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通过近年来诸多中外学者对这一事件相关史料的重新研究，晋阳起兵的真相已经得到了澄清。海外的研究人员普遍认为：“有些重要情况可能是在唐太宗统治时期因太宗本人的坚持而编造出来的……根据从前被忽视的唐代初年的史料《大唐创业起居注》，历史学家已经能对唐朝创立史的传统说法中某些偏见和歪曲之处作出订正。”（崔瑞德《剑桥中国隋唐史》）
国内的一些学者也认为：“由于官修史籍的不真实，晋阳起兵的内幕几乎被掩盖了。突出地颂扬李世民，而其他人则黯然失色，或者被埋没，或者被歪曲……同时，旧史籍里还塞进了一些虚构的情节，渲染李渊的荒淫无能，以衬托李世民的功德兼隆。”（赵克尧、许道勋《唐太宗传》）
新的研究结论指出，李世民在晋阳首义和唐朝创建的过程中并不像旧史籍所塑造的那么英明神武和居功至伟，而李渊也并不像旧史籍所描述的那么猥琐不堪。相反，“李渊此人雄才大略，读太原起兵时记室参军温大雅所记《大唐创业起居注》可知。从隋大业十三年太原起兵到武德九年玄武门之变以前，李渊一直是最高决策者和全局指挥者……只因玄武门之变后李渊的政权为李世民所夺取……贞观朝纂修《高祖实录》就把太原起兵说成李世民所主谋，统一天下也几乎全是李世民的功劳，李渊被诬为坐享其成”（黄永年《唐史十二讲》）。
事实表明，李世民很可能在贞观年间对相关“实录”的修纂工作进行了干预，从而篡改了某些重大的历史事实。而后来编修的国史以及承用国史的两《唐书》，包括更后出的《资治通鉴》皆因袭而不改，致使晋阳起兵和唐朝创立史的部分真相从此湮没不彰。
在众多学者的研究中，基本上都提到了初唐的一份重要史料——《大唐创业起居注》。
该书的作者温大雅是太原人，史称其“少好学，以才辩知名”，曾任隋东宫学士、长安县尉，后因父忧去职，回晋阳闲居，见天下大乱而不求仕进。李渊到太原后，和他成为朋友，并慕其文名而“甚礼之”。李渊起兵后，温大雅被任命为大将军府记室参军，“专掌文翰”（《旧唐书·温大雅传》）。
很显然，由这样一位晋阳起兵的亲历者所撰写的史料，其真实性肯定要远远大于唐朝建国后的那些官修正史。所以《剑桥中国隋唐史》称他为“唐朝建立的目击者”。
那么，这位历史现场的目击者到底都目击了一些什么呢？
前文说过，其实早在大业九年，李渊就已经有了起兵叛隋、建立帝业的念头，所以他才会在涿郡与杨广近臣宇文士及进行密谋，只是后来因时机尚未成熟而暂时隐忍。所以根据温大雅的记载，大业十二年，当李渊以安抚大使的身份进驻太原时，他才会“私喜此行，以为天授”。
大业十三年正月，李渊因兵败遭到免职处分并就地拘押。其实这个时候李渊就已经下定起兵的决心了。之所以没有发动，只是因为李建成和李元吉尚在河东，李渊投鼠忌器而已。按《起居注》记载，其实当时并不是李世民苦口婆心劝说李渊，反而是李渊主动对李世民说：“隋历将尽，吾家继膺符命，不早起兵者，顾尔兄弟未集耳。今遭羑里（古地名，今河南汤阴县北，为殷纣王囚周文王处）之厄，尔昆季须会盟津之师，不得同受孥戮、家破身亡，为英雄所笑。”
很显然，此时的李渊头脑非常清醒，他本来是想等三个儿子齐集太原后再起事，不料却突然遭到囚禁，所以他告诫李世民：如果情况没有好转，那么他们三兄弟就必须迅速集结、立刻起兵，不能坐以待毙，遭天下英雄耻笑。
所以当后来隋炀帝又赦免他时，李渊便对李世民说：“当见机而作！”随后立即行动起来，命李建成“于河东潜结英俊”，命李世民“于晋阳密招豪友”，积极建立起义的核心力量。
但是直到此刻，李渊还是没有动手。
因为他身边安插着两颗钉子——副留守王威和高君雅。
他们是隋炀帝杨广特意安插在李渊身边的两名亲信，目的就是监视和制约他。
李渊虽然是封疆大吏，但是日常能够调动的兵力也极为有限。按照隋制，原则上只有皇帝本人才有招募和调遣军队的权力，地方官吏如果擅自发兵千人以上，就要被处以死罪。所以李渊要想拥有足够的兵力起事，就必须获得王威和高君雅的支持，且必须有充足的理由征兵。但是，王威和高君雅都是对隋室忠心耿耿的人，要拉他们入伙几乎是不可能的，弄不好就会功亏一篑、引火烧身，所以李渊绝不能冒这个险。
如何才能获得充足的理由征兵并取得王威和高君雅的支持呢？
李渊一直在焦灼地等待机会。
大业十三年二月，马邑军官刘武周突然发动兵变，杀了太守王仁恭，占据郡城，自立为定杨天子。李渊笑了。
这真是天赐良机。他私下对王威和高君雅说：“武周虽无所能，却敢僭称尊号。万一他占据汾阳行宫，而我等又不能将其剪除，此乃灭族之罪啊！”王、高二人也觉得此事非同小可。汾阳行宫所在的楼烦郡（今山西静乐县）与马邑郡相邻，里面不但储积了无数钱帛，而且住着很多宫女，很可能成为刘武周的下一个攻击目标。所以他们极力要求李渊赶紧征兵，以讨伐刘武周。
李渊心中暗笑。他知道王威和高君雅急了，可他不急。他慢条斯理地说：“再观察观察吧，通知楼烦稍作防备就可以了，我们要以静制动，以免自扰军心。”三月中旬，刘武周果然攻破楼烦，并袭取汾阳行宫，将其中的宫女悉数俘获，献给了东突厥的始毕可汗。王威和高君雅大为震恐。下一步，刘武周的兵锋绝对是直指太原了。
可李渊依旧气定神闲。他召集众文武将官说：“命士兵戒严，加强城池布防，拨粮赈济流民。这三件事如今废一不可，其他的事情，就看诸位的了。”
早已急不可耐的王威和高君雅立刻拜请说：“今日太原士庶之命，悬在明公。公若推辞，谁能担此大任？”
李渊知道，现在招募和调遣军队的理由已经非常充分了，而且王、高等人的心情都比他更为迫切，只等着他一声令下了。可李渊仍旧面露难色，说：“朝廷有令，将帅出征，一举一动都要向朝廷禀报，接受朝廷节制。眼下贼兵在几百里内，江都却在三千里外，加上道路险阻，一路上又有其他贼兵据守，一来一往，不知要到什么时候。率领这支事事要听从遥控指挥的军队，抵御狡黠诡诈、来势凶猛的贼兵，就像是叫书生去扑火，能扑得灭吗？诸公皆为国之藩篱，应当同心协力，以除国难。大家都是为了报效朝廷，最好不要相互猜疑。我今天之所以召集诸位，是想商议一个最妥善的办法，并不是消极怯战、推卸责任。”
王威等人连忙说：“公之文韬武略，远近皆知，并且兼具国亲和贤臣的身份，应当与国家休戚与共。如果事事奏报，如何应付突发事变？只要是为了讨伐叛贼，专擅行事亦无不可！”
要的就是这句话。李渊心头掠过一阵狂喜。可他脸上却装出一副无奈之状，勉强同意了王、高等人的请求，下令征兵。
命令一下，旬日之间便募集了近万人，这支队伍很快就将成为晋阳起兵的主力军。李渊命他们驻扎在兴国寺，私下对李世民说：“纪纲三千，足成霸业！处之‘兴国’，可谓嘉名。”同时分别遣使至河东和长安，催促李建成兄弟和女婿柴绍迅速前来太原集结。
万事俱备。
接下来的事情就是如何收拾王威和高君雅了。
然而，王威和高君雅也不是等闲之辈——能成为皇帝亲信并接受特别任务的人绝不会是笨蛋。
李渊的举动已经引起了他们的强烈怀疑。
因为李渊把招募来的军队分派给了三个人：李世民、长孙顺德和刘弘基。李世民是李渊的儿子，没什么好说的。问题出在后面这两个人身上。他们是什么人？他们都是逃避兵役的罪犯啊！早就应该处决了。本来没有告发他们就算是很给李渊面子了，现在李渊居然把军队交到这种逃犯手上，这是什么性质的问题？李渊到底想干什么？
王、高二人打算逮捕长孙顺德和刘弘基，以防生变。可他们的想法马上被一个人劝阻了。
他就是武士彟。
武士彟说：“这两个人都是唐公的座上宾，如果你们一定要动手，恐怕会激起事变。”王、高二人想想也有道理。如今刘武周和突厥人虎视眈眈，倘若这时候引发内讧，对谁都没有好处。于是他们只好暂时按捺下来。几天后，又有一个叫田德平的军官准备建议王威和高君雅调查李渊募兵的内情。武士彟知道后，又制止他说：“剿匪的军队全部隶属于唐公，王威和高君雅虽然挂着副留守的头衔，手中却没有实权，有什么能力调查！”田德平只好作罢。
可是随着局势的发展，王威和高君雅越来越觉得不对劲了。李渊的一举一动都让他们满腹狐疑并且心惊胆战。他们觉得李渊很可能要发动叛乱！王威和高君雅最后横下一条心，决定先下手为强。
由于当时的太原多日不雨，王、高二人就提出要在晋阳城南五十里处的晋祠举行祈雨大会，请李渊主持，准备在会上伺机将李渊干掉。
与此同时，李渊也一直在想办法解决王威和高君雅。双方都在暗中磨刀霍霍，是你死还是我亡，就看谁的出手更快了。
千钧一发之际，一个名叫刘世龙的当地乡长秘密来到李渊府上，把王威和高君雅准备在晋祠祈雨时动手的消息告诉了李渊。
刘世龙平日与高君雅颇有往来，所以他的消息应该是可靠的。李渊当即与李世民、刘文静等人紧急制订了一个行动方案。
大业十三年五月十四日夜，李渊命李世民和长孙顺德率领五百名士兵埋伏在晋阳宫城的东门。十五日晨，李渊召集王威和高君雅在宫城中的办公厅议事。众人刚刚坐定，刘文静就领着开阳府（禁军征兵府）司马刘政会来到厅前。刘政会的手里拿着一道诉状，大声禀报有事要奏。李渊示意王威和高君雅去接诉状，刘政会却说：“我要告的人正是两位副留守，只有唐公可以看！”
王威和高君雅猝不及防，顿时大惊失色。
李渊也装出一脸的惊诧，说：“怎么会有这种事？”接过诉状一看，立刻高声宣布：“王威与高君雅暗中勾结突厥，准备里应外合进攻太原。”
直到这一刻，王威和高君雅才意识到发生了什么。高君雅一下就跳了起来，卷起袖子破口大骂：“这是有人要造反，故意陷害我们！”
可是，一切都由不得他们了。此刻李世民的士兵早已控制了宫城外的所有重要路口，王威和高君雅已经毋庸置疑地成了瓮中之鳖。刘文静、长孙顺德、刘弘基等人迅速冲上来，将王、高二人当场逮捕，关进了监狱。
至此，所有准备工作全部就绪。与此同时，李建成、李元吉、柴绍等人也正在马不停蹄地向太原赶来。李渊再也没有顾虑了，只要李建成等人一到，晋阳起兵的历史大幕就会轰然拉开。
这就是晋阳起兵的动因和真相。
根据温大雅的记载，我们可以清楚地看到——李渊绝非胸无大志、庸庸碌碌之人，而是“素怀济世之略，有经纶天下之心”（《大唐创业起居注》），并且是一位“勇敢的领袖、刚烈的对手和足智多谋的战略家”（《剑桥中国隋唐史》）。
也就是说，晋阳起兵的首谋之人，包括整个过程的组织者和全局总指挥，正是李渊本人。
但是在肯定李渊的同时，我们却不能轻易抹杀李世民在这次起义中所发挥的重要作用。虽然贞观史臣出于人所共知的原因美化了李世民，夸大了他的功绩，可我们在还原历史真相的时候却不宜矫枉过正。应该说，从“密招豪友”建立核心力量，到募集义兵组建军队，再到“伏兵晋阳宫”控制王威和高君雅，李世民在整个起兵过程中的表现都是可圈可点的。起码相对于来不及参加晋阳起兵的李建成和李元吉来说，李世民的首义之功就是他们无法相比的。此外，李世民所表现出的年轻人特有的锐气和进取精神，也恰与李渊老成持重、顾全大局的性格形成一种微妙的互补。
按照王夫之的说法，李世民的表现是“勇于有为”，而李渊的表现则是“坚忍自持”（《读〈通鉴〉论》卷二十）。
从某种程度上说，也正是由于李渊父子在起兵叛隋、缔造大业的进程中既能保持战略思想上的一致，又有性格和行为方式上的互补，才能确保起兵的成功，并迅速崛起于群雄之间，最终开创大唐王朝。