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植酸又名肌醇六磷酸，在大豆中的含量因品种不同有显著变化，低的品种仅为1％，高的品种可达2.3％，大豆种皮中的含量为0.1％～0.5％，下胚轴中为0.9％，子叶中含量高达1.6％。植酸具有很强的螯合能力，能与Ca 2+ 、Fe 2+ 、Zn 2+ 、Mg 2+ 等阳离子结合，使这些营养元素利用率降低。脱脂大豆粉中含有0.5％～0.6％的磷，其中70％～80％以植酸的形式存在。分离大豆蛋白中，大部分以植酸钙镁混合盐的形式存在。
植酸对蛋白酶、 α -淀粉酶均有较强的抑制作用。这是由于在酸性或中性条件下，带有多个负电荷的植酸与蛋白质（酶）相结合，或通过金属阳离子桥结合形成稳定的复合物，从而降低了酶的活性。据此可以认为，大豆中固有的或在加工中形成的植酸与蛋白质复合物，是使大豆蛋白质消化率降低的主要原因。
然而，营养学界对植酸的研究似乎都集中在植酸对Zn、Fe、Ca以及Mn、Mg等无机元素的生物利用率的影响或限制上。大量资料表明由于植酸的存在，大豆蛋白制品中锌的生物利用率较低。长期食用高植酸大豆粉会造成大白鼠缺铁性贫血。植酸能降低钙的生物利用率，干扰锰、镁、铜的生物吸收。而且在含植酸的膳食中添加一定量的钙，则锌的缺乏症状将更为突出；而不含植酸的膳食中，过量的钙对锌的生物利用并无影响。这表明，在与植酸形成不溶性沉淀的过程中，锌和钙两者是相互促进的。
抗营养因子，是指能够抑制人和动物机体对摄取的营养物质的消化、吸收和利用，以及能使机体产生不良生理反应的物质。抗营养因子存在于所有的植物性食物中。抗营养因子有很多，已知的抗营养因子主要有胰蛋白酶抑制剂、血细胞凝集素、芥酸、棉酚、单宁酸、硫苷、脂肪氧化酶等。多数情况下，抗营养因子可在加热或萌发与发酵过程中受到破坏，大大降低其活性。
大豆中的抗营养因子是影响大豆蛋白利用效果的主要因素，可见，要提高大豆蛋白在饲料中的利用率，必须采取一定的方法降低大豆中抗营养因子的活性。近年来，人们已经研制出了各种削弱或减少抗营养因子的处理方法，如物理法（包括加热法、机械加工法、水浸泡法等）、化学方法（包括酸碱处理法、氨处理法及添加特殊化合物的处理方法等）、生物技术方法（包括酶制剂处理、微生物发酵和发芽处理等方法），或者通过育种的途径，培育低抗营养因子或者无抗营养因子的大豆。