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☆ 最开始的本草医药学中所涉及的化学知识主要是对一些无机物的认识。例如，《神农本草经》中已记载的无机药物有46种。除了硫黄、汞等单质外，还有许多矿石。
☆ 到了唐代《新修本草》中，不但无机药物增至109种，而且对一些物质性质的认识也更加深入。当时已经认识到硇砂（主要成分为NH 4 Cl）不但可以入药，还可以作为“汗药”用于金属焊接。
☆ 《本草纲目》对无机物的认识已达到非常高的水平。李时珍按当时的化学知识，开创性地将无机药由玉石部一类分为火、水、土、金石四部七类。
☆ 清代《本草纲目拾遗》将无机药物增加到335种，所涉及的已有相当数量是人工合成的无机物。比较突出的是对硝酸和氨水的记载。
☆ 本草医药学涉及金属单质、氧化物、硫化物、氯化物、硫酸盐、硝酸盐、碳酸盐等多种化学物质。
☆ 唐代《新修本草》中对化合物的制备方法介绍得比较详细。其中的制银粉的方法是：将银片和汞制成汞齐，再合硝石（亦名消石、火硝、牙硝）及盐，研为粉，烧去汞，洗去盐粉，就成了极细的银粉。
☆ 《本草纲目》中关于人造无机药物的制备更加丰富和翔实，充分表明了当时对复杂的无机化学反应的认识已达到非常高的水平。
☆ 陶弘景在《神农本草经集注》中已掌握了依据煅烧时的火焰颜色来鉴别消石（主要成分为KNO 3 ）的方法，指出“强烧之紫青烟起，仍成灰，不停沸，如朴消，云是真消石”。这是世界化学史上钾盐鉴定的最早记载，亦为焰色反应的先声。
☆ 宋代《大观本草》介绍了加热使绿矾石（FeSO 4 ·7H 2 O）分解成为赤色氧化铁（Fe 2 O 3 ）以达到鉴别绿矾石目的的方法。这极有可能是最早的定性分析方法。
☆ 李时珍还在《本草纲目》中记录了使用“试金石”鉴定合金中含金量的划痕试验法：“金有山金、沙金二种。其色七青，八黄、九紫十赤，以赤为足色。和银青性柔，试石则色青，和铜者性硬，试石则有声”。
☆ 本草医药学中除了含有大量的无机化学知识外，还通过对一些有机药物的制备、配伍、炮灸等长期实践过程总结了许多关于生物碱、甾、有机酸、脂肪、维生素、激素、芳香油、醇类及蛋白质等有机化合物的性质和制备方法等方面的知识。
☆ 《本草纲目拾遗》中转引一部17世纪的作品《百猿经》中有关“射罔膏”即乌头碱的制法，比19世纪初欧洲出现的吗啡碱大约早了两百年。
☆ 明代万历三年的《医学入门》中有关从五倍子中提取较纯的没食子酸的方法比瑞典化学家舍勒的同类工作早两百多年。
☆唾液治蛇伤
有一回，李时珍挖药回来，路过一个茶馆，就进去歇一歇脚。
当时天气炎热，茶馆里几个人打着赤膊玩纸牌，有一个人靠壁坐着，每次用手指在舌头上沾点唾沫再抓牌，他忽然感到背后发痒，就用沾着唾沫的手指去抓痒。一连几次都是这样，这个人觉得非常奇怪，打完了牌回头一看，壁上有个窟窿，里面有条蛇，蛇头向外，已经半死不活了。这是什么原因呢？
李时珍将这条蛇翻过来倒过去地看了看，又看了看那个打牌人的后背，顿时明白了。原来打牌的人背上发痒是蛇的舌尖在舔，打牌人不停地用沾着唾沫的手指来抓痒，人的唾沫带到蛇的嘴里，蛇就快要僵死了。从这以后，把药草放在嘴里嚼嚼再敷在蛇咬的地方的治疗方法就流传了下来。
☆李时珍解开“仙果”之谜
明朝嘉靖年间，均州的太和山（今湖北省丹江口市境内的武当山）上有一座道教寺院叫做五龙宫。五龙宫的后院有一种奇特的果树，每年长出像梅子大小的“仙果”。道士们说，果树乃是真武大帝所种，人吃了这“仙果”能够长生不老。皇帝闻讯，降旨下令五龙宫道士每年在“仙果”成熟之际采摘，作为贡品送到京城，供皇家享用，并且不许百姓进五龙宫后院，谁要是偷看、偷采“仙果”，就是“欺君罔上”，有杀身之罪。
当时，医药学家李时珍为了编写中药学巨著—《本草纲目》，正带着弟子庞宪在各地名山大川采集中药。一天，他们来到太和山下，听说山上有“仙果”，就想弄明白“仙果”究竟是何物及其药用功效，于是就在山下找客栈住下。
次日，李时珍来到五龙宫，对寺院道长说：“我是从蕲州来的大夫，专门采集药材，研究药效的，听说贵寺有仙果，能否给我看一看？”白发苍髯的老道长将李时珍认真打量一番后说：“念你是个大夫，不懂这里的规矩，我不想找你什么麻烦，但我要告诉你，这里是皇家禁地，仙果是皇家的御用之品，你还是快快离去为好，不然当心遭受皮肉之苦。”李时珍只好无奈地下山了。
怎么办？难道让这“仙果”永远成为一个谜？夜深人静，李时珍从一条小道摸上山，这时五龙宫里外一片寂静，道士们早已酣然入睡，他轻步绕到后院外，翻墙进入院内，快步来到果树下，迅速采摘了几枚“仙果”与几片树叶，然后翻墙出寺，连夜赶下山去。
回到客栈，李时珍与弟子尝了尝“仙果”，之后又仔细对其进行研究，终于解开了太和山“仙果”之谜。原来它只不过是一种榆树果子的变种，叫做榔梅，其药用功效与梅子差不多。李时珍后来在《本草纲目》第二十九卷五果类记载：“榔梅，只出均州太和山……杏形桃核。”“气味甘、酸、平，无毒，主治生津止渴，清神下气，消酒。”