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历史忘却了查士丁尼的战功，却记得他的法典，这是十分正确的。狄奥多西的法典颁布至此已历百年，法典中有许多规定已变得不合时宜，同时有许多新的法令在通过后使法典陷入混乱。此外，法令的相互矛盾也阻碍了行政与司法事务的执行。尤其是基督教影响、改变了立法和法令的解释。罗马城的民法常与组成整个帝国的诸国法令冲突，许多原先制定的法令不能适应东方的希腊式的传统。浩瀚的罗马法律的整体已沦为帝国式的混合物，而非一部合乎逻辑的法典。
渴望统一的查士丁尼厌恶这种法令的混乱，正如帝国的解体惹恼了他一般。528年，他任命十个法律专家来整理、澄清、改良这些法令。这个委员会中最活跃、最有影响力的一位是检察员特利博尼安（Tribonian），他虽然贪污，并有无神论者之嫌，却终身担任查士丁尼立法计划的催生者：提出构想，提供意见，并付诸执行。这项任务的第一部分在仓促间完成，而在529年即以《宪政法典》（ Codex Constitutionum ）的名称颁行。这部法典被宣布为整个帝国适用的法令，先于这一法典的各项法令，除非由该法典重新颁布，否则一律废止。法典的序言中有这样一段堂皇的注解：
致有志于研究法律的青年：
皇帝陛下除以武力增其荣耀之外，也应以法律为武装，以求平时与战时均能保有良好的政府；使统治者得以……使正义成为战胜敌人的表征。
其后，委员会的诸委员即着手课题的第二部分：将罗马城那些伟大的法律专家所发表的意见中似乎有法律效力的部分搜集起来，使之系统化。他整理出来的东西印成摘要（Digesta），或称汇编（Pandectae）。法律专家的意见一经引录，法令解释一经公布，即成为法官今后判案的依据；其他未经收录的意见则失去法律效力。旧的法律文献不再抄录，因此大多消失了。由剩余的部分看来，为查士丁尼编纂法典的人舍弃赞成自由的那些意见，他们也借着不虔诚的欺骗手段，将某些古代法律专家的意见加以改变，使这一法典进一步与独裁统治的政府步调一致。
当这项艰巨的工作正在进行时，特利博尼安和两个同事发现这部《查士丁尼法典》对学生来说太吃力了，因而以《法规》（ Institutiones ）为书名，刊行了一本正式的民法手册（533年）。基本上，这本《法规》把盖乌斯的《评注》（ Commentaries ）复制、修正，并使之合乎时代潮流。盖乌斯曾在2世纪时以惊人的技巧和清晰的头脑，把当时的民法整理出来。同时，查士丁尼也一直颁布新法令。534年，特利博尼安和4个助理把这些法令收入《查士丁尼法典》的修订版里，这使得原版失去权威性，而为历史所遗忘。查士丁尼死后，他那些新增加的立法以《新颁之法令》（ Novellae ）为名出版。以前法令一直用拉丁文写成，这一本却用希腊文写成，意味着拜占庭帝国以拉丁文为法律语言的终结。这些法令被称为“Corpus iuris civilis”，也就是所谓“民法的躯体”（Body of Civil Law），即一般人所谓的《查士丁尼法典》（ Code of Justinian ）。
这部《查士丁尼法典》，跟狄奥多西颁布的那部一样，也把正统的基督教纳入法律之中。这部《查士丁尼法典》首先宣布三位一体，排斥聂斯脱利派、欧蒂科斯派和阿波利纳里斯派，承认罗马教会的教会领导地位，同时命令所有的基督教团体服从其权威。不过在下面数章之中，却又宣布皇帝对教会的统治权：一切教会的法律就跟民法一样，也都必须由君王发布。接着，《查士丁尼法典》又为各大都会、各主教、各修道院长和僧侣立下法令，特别规定教会人士赌博、看戏或看比赛应受的惩罚。摩尼教徒和改奉异端者处以死刑；多纳图派、孟塔尼斯派、基督一性论者和其他反对国教者由政府没收其财产，被判以无买卖行为能力，也无继承权或遗赠权；不准担任公职，也不许集会，没有资格向正统的基督教徒借债。有一条较为温和的法令允许大主教访问监狱，并有权保护囚犯避免枉受处罚。
这部《查士丁尼法典》取代了先前阶级的划分。解脱奴隶身份而获得自由的人，不再把他们看作是另一个团体的人。这些人一经释放，就可以享受到自由人民的权利，他们可以被推为元老或帝王。自由人分为显贵（honestiores）和平民（humiliores）两大类。自戴克里先以来，显贵阶层分化出的各种层级，如今由这部《查士丁尼法典》认可并加以区分：公（patricii）、侯（illustres）、伯（spectabiles，从这个词产生了“respectable”这个英文词）、子（clarissimi）、男（gloriosi）五级。这部罗马法律到底有着许多东方的元素。
有关奴隶制度的立法，这部法典显然多少受到基督教或斯多葛学派的影响。强奸女奴就跟强奸一个女自由人一样，都被判处死刑。若经主人同意，奴隶也可娶自由人为妻。查士丁尼跟教廷一样，也鼓吹解放奴隶。不过，他的法律又允许父母在贫困潦倒之际将新生的婴儿贩卖为奴。《查士丁尼法典》中某几段还涉及农奴法，为封建制度铺路。一个在某一土地上耕作了30年以上的自由人，其本人和后代必须厮守那块田地。这种措施的目的，据说是为了不使土地荒芜。逃走的农奴或未经主人同意就成为传教士的农奴，其主人可以像对付逃走的奴隶一样，把他捉回来。
在《查士丁尼法典》中，妇女的地位也略有改善。妇女终身受监护的制度早于4世纪取消，而原来遗产只能由男人继承的规定也极少见。过去经常接受妇女遗赠的那些教堂，如今也尽力争取这些改革。查士丁尼设法将教廷对离婚的看法加以贯彻，禁止离婚，除非当事人之一想要入修道院或女修道院。不过这个规定却与现存的风俗与法律相去甚远，大多数人起而抗议，说这会增加戕害人命的案件。因此，帝王后来开列了许多离婚的条件。而这些条件，除了有几次曾经废止之外，至1453年为止，一直是拜占庭帝国法律的一部分。奥古斯都在位时，对独身者和无嗣者加以处罚的规定，在《查士丁尼法典》中均已取消。君士坦丁大帝虽然很少严格执行，却规定犯通奸罪者判处死刑。对于这种罪行，查士丁尼仍然判处男的死刑，不过将对女人的处罚减轻，改为监禁在女修道院里。若丈夫得知其妻与人通奸，在给她三次证据充分的警告之后，发现她仍在家里或旅馆里面与疑似奸夫的人谈话，可以将奸夫杀死而不受刑罚。与未婚女性或寡妇发生性行为时，也处以类似的重刑，除非这个女人是人家的姘妇或妓女。强奸者判处死刑，并没收其财产，给予被奸污的妇女。
查士丁尼对财产方面的法令做了决定性的改变。古代父系亲属——就是由男方衍生的亲戚——继承未留遗嘱财产的特权，现已废止取消。这些遗产改由同族亲戚——子、孙等——直系继承。《查士丁尼法典》还鼓励慈善捐助和遗赠。教会的财产，不论动产、不动产，租赁所得，或农奴、奴隶等都不得转让。教会或世俗的个人或团体均不得将教会的任何财物赠送、贩卖或遗赠他人。由利奥一世和安特弥乌斯制定、经《查士丁尼法典》确认的这些法令，成为教会日渐富有的合法依据。一个时代又一个时代，世俗的财产日渐减少而教会的财产日益增多。教会尝试过废除利息，却归于失败。欠债不还的债务人被逮捕，不过可以交保而获释放，也可在发誓随时候传后释回。虽然对债务人所缴保释金的金额未作严格的限制，但是对逮捕后至审讯前债务人消失的时限却有极严格的限制。由于律师人数太多，查士丁尼专为他们盖了一栋长方形建筑。这栋建筑的大小可由其图书馆藏书15万卷来推测、想象。审讯在皇帝所任命的法官面前进行。不过，经当事人双方同意，案件也可移至大主教的法庭审理。每次审讯进行时，法官面前放置一本《圣经》。双方律师必须在《圣经》面前发誓诚实地尽其全力为当事人辩护，如果他们发现当事人所说不实，则必须撤销辩护。原告与被告须为其理由的公正在《圣经》面前宣誓。所科的刑罚虽然严厉，却非强迫性。法官必须为妇女、少年和酗酒者酌情减刑。禁锢为审讯监禁罪犯，却很少作为处罚之用。《查士丁尼法典》比哈德良和安托尼乌斯·庇护所制定的法律有所退步，因为《查士丁尼法典》允许将罪犯的肢体残害以为处罚。伪造税收账目的收税员，及抄写基督一性论作品的人，可能会被砍去一手。《查士丁尼法典》中常有劓或刭的肉刑规定，后期的拜占庭法律中更增加刺瞎双眼的刑罚，尤其用来处罚那些不够资格继承遗产而想继承的人及那些想篡夺王位的人。自由人犯罪处死刑时用砍头的方式，而对某些奴隶则用钉十字架的方式。巫师和逃兵则被活活烧死。被判刑的公民可以向高一级法庭上诉，再次可以向元老院上诉，最后还可诉诸皇帝。
我们景仰《查士丁尼法典》的整体，而非某一部分。它以严格的正统、强烈的反启蒙主义（obscurantism）和报复性的严厉，与先前诸法典相区别。受过教育的罗马人会发现在安托尼乌斯·庇护时代比在查士丁尼时代生活更文明。皇帝本人无法摆脱他的生活环境和他的时代，为了实现统一的野心，他把当时的正义、慈悲、迷信、野蛮全都纳入《查士丁尼法典》中。这部《查士丁尼法典》跟拜占庭的所有事物一样，极为保守。就那似乎注定永不断绝的文明而言，《查士丁尼法典》也极具羁绊作用。不久，《查士丁尼法典》除了在日渐狭窄的领域外，不再被遵守。为《查士丁尼法典》所歧视的东方国家主义的异教徒转而投入伊斯兰教的怀抱，在《古兰经》之下发展得比在《查士丁尼法典》之下更迅速。伦巴底人统治下的意大利，法兰克人统治下的高卢，盎格鲁—撒克逊人统治下的英国，西哥特人统治下的西班牙，都无视查士丁尼的诏书。不过《查士丁尼法典》确实也给五方杂处的人民带来了几代的秩序和安全，同时还保障边界外十几个国家道路上行人自由、安全的行动。《查士丁尼法典》一直持续至拜占庭帝国法典的终结，《查士丁尼法典》在西方消失五个世纪之后，意大利博洛纳城的法律学家们才予以“重振”，而为列国君王、教皇所认可。