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蘑菇的经济价值大，与人类的关系密切，主要表现在食用、药用和在生态系统中的重要地位等几个方面。
有人估计自然界中可以食用的蘑菇约有5000种，我国现在已知约近900种。蘑菇的营养丰富，味道鲜美，特别是它们具有“高蛋白、低脂肪、低热量”的特点，在国际上被公认为是“十分好的蛋白质来源”。蘑菇的蛋白质含量不仅高于一般蔬菜，而且也高于一些肉类，据测定，1kg蘑菇所含的蛋白质相当于2kg瘦肉、3kg鸡蛋或12kg牛奶的蛋白质含量。蘑菇的氨基酸组成比较全面，特别是大多数蘑菇含有较多的人体必需氨基酸，如蘑菇、平菇、香菇、草菇四种菇所含的异亮氨酸、亮氨酸和赖氨酸的平均值分别为4.45％、6.8％、7.7％，而在牛肉、牛奶、大豆中所含这三种氨基酸的平均值分别为4.1％、0.10％、3.29％。尤其是动植物中的赖氨酸、亮氨酸大部分很缺乏，亮氨酸几乎没有。中国食物结构以粮为主，就更觉缺乏。赖氨酸对促进记忆，增进智力有独特的作用，对婴儿和老人的发育及健康十分重要。亮氨酸的适量增加能促进人体合成高级蛋白。所以说，一般食用菌所含氨基酸可与牛奶、瘦肉和鱼类相比，有过之而无不及。蘑菇中维生素的含量也较多，人体较易缺乏B族维生素，一些蘑菇中维生素B 1 、维生素B 12 含量较多，一些蘑菇中含有比较丰富的麦角菑醇，经过紫外线照射可转化为维生素D，干香菇中维生素D的含量高达128～400国际单位/g，而大豆中仅含6国际单位。100g鲜草菇中维生素C含量为206.27mg，这在水果和蔬菜中是少有的，而鱼中维生素C几乎没有。所以，蘑菇将在21世纪人们的食物结构调整中起重要作用。同时，由于许多蘑菇可以食用，所以野生蘑菇也是我们在野外生存的重要食物来源之一，它们对于人类在野外遇险时救命起关键作用。
我国利用蘑菇作为药物已有两千多年的历史，成书于汉代的《神农本草经》和明代李时珍的《本草纲目》等本草学中早已记载了灵芝、冬虫夏草、茯苓、猪苓、木耳、蝉衣、马勃等一些药用蘑菇，现在药用蘑菇（包括试验有药效的蘑菇）约有500种，有些已经制备成药，如用云芝提取物制备的云芝甘肽用于治疗迁延性肝炎，日本从云芝中提取的蛋白多糖体可增强人体免疫能力，作为抗癌药物用于临床。猴头菌丝提取物制备的浸膏片用于治疗消化道溃疡等。还发现至少有150种蘑菇具有抗肿瘤活性，其主要成分是真菌多糖，这些多糖虽然没有直接杀伤肿瘤细胞的能力，但可以刺激抗体的形成，提高机体免疫力，被认为是比较理想的非特异性免疫促进剂。可以预计，从蘑菇中筛选药物的研究具有非常好的发展前景。
现在世界上有记述的毒蘑菇约有1000余种，我国大约有近500种，其中剧毒可以使人致死的大约有近百种。一方面，这些毒蘑菇对人的身体健康和生命有危害，另一方面，这些毒蘑菇同样有利用的价值，如发现鹅膏菌毒肽对真核生物细胞的RNA聚合酶Ⅱ具有专一性抑制作用，有的试验表明，一些毒蘑菇的毒素对艾氏癌的抑制率很高。因此，对于毒蘑菇的开发利用也已引起了人们的关注。
蘑菇类的营养方式为吸收式的异养方式，其中主要为腐生，也有少数为寄生。许多蘑菇类生于木材或活树上，可引起树木或木材的腐烂，从危害的一面来说它们造成了经济损失，但从维持生态系统的物质循环方面来说，它们又是有益的，而且是非常重要的，它们可以把枯枝落叶分解，使其重归大自然，以维持森林生态系统的生态平衡。还有很多种类的蘑菇与树木共生，形成外生菌根或内生菌根，特别是外生菌根对于树木的生长和提前成才具有重要的作用。