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（1）消化系统
① 口腔 无软腭、唇和齿，上下颌形成喙。舌的形状与喙相似，舌肌不发达，黏膜上缺少味觉乳头，仅分布有数量少、结构简单的味蕾。口腔与咽无明显界线，唾液腺比较发达。
② 嗉囊 为食管的膨大部，位于食管的下1/3，胸前口皮下。
③ 腺胃 呈纺锤形，位于腹腔左侧，在肝的左右两叶之间。腺胃黏膜表面形成30～40个圆形的矮乳头，其中央是深层复管腺的开口。
④ 肌胃 紧接腺胃之后，呈近圆形或椭圆形。以发达的肌层和胃内沙砾及粗糙而坚韧的类角质膜对吞入食物起机械性磨碎作用。
⑤ 小肠 十二指肠位于腹腔右侧，形成较直的肠襻，分为降支和升支，两支平行，升支、降升之间夹有胰腺。空肠形成许多肠襻，中部有一小突起，叫卵黄囊憩室，是胚胎期卵黄囊柄的遗迹。回肠短而直。
⑥ 大肠 只有一对盲肠和一条短的直肠。
⑦ 盲肠扁桃体 盲肠基部有丰富的淋巴组织，称盲肠扁桃体，是鸭病诊断的主要观察部位。
⑧ 泄殖腔 为肠管末端膨大形成的腔道，为消化、泌尿、生殖3个系统的共同通道。泄殖腔背侧有腔上囊，性成熟前的腔上囊体积很大，性成熟后逐渐退化。泄殖腔内有两个由黏膜形成的不完整的环形皱，把泄殖腔分成粪道、泄殖道和肛道三部分。粪道为直肠末端的膨大，泄殖道背侧有一对输尿管开口。泄殖腔的对外开口称肛门。
⑨ 肝脏 较大，位于腹腔前下方，红褐色，分左右两大叶。
（2）呼吸系统
① 鸣管 是禽类的发音器官，由数个气管环和支气管环以及一块鸣骨组成。鸣骨呈楔形，位于鸣管腔分叉处。在鸣管的内侧、外侧壁覆以两对鸣膜。当禽呼吸时，空气振动鸣膜而发声。公鸭鸣管形成膨大的骨质鸣泡，故发声嘶哑。
② 气囊 是禽类特有的器官，分为前后两群。前群有1个锁骨气囊、前胸气囊；后群有1对后胸气囊和1对腹气囊。气囊分出憩室进入骨中。前群气囊和后胸气囊分别与次级支气管直接相通；腹气囊直接与初级支气管相通。
③ 肺 略呈扁平四边形，不分叶，位于胸腔背侧，从第1～2肋骨向后延伸到最后肋骨。其背侧面有椎肋骨嵌入，形成几条肋沟；脏面有肺门和几个气囊开口。
（3）泌尿系统 由肾和输尿管组成，无膀胱。肾较大，占体重的1%以上，肾外无脂肪囊，仅垫以腹气囊的肾憩室。肾呈红褐色，长豆荚状，分为前、中、后三部分。无肾门，血管、神经和输尿管在不同部位直接进出肾脏。输尿管在肾内不形成肾盂或肾盏。输尿管两侧对称，起自肾髓质集合管，沿肾内侧后行达骨盆腔，开口于泄殖道背侧，接近输卵管或输精管开口的背侧。
（4）生殖器官
① 公鸭生殖器官 由睾丸、附睾、输精管和交配器官组成。睾丸呈豆形，乳白色，左右对称，由睾丸系膜吊于腹腔背中线两侧，约在最后两个椎肋上部。附睾小，纺锤形，紧贴在睾丸的背内侧，主要由睾丸输出小管组成。附睾管很短，出附睾后延续为输精管。输精管是一对极为卷曲的导管，沿着肾脏内侧腹面与同侧的输尿管在结缔组织鞘内后行，到肾脏后端形成略为膨大的圆锥形体，最后形成输精管乳头开口于泄殖腔。公鸭阴茎发达，位于肛道腹侧偏左。勃起时，阴茎变硬加长而伸出，阴茎沟闭合成管状。
② 母鸭生殖器官 由卵巢、输卵管组成。成年鸭仅左侧卵巢和输卵管发育正常，右侧退化。卵巢以短的系膜悬吊于腹腔背侧。性成熟时，卵巢可达3厘米×2厘米，重2～6克。产蛋期常见4～6个体积依次递增的大卵泡，在卵巢腹侧面有成串似葡萄样的白色小卵泡，以短柄与卵巢紧接。产蛋结束时，卵巢又恢复到静止期时的形状和大小。
输卵管以背韧带和腹韧带悬吊于腹腔顶壁，雏鸭输卵管较平直而短；成年鸭输卵管长度可达60～70厘米，占据腹腔大部分，休产期长度变短。输卵管根据其形态、结构和功能特点，由前向后，可分为漏斗部、膨大部、峡部、子宫部、阴道部。
（5）淋巴器官 胸腺呈黄色或灰红色，分叶状，从颈前部到胸部沿着颈静脉延伸为长链状。在近胸腔入口处，后部胸腺常与甲状腺、甲状旁腺及腮后腺紧密相接，彼此间无结缔组织隔开，幼龄时体积增大，到接近性成熟时达到最高峰，随后逐渐退化，成年时仅留下残迹。
脾脏呈三角形，背面平，腹面凹。脾脏呈棕红色，位于与肌胃交界处的右背侧，直径约1.5厘米，重3～5克。
法氏囊（腔上囊）是禽类特有的淋巴器官，为椭圆形盲囊状，位于泄殖腔背侧。性成熟时达到最大体积，性成熟后法氏囊开始退化。法氏囊的功能与体液免疫有关。
肠道黏膜固有层或黏膜下层内，具有弥散性淋巴集结，较大的有如下两种，一种是回肠淋巴集结，存在于回肠后段，可见直径约1厘米的弥散性淋巴团；另一种是盲肠扁桃体：位于回盲结肠连接部的盲肠基部。