数独的最早起源一直是个备受争议的话题。有一部分人说数独来源于欧拉的拉丁方块(没有宫的规则的标准“无宫”数独);而有一部分人说,数独起源于一个工人;也有人称,数独起源于中国的洛书。
我们不能确认最终谁说的是对的,但它的发展的确有很长的历史。先是风靡了欧洲和美洲,然后大约在20世纪传入亚洲,并在日本得到发展和推广,主要做推广的是Nicoli公司。数独最早被称为“填方块”(Number Place),日本为其取名为“数字具有唯一的限定条件(的游戏)”(数字は独身に限る)。由于日文版的名字太长,随后被简化成两个字——数独,并一直沿用至今。
中国大陆于2006、2007年接触到数独,并在其间派出国家队参与全球比赛,获得较靠前的名次;而真正在中国向公众公开推广数独游戏,则是2008年。
现在,数独已经广泛进入各大学校,并作为奥林匹克数学的相关考题,各大学、中学,甚至小学,也有数独相关社团和活动。