城墙。这时惊慌失措的皇帝向过去时常救他性命的大将军求援。贝利沙鲁斯已年老体弱，然而他披上盔甲，集合300名曾在意大利与他共患难的同胞，招募几百名未曾接受训练的新兵，出城迎战匈奴7000人的大军。他以一贯的先见之明与技巧部署兵力，将精兵200名匿藏于邻近树林中，等匈奴军一向前推进，这股人马就攻其侧翼，而贝利沙鲁斯本人则带领他那支小军队迎击。野蛮人抱头鼠窜，而罗马人却连一个受重伤的也没有。首府的百姓都抱怨贝利沙鲁斯未乘胜追击敌军，将匈奴首领俘虏。嫉妒心重的皇帝听信了谗言，怀疑他有谋叛的居心，因此下令除去其武装侍从。贝利沙鲁斯死于565年，查士丁尼没收其财产半数。
查士丁尼比贝利沙鲁斯多活了8个月。在他死前的几年，他对神学的兴趣产生了很奇特的结果：这位信仰的护卫者竟变成了异端论者。他宣布基督的躯体是不会腐化的，基督的人性从未受任何欲望和肉体享受所主宰。教会警告他，如果他因这个错误而死去，他的灵魂必然“被推入火焰之中，且在其中永远燃烧”。他死不悔改（565年），享年83岁，在位38年。
查士丁尼的逝世意味着一个时代的结束。他是一个典型的罗马皇帝，考虑到东罗马帝国，也考虑到西罗马帝国，尽力抵挡野蛮人的侵犯，给这片广大的地域一个依照单一法规治理的有秩序的政府。他完成了大部分的目标：非洲、达尔马提亚、意大利、科西嘉、撒丁、西西里以及西班牙的部分领土都重归罗马帝国版图；波斯人已被逐出叙利亚；帝国的疆域在他在位期间扩展了一倍。他的立法虽然对异端邪说和性的不道德有着野蛮人似的严苛，不过就其一致、明晰程度及范畴而言，它是法律史上最优秀的法典之一。他的施政能力被贪污、苛捐、反复无常的奖惩所玷污，不过在努力组织帝国的经济和政府方面却甚为杰出。此外，他创造了一个秩序的体系，这种体系虽然不甚讲求自由，却在欧洲的一角托住了文明，而欧陆其他地区却已进入黑暗时代（the Dark Ages）。他还名垂工业史与艺术史，圣索菲亚城可说是他的纪念碑。对于当时的正统人士来说，他们可能会认为他力挽狂澜，再度使帝国未瞬间崩塌，从而赢得了缓冲期。
可惜，缓冲的期间太短。查士丁尼眼见国库充裕，也眼见国库空虚。他的军队每征服一国，该国人士马上怨恨他所颁定的苛刻法令，更与他所派出的窃贼似的税吏为敌。军队死伤殆尽，待遇又不佳，当然无法保住他们以残忍手段赢来的战果。非洲不久就被柏柏尔族攻克；叙利亚、巴勒斯坦、埃及、非洲和西班牙落入阿拉伯人之手；意大利被伦巴底人占领；查士丁尼死后百年，帝国丧失的土地超过它所占领的。我们这些后来人可以发现，要是当时把这些新兴的国家和信仰组成联盟，情况一定会好得多。同样地，应该同那些把意大利治理得不错的东哥特人交好，并保护他们，使古代文化得以不吝惜地流入这些新兴的国家。
我们无须接受普罗科匹乌斯对查士丁尼的评价，因为普罗科匹乌斯本人也驳斥过这些评价。查士丁尼是个伟大的统治者，他的缺点皆源于信仰的逻辑和诚意。他迫害人民是因为缺乏信心的关系，而他的好战则来自他的罗马精神。他之所以没收财物，是由于战争需要。我们悲叹他行事的暴力，却激赏他目标的远大。最后的罗马人是他与贝利沙鲁斯，而不是博尼费斯和埃提乌斯。