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大豆蛋白经蛋白酶水解可制成大豆肽。大豆肽不仅保持大豆蛋白的营养效果，比大豆蛋白更容易消化吸收，致敏性也很低。大豆肽可通过激活交感神经而使褐色脂肪产热增强，因而可提高热量消耗，有助于减肥。动物和人体试验表明，大豆肽可增强无氧能力和肌肉量，有明显的抗疲劳及增强体力的效果。大豆肽可用来生产运动食品、减肥食品、保健食品、病人用经肠或经口流食、老年食品、低致敏性食品等。另外，大豆肽有促进微生物生长的功能，因而可用于食品发酵等微生物生产行业。大豆肽可以改造食品原料性状，使食品组织松软，因而被应用于火腿及香肠的加工生产。另外有研究制出磷脂结合型大豆肽，该肽降低血清胆固醇的效果十分明显。
异黄酮是植物中广泛分布的一类化合物，大豆中异黄酮组分含量较高，1g大豆含2～4mg异黄酮，主要分布于胚芽中。异黄酮与雌激素受体有亲和性，因此有雌激素样作用，是最具代表性的植物性雌激素。已确认的大豆异黄酮有12种，主要以3种异黄酮苷元：染料木黄酮（genistein）、黄豆苷元（diadsein）、苷氨苷元（glycitein）和它们的糖苷的形式存在。研究表明，异黄酮苷元的生理活性高于异黄酮糖苷，而且容易吸收。染料木黄酮是生理活性最强的异黄酮苷元。大豆中染料木黄酮及其糖苷的含量较高。通过用曲菌发酵，可以将大豆中的异黄酮糖苷转变为容易吸收且生理活性高的异黄酮苷元。日本Kicoman公司从大豆发酵物中提取出异黄酮苷元，得到含量为30％的异黄酮制品，并以此为主要成分研制出有多种功能的保健食品。日本有人将大豆胚芽进行特殊炒制，并与其他成分配合，制成便于饮用的含异黄酮的豆芽茶。
骨代谢是通过成骨细胞和破骨细胞的作用而保持骨量平衡的，如果此种平衡因某种原因被破坏就可能导致骨质疏松。妇女绝经后由于雌激素水平下降，破骨细胞活性增强，骨量急剧下降，因而容易引起骨质疏松。大豆异黄酮由于有雌激素样作用，可促进骨形成，抑制骨吸收，因此有改善骨代谢、预防骨质疏松的功效。研究发现40多岁妇女尿中大豆异黄酮越多，骨吸收减少，骨密度越高。妇女每日摄取每克含2.25mg大豆异黄酮的大豆蛋白40g，脊椎骨的无机盐含量和骨密度增加2％。研究表明，大豆异黄酮预防骨质疏松的效果主要是其中的染料木黄酮起的作用。
大豆异黄酮作为雌激素替代品，还可以用于更年期妇女，以减轻因雌激素分泌量下降而产生的更年期症状。英国剑桥大学医学研究委员会和美国辛辛那提大学儿童医院合作研究表明，妇女摄取大豆异黄酮可使更年期症状的出现频率减少，强度明显减轻。
此外，大豆异黄酮还有预防动脉硬化的作用，可以改善血胆固醇代谢，防止低密度脂蛋白（LDL）氧化。大豆异黄酮的作用机制较为复杂，不同种类的异黄酮的作用机制有所不同。大豆异黄酮的摄入量与适应证之间的关系目前尚未明确。美国食品及药物管理局（FDA）提出，每日摄取25g含有52mg大豆异黄酮的大豆蛋白对人类健康有益。有些专家建议每日大豆异黄酮的摄入量应为30～50mg。日本人平均每日从膳食中摄入20mg左右的大豆异黄酮。适量摄入大豆异黄酮不会引起生殖器官变化等副作用，但孕妇和婴儿应慎重食用。目前，国外已有粉状、颗粒状等剂型的大豆异黄酮产品，主要是用作保健食品和饮料的原料。
大豆磷脂是指以大豆为原料所提取的磷脂类物质，是由磷脂酰胆碱、磷脂酰丝氨酸、磷脂酰肌醇、游离脂肪酸等成分组成的复杂混合物，共有近40种含磷化合物，其中最主要的是磷脂酰胆碱。大豆磷脂是一种纯天然营养活性剂，是大脑的主要营养物质。人的大脑由20％～30％的磷脂构成，多食富含磷脂的食物可使脑中乙酰胆碱的释放量增加，从而提高人的记忆和接受能力。此外，大豆磷脂中含磷脂酰肌醇、甾醇等营养素，可增加神经机能和活力，有较好的健脑功能。
卵磷脂尤其是磷脂酰胆碱是细胞膜的组成部分，是细胞生长、发育所必需的物质，对生物膜形态及功能的调控起着十分重要的作用。肺泡表面活性物质主要由磷脂、蛋白质、黏多糖类物质构成，其磷脂含量很高，其中70％～80％为磷脂酰胆碱。肺泡表面活性物质具有降低肺泡表面张力的作用，对保持肺泡正常生理功能具有重要意义。肺泡表面活性物质缺乏时，肺泡将发生膨胀、崩裂或萎陷。新生儿常见的呼吸窘迫症就是由于缺乏肺泡表面活性物质所致，成人同样可以出现此症状。据报告，孕妇服用磷脂酰胆碱可预防新生儿出现呼吸窘迫症，成人服用也有同样的预防作用。
磷脂尤其是磷脂酰胆碱具有亲水性和疏水性双重特性，使它能够溶解胆固醇，改善血管壁细胞膜的通透性，清掉附着在血管壁上的废物。摄入磷脂酰胆碱后，能使血清中甘油三酯和总胆固醇水平下降，高密度脂蛋白（HDL）胆固醇水平提高，使HDL胆固醇与LDL胆固醇的比值加大，血透明度增加，血凝系统能够保持正常。因此，磷脂酰胆碱具有改善脂质代谢和预防动脉粥样硬化的作用，对心肌梗死、心绞痛和脑出血也有预防效果。
磷脂酰胆碱的胆碱部分是神经递质乙酰胆碱的前体物质。研究表明，补充磷脂酰胆碱后，脑内胆碱浓度升高，脑血液状况改善，神经细胞的生长与分支得以促进。因此，磷脂酰胆碱不仅对动作失调为主要症状的神经性疾病，如退行性痴呆、早老性痴呆、遗传性共济失调等有明显的效果，而且可以提高记忆和学习能力，改善睡眠。早在1981年，美国FDA就做出了有关用磷脂酰胆碱治疗神经性疾病的总结报告。
磷脂酰丝氨酸是由丝氨酸根、磷酸根、甘油和两个脂肪酸根组成的天然磷脂。它是脑细胞膜的关键性成分，是大脑中含量最多的一种磷脂。它覆盖在神经膜上，与能量代谢、神经递质的释放、突触传递等神经细胞活动密切相关，因此有“脑营养素”之称。临床研究结果表明，磷脂酰丝氨酸对认知能力起着十分重要的作用，它可以改善记忆力和学习能力，增强注意力，使情绪稳定。补充磷脂酰丝氨酸，对维持精神健康十分必要。近年来，国外主要研究磷脂酰丝氨酸对早老性痴呆、儿童多动症、应激反应及疲劳的效果。
磷脂酰丝氨酸对大脑活动有调控作用。当大脑活动低下时，它可以提高大脑活动能力；当大脑活动兴奋时，它又可以起镇静作用，使大脑保持正常状态。磷脂酰丝氨酸可以使老年人低下的应激反应得以提高，又可以使年轻人过度的应激反应得以缓解。磷脂酰丝氨酸可以提高人体对应激的耐受能力。进行膳食性磷脂酰丝氨酸补给，可以调控运动员训练时应激性激素的水平，使运动员保持良好的竞技状态。1992年，Monteleone等人报告了磷脂酰丝氨酸对运动应激的效果。磷脂酰丝氨酸对应激性激素分泌的节律性有调控作用，可以使促甲状腺激素和甲状腺激素的分泌节律正常，并对生物钟异常有修复作用。
磷脂酰丝氨酸是由美国率先研究的，最初磷脂酰丝氨酸是从牛脑中提取出来的，后来受疯牛病影响，磷脂酰丝氨酸开始以大豆为来源进行提取。从大豆中提取的是纯天然产物，动物试验和临床应用结果表明它无任何副作用，使用安全。日本近几年也有磷脂酰丝氨酸产品出售，主要是粉剂和油剂两种剂型，有效组分含量为20％左右。据预测，磷脂酰丝氨酸作为健脑、防衰老、抗应激的保健食品，具有广阔的应用前景。研究方向趋向于，为预防运动性肌肉疼痛可能吃含磷脂酰丝氨酸的口香糖；进行高强度训练时可以饮用含磷脂酰丝氨酸的饮料；为了预防脑老化，可以吃磷脂酰丝氨酸。
大豆皂苷又名皂素，是固醇或三萜类化合物的低聚配糖体总称，因其水溶液能形成持久泡沫，像肥皂一样而得名，其广泛存在于植物界及海洋生物中。大豆皂苷主要集中在胚轴中，是子叶中皂苷含量的8～15倍。此外，大豆皂苷的含量还与大豆的品质、生长期以及环境因素有关。大豆皂苷是由三萜类同系物与糖缩合形成的化合物。大豆皂苷依其结构大体可分为A、B、E三种类型。据报道，大豆皂苷具有抗氧化、降血脂、抗肿瘤等多种作用。例如，有报道指出B b 型大豆皂苷有延迟肿瘤发生的作用，它与大豆异黄酮协同作用抑制肿瘤的效果更为明显。另外有报道，B型大豆皂苷有抑制艾滋病毒感染的效果。天然大豆皂苷呈白色粉末状，有苦及辛辣味。大豆皂苷粉末对人体消化道黏膜有刺激性，且具有溶血活性和起泡特性，达到一定浓度时有苦涩味。
大豆皂苷多样性及其结构复杂性造成了分离、分析困难，目前国内外对于大豆皂苷分析尚无建立标准方法。用于大豆皂苷分析方法主要有分光光度法、薄层色谱法、气相色谱法、高效液相色谱法和现代色谱联用技术等。
从豆渣中还可提取出大豆固醇。大豆固醇主要由谷固醇、豆固醇和菜子固醇组成，是甾族化合物中的一类，属于高碳环型一元仲醇。与其他植物固醇一样，大豆固醇具有降血脂、消炎作用，可抑制前列腺素合成，对前列腺肥大有一定疗效。在德国，植物固醇已作为治疗前列腺肥大的药品出售，美国、日本、芬兰等国近年来对植物固醇的研究也十分关注。
大豆中植物固醇的含量远高于谷类、薯类、蔬菜、水果等其他植物性食物，是植物固醇的良好来源。植物固醇进入人体后，在与胆固醇竞争中能较多地被肠道吸收，从而抑制胆固醇的吸收和生化合成，促进胆固醇的降解代谢，进而减少胆固醇带来的危害。研究显示，大豆固醇在预防前列腺肥大、抑制肿瘤、抑制乳腺增生和调节免疫功能等方面具有一定的效果。