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关于数独的最早起源一直是一个备受争议的话题。有一部分人说它最早来源于欧拉的拉丁方块（没有宫的规则的标准“无宫”数独）；而有一部分人则说，数独发源于一个工人；也有人称，数独起源于中国的洛书。
我们不能确认最終谁是对的，但它的发展却有很长的历史。先是风靡了欧洲和美洲，然后大约在20世纪传入亚洲，在日本得到发展和谁广，主要做推广的是Nicoli公司。数独最早被称为“填方块”（Number Place），日本为其取名为“数字具有唯一的限定条件（的游戏）”（数字は独身に限る）。但由于日文版的名字太长，随后就被简化成为两个字——数独，并一直沿用至今。
中国大陆于2006年、2007年接触到数独游戏，并在其间派出国家队参与全球比赛，获得较好名次；而真正向公众推广，则是2008年。
现在，数独已经广泛进入各大学校，并作为奥林匹克数学的相关考题，各大学、中学，甚至小学，也有数独相关社团和活动。