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所谓消毒，是指用物理、化学和生物的方法杀灭物体中及环境中的病原微生物，其目的是预防和防止疫病的传播和蔓延。为了减少鸡舍中的有害病原菌，必须严格按照下列程序进行清洁和消毒，才能将新的雏鸡或后备仔母鸡引入鸡舍。
一、鸡场消毒的基本要求
（1）一扫 鸡群全部出栏后，清扫槽中的剩余饲料，尽可能搬出全部饲养设备，包括引水器和鸡舍的其他设备，并用水浸泡。清扫鸡舍墙壁、天花板桁条、灯泡、风扇、机器护罩和楼梯等的灰尘和皮屑。清扫和铲除灰尘、多余的垫料或有机物碎屑，运到远离鸡舍的地方，焚烧全部死鸡。使用高压喷雾器喷洒去污剂，以适当的浓度用喷雾器喷洒鸡舍内部表面。有的地方应进行刮、铲，争取擦洗干净。
（2）二冲 用高压泵冲洗鸡舍内设备、屋顶、地面以及墙面、砖柱、窗户等。
（3）三喷 用清水泵抽取消毒水喷洒鸡舍内设备、墙面、屋顶以及地面，直到滴水珠为止，一般每100米 2 鸡舍至少要喷150千克消毒水。使用推荐的合格消毒剂，以适当的浓度用喷雾器喷洒鸡舍内部表面。发生过传染病的鸡舍，要熏蒸消毒。
（4）四空舍 鸡舍喷洒消毒药后要空置3～5天，让鸡舍自然晾干后，换一种消毒药水再次喷洒，常规操作还需熏蒸消毒。
先把鸡舍四周的杂草、鸡粪清除。必要时可以采取措施控制蚊虫和鼠害。通过安全防护和隔离措施保持鸡舍的清洁。病死鸡只集中填埋或焚烧后，用2%～3%烧碱水或20%生石灰水泼洒。
带鸡消毒是指在鸡舍内有鸡的情况下，对鸡舍空气消毒，用低浓度无刺激性或刺激性小的消毒液进行喷雾消毒。带鸡消毒可杀死空气中或附于鸡毛上的病原微生物，另外，喷雾消毒还可增加鸡舍空气的湿度，降低灰尘，暑热天还可降温。
二、消毒的种类
根据消毒的目的不同可分为以下三种。
又称定期消毒，是为了预防传染病的发生，对畜禽圈舍、环境、用具、饮水等所进行的定期消毒工作，是预防鸡传染病的重要措施之一。
在疫情发生期间，对畜禽场舍、排泄物、分泌物及污染的场所、用具等及时进行的消毒。其目的是为了消灭由传染源排泄在外界环境中的病原体，切断传染途径，防止传染病的扩散蔓延，把传染病控制在最小范围。
发生传染病后，待全部病鸡痊愈或最后一只病鸡死亡后，经过2周再没有新的病鸡出现，在疫区解除封锁之前，为了消灭疫区内可能残留的病原体所进行的全面彻底的大消毒。
三、常用的消毒方法
常用的消毒方法有物理消毒法、生物热消毒法、化学消毒法等。
清扫、洗刷、日晒、通风、干燥及火焰消毒等是简单有效的物理消毒方法。清扫、洗刷等机械性清除则是鸡场使用最普通的一种消毒法，通过对鸡舍的地面和饲养场地的粪便、垫草及饲料残渣等的清除和洗刷，就能使污染环境的大量病原体一同被清除掉，由此而达到减少病原体对鸡群污染的机会。但机械性清除一般不能达到彻底消毒的目的，还必须配合其他的消毒方法。太阳是天然的消毒剂，太阳射出的紫外线对病原体具有较强的杀灭作用，一般病毒和非芽孢性病原在阳光的直射下几分钟至几小时可被杀死，如供幼雏所需的垫草、垫料及洗刷的用具等使用前均要放在阳光下暴晒消毒，作为饲料用的谷物也要晒干以防霉变，因为阳光的灼热和蒸发水分引起的干燥也同样具有杀菌作用。通风亦具有消毒的意义。通风不良的鸡舍，最易发生呼吸道传染病，通风虽不能杀死病原体，但可以在短期内使鸡舍内空气交换、减少病原体的数量。
生物热消毒也是鸡场常采用的一种消毒方法。生物热消毒主要用于处理污染的粪便及其垫草，污染严重的垫草将其运到远离鸡舍的地方堆积，在堆积过程中利用微生物发酵产热，使其温度达70℃以上，经过一段时间（25～30天），就可以杀死病毒、病菌（芽孢除外）、寄生虫卵等病原体而达到消毒的目的，同时可以保持良好的肥效。对于鸡粪便污染比较少，而潮湿度又比较大的地面可用草木灰直接撒布，起到消毒的作用。
直接用化学消毒剂进行消毒是养鸡场最常用的消毒方法，主要应用于鸡场内外环境、鸡舍、饲槽、各种物品表面及饮水消毒等。常用化学消毒法包括拌和、撒布、冲洗或清洗、涂擦、喷洒、熏蒸和气雾等方法。
四、影响消毒效果的因素
各种消毒剂的理化性质不同，对微生物的作用大小也有差异。例如，表面活性剂对革兰阳性菌的灭菌效果比对革兰阴性菌好，龙胆紫对葡萄球菌的杀灭效果特别强。同一种消毒剂的浓度不同，其消毒效果也不一样。大多数消毒剂在高浓度时起杀菌作用，低浓度时则只有抑菌作用。一般消毒剂浓度与消毒效果成正比，但乙醇例外。消毒剂的作用时间与浓度有一定关系，浓度越高消毒时间越短。各种消毒剂应按其说明书的要求进行配制，一般情况下，浓度越高其消毒效果越好，但势必造成消毒成本提高，对消毒对象的破坏也严重，而且有些药物浓度提高，消毒效果反而下降。在一定浓度下，消毒剂对某种细菌的作用时间越长，其效果也越强。若温度升高，则化学物质的活化分子增多，分子运动速度增加使化学反应加速，消毒所需要的时间可以缩短。消毒剂需要一段时间（通常指24小时）才能将微生物完全杀灭，还要注意大多灵敏消毒剂在液相时才能有最大的杀菌作用，即被消毒的物体表面应保持一定的潮湿度。
同一种消毒剂对不同微生物的杀灭效果不同，同时也与细菌的数量、菌龄及芽孢的有无有关。细菌芽孢抵抗力最强，幼龄菌比老龄菌敏感，菌量越多，所需消毒时间越长。一般良好的消毒剂在室温下10分钟内可杀死结核菌、溶血链球菌、大肠杆菌、白色念珠菌等，对养鸡业，消毒剂和消毒方法的选择应以家禽病原（如新城疫等病毒或引起慢性呼吸道病支原体等）为目标。
杀菌过程是一种化学反应，化学反应的速度随温度的升高而增快，故温度高杀菌效果好。温度升高可增加消毒杀菌率。大多数消毒剂的消毒作用在温度上升时有显著增加，尤其是戊二醛类，但易蒸发的卤素类的碘剂与氯剂例外，加温至70℃时会变得不稳定而降低消毒效力。许多常用温和消毒剂，在冰点温度时毫无作用。在寒冷时，最好将消毒剂泡于温水（50～60℃）中使用，消毒效果会较佳。甲醛气体熏蒸消毒时，室温提高到20℃以上效果较好，这里的温度要求是指被消毒对象表面的温度，非空气的温度。酸碱度对消毒的效果剂也有影响。卤素类（如碘剂与氯剂等）、合成石炭酸类在酸性时消毒效力较碱性时佳；阳离子表面活性剂则相反，碱性时的效力比酸性时佳。为对抗环境中不利于作用的pH值，消毒剂产品的配方常含有缓冲剂。例如，季胺盐类化合物的戊二醛消毒剂，在碱性环境中杀灭微生物效果较好，酚类和次氯酸盐药剂则在酸性条件下杀灭微生物的作用较强。
细菌常与某些有机物混在一起，这些有机物对细菌有保护作用，并与消毒剂结合，影响杀菌效果。有机排泄物或分泌物存在时，所有消毒剂的作用都会大大减低甚至无效，其中以季胺化合物、碘制剂、甲醛所受的影响较大，而石炭酸类与戊二醛所受影响较小。有机物以粪尿、血、脓、伤口坏死组织、黏液和其他分泌物等最为常见。因此，将欲消毒的器械等先清洁后再施用消毒剂为最基本的要求，可借助于清洁剂与消毒剂的合剂来完成。
被消毒对象表面干净与否直接影响消毒剂的效力。污染程度越严重，消毒就越困难，因为微生物彼此重叠，加强了机械保护作用。所以，在处理污染严重的物品时，必须加大消毒剂浓度，或延长消毒作用的时间。硬水配制消毒剂需提高药剂浓度，或先将水进行软化处理，否则消毒力会降低。石炭酸类消毒剂受硬水影响的程度，较碘剂或季胺化合物轻微，装药液的桶以塑胶制品为宜。
阴离子表面活性剂可降低季胺盐类和洗必泰的消毒作用，因此不能将新洁尔灭等消毒剂与肥皂、阴离子洗涤剂合用。次氯酸盐和过氧乙酸会被硫代硫酸钠中和，金属离子的存在对消毒效果也有一定影响，可降低或增加消毒作用。消毒剂需要一段时间（通常指24小时）才能将微生物完全杀灭。还要注意大多灵敏消毒剂在液相时才能有最大的杀菌作用，即欲消毒物的表面应保持一定的潮湿度才能获得较好的消毒效果。
五、理想消毒剂的选择标准
好的消毒剂应该具有强大的杀菌力、穿透力强，杀菌作用不受或少受有机物存在的影响，作用迅速，奏效快。此外，还应具有易溶于水、性质稳定、不易氧化分解或易燃、易爆、便于储藏的特点。同时对金属、木材、塑料制品等没有损坏作用，无腐蚀性。使用方便、价格低廉。对人畜无毒害作用。
六、常用的消毒剂
消毒的效果如何，则取决于消毒剂的种类、药液的浓度、作用的时间和病原体的抵抗力以及所处的环境和性质，因此在选择时，可根据消毒剂的作用特点，选用对该病原体杀灭力强，又不损害消毒的物体，毒性小，易溶于水，在消毒的环境中比较稳定以及价廉易得和使用方便的化学消毒剂。常用的化学消毒剂有氢氧化钠（钾）、石灰、高锰酸钾、漂白粉、次氯酸钠、乳酸、酒精、碘酊、紫药水、煤酚皂溶液、新洁尔灭、福尔马林、苯酚、过氧乙酸、百毒杀、威力碘等多种化学药品。
七、卫生消毒程序
办公室、食堂、宿舍及其周围环境每周大消毒1次。
鸡舍内走道、工作间每天打扫干净，每天喷雾消毒1次。鸡群带鸡消毒每天1次（怀疑有疾病的鸡群应加强消毒）。公共场所、鸡舍外道路、空地等地方每周消毒2次。正门消毒池水每周不少于更换3次，洗手盆的消毒水每天更换1次，保持有效浓度。鸡舍消毒池与盆每天更换1次，保持有效浓度。
进入生产区的车辆车身必须彻底用高压喷枪进行消毒，随车人员消毒方法同生产人员一样，随车所有物品（包括蛋托、蛋箱等）必须严格消毒后才能进入。
更衣室、工作服、便服每天紫外线消毒3次，工作服清洗时消毒水消毒。
任何人进入生产区必须更衣换鞋，脚踏消毒池，消毒盆洗手，工作服只准许在生产区内穿，不准带出。
场内鸡笼每次使用前后必须严格消毒，外来鸡笼不能进场。
八、鸡体喷雾消毒技术
鸡体喷雾消毒可以杀死或减少鸡体和鸡舍内空气中的病原微生物，同时可以沉降空气中的尘埃，保持舍内空气清净。夏天采用鸡体喷雾消毒还可以起到防暑降温的作用，喷雾消毒对预防禽类的传染病能起到一定作用，尤其是可较好预防病毒性传染病和细菌性传染病，如鸡新城疫、传染性法氏囊病以及大肠杆菌、沙门菌等病的发生。带鸡消毒应遵循以下方法。
消毒前应先清扫鸡舍污物，保证鸡舍、鸡笼、地面、墙壁及鸡舍用具的清洁卫生，以提高消毒效果和节省消毒液的用量。鸡舍环境中鸡体的排泄物、分泌物以及灰尘等会妨碍消毒药物与病原微生物的接触，直接影响消毒剂的作用效果，所以在消毒前要彻底清扫鸡舍环境，保证消毒效果。
带鸡消毒时一般在晴天进行较好，鸡舍内的温度控制在22～25℃为宜。一般选用市售的自动喷雾装置或农用小型背式喷雾器进行喷雾消毒，消毒药液要现用现配。消毒时喷口不能直射鸡群，喷头距鸡体50厘米左右为宜，边喷边匀速走动，消毒液呈雾状（雾粒大小80～120微米）均匀散落于鸡体、地面、笼具等，以鸡的羽毛微湿为宜，防止呈水滴状。鸡舍温度较高时，可放慢喷雾速度，延长消毒时间，以降低舍内温度。温度较低时，应加快喷雾速度，缩短消毒时间，减少应激。一般按照“由上至下、由里向外”的顺序消毒，即先舍顶、墙壁、笼架，最后地面；鸡舍由里向外，从进风口到排风口方向，防止留有死角。
由于喷雾使得鸡舍、鸡体潮湿，消毒结束后要及时开窗通风，使其尽快干燥。此外，鸡舍要保持一定的温度，特别是育雏阶段的喷雾，要将鸡舍温度提高3～4℃，避免雏鸡受冷扎堆而被压死。
消毒的注意事项如下。
（1）在鸡接种活疫苗的当天和接种前后各1天应停止喷雾消毒。鸡舍内的通风换气不良，尤其是对50日龄以内的雏鸡（不低于10日齡）在通风的情况下，不可喷雾，以免药物刺激呼吸系统引起炎症。
（2）消毒药液要现用现配，配制高浓度的、腐蚀性较大的消毒药液时要戴防护手套。
（3）在喷雾时要戴口罩，注意自我保护，以减少刺激。
（4）带鸡消毒，全年均可进行，一般情况下每周消毒1～2次，春秋季节疫情常发时可增至每周3次，发生疫病时可每天带鸡消毒1～2次，也可根据鸡舍污染情况而定。
（5）消毒前要先清扫鸡舍，喷雾消毒时鸡群密度不宜过高，以防挤压踩死。
（6）喷雾消毒时若鸡群处于紧张、惊吓状态，可设法让鸡群逐渐适应，不可强行实施。
九、消毒效果的检查
检查地面、墙壁、设备及圈舍场地清扫的情况，要求干净、卫生、无死角。
查看消毒工作记录，了解选用消毒药剂的种类浓度及其用量。
将灭菌后的培养基暴露在鸡舍内1分钟，然后进行恒温培养，确定细菌的种类及数量，评定消毒效果。也可用消毒后的湿棉签擦拭地面、墙壁1～2分钟，然后浸泡在30毫升的生理盐水中5分钟，检验菌落总数、大肠杆菌数和沙门菌数。
十、鸡场生物安全措施
所谓“全进全出制”是指在同一栋鸡舍或全场同时间内只饲养同一日龄的雏鸡，如果雏鸡数量不够，不得已饲养两批鸡，日龄相差不超过5～7天者为全进。经过一个饲养期后，又在同一天（或大致相同的时间内）全部出栏者称为全出。出场后清洁消毒，相隔1～2周再养下一批鸡。这种饲养制度有利于切断病原的循环感染，有利于疾病控制，同时便于饲养管理，有利于机械化作业，提高劳动效率。“全进全出制”全出后鸡舍便于管理技术和防疫措施等的统一，也有利于新技术的实施。在第一批出售、下批尚未进雏的1～2周为休整期，鸡舍内的设备和用具可进行彻底打扫、清洗、消毒与维修，这样能有效地消灭舍内的病原体，切断病原的循环感染，使鸡群疫病减少，死亡率降低，同时也提高了鸡舍的利用率。这种“全进全出制”的饲养制度与在同一栋鸡舍里饲养几种不同日龄的鸡相比，具有增重快、耗料少、死亡率低的优点，适于广大肉鸡专业户采用。
采用全进全出制，在生产实践中会出现全进较容易而全出较难，如肉仔鸡出场时发现鸡群生长不整齐，大小相差明显，体重达不到标准，此时只有分批出场，这样会影响鸡群的周转计划和经济效益。因此，在采用全进、全出制时，首先要选择生长发育较整齐的鸡群，在饲养时要提供良好的饲料和足够的饲槽，公雏、母雏以及强雏、弱雏，要采取分群饲养，同时要加强疾病的预防和有效的管理，只有这样才能做到鸡群同期出场。
鸡场出、入口处应设紫外线消毒间和消毒池。鸡场的饲养人员在进入生产区前，必须在消毒间更换工作衣、鞋、帽，穿戴整齐后进行紫外线消毒10分钟，经消毒池后进入饲养区内。育雏舍和育成舍门前出、入口也应设消毒槽，门内放置消毒缸（盆）。饲养员在饲喂前，先将洗干净的双手放在盛有消毒液的消毒缸（盆）内浸泡消毒几分钟。消毒池和消毒槽内的消毒液，常用2%火碱水或20%石灰乳以及其他消毒剂配成的消毒液。浸泡双手的消毒液通常用0.1%新洁尔灭或0.05%百毒杀溶液。鸡场通往各鸡舍的道路也要每天用消毒药剂进行喷洒。各鸡舍应结合具体情况采用定期消毒和临时性消毒。鸡舍的用具必须固定在饲养人员各自管理的鸡舍内，不准相互通用，同时饲养人员也不能相互串舍。
进入生产区的车辆，必须用高压喷枪进行车身消毒，随车人员消毒方法同生产人员一样，随车所有物品（如鸡笼、蛋托、蛋箱等）必须严格消毒后才能进入。
饲料、产品等的运输车辆，是鸡场经常出入的运输工具。这类车辆与出入的人员比较，不但面积大，而且所携带的病原微生物也多，因此对车辆更有必要进行消毒。为了便于消毒，大、中型养鸡场可在大门口设置与门等宽的自动化喷雾消毒装置。小型鸡场设喷雾消毒器，对出入车辆的车身和底盘进行喷雾消毒。消毒槽（池）内铺草垫浸以消毒液，供车辆通过时进行轮胎消毒。应该注意，在门口撒干石灰来代替消毒池消毒的方法，起不到消毒作用。
车辆消毒应选用对车体涂层和金属部件无损伤的消毒剂，具有强酸性的消毒剂不适合用于车辆消毒。消毒槽（池）的消毒剂，最好选用耐有机物、耐日光、不易挥发、杀菌谱广、杀菌力强的消毒剂，并按时更换，以保持消毒效果。车辆喷雾消毒一般可使用百毒杀、强力消毒灵、优氯净、过氧乙酸、农福等。
鸡场房舍布局要合理，做到生产区与非生产区分开，非生产区和水源处于鸡场的上风向，脏道、净道分开，粪场位于鸡场的下风向。育雏舍与育成舍分开，育雏舍在鸡场的上风向。鸡场内每天清扫1次，每半月全场消毒1次。鸡舍内及时清粪，并要每天带鸡消毒。带鸡消毒的消毒剂要慎重选用，使用时浓度配制要准确，既要达到消灭病原体的目的，又不能损害鸡体健康。用于环境消毒的消毒剂要选择杀伤力强的广谱消毒剂。不同特点的消毒剂交替使用，可以提高消毒质量。
隔离患病鸡、疑似患病鸡、健康鸡，并分别饲养在符合动物防疫要求的相对独立的不同鸡舍，尤其注意将病鸡隔离于不易散布病原体而又便于诊疗和消毒的地方，以防疫病的传播和扩散。严禁工作人员在隔离区及非隔离区串行，必要时采取封锁措施，并对整个场区进行彻底清扫、消毒。
死鸡对任何一个鸡场来说都是不可避免的。正常的死亡率在2%～5%之间，如饲养管理不当，其死亡率可达15%以上。因此，对死鸡的处理便成了生产中的一个重要问题。常规的处理方法通常是深埋和焚烧。
（1）深坑掩埋 深坑掩埋是传统的处理方法之一，优点是挖土坑费用较低且不易产生较大气味。缺点是易造成土壤和地下水污染，尸体坑有可能播散病原。由于近年来，地下水污染越来越受到社会各界的关注，有些地方已经规定“坑埋法”为违法行为。因此，死鸡不能随便埋入土壤中，应当建立规范的尸体坑，即用水泥板或砖块砌成的专用深坑。一般l万只蛋鸡需要13米 3 容积的深坑，深埋死鸡时要洒入火碱或石灰。
（2）焚烧处理 对死鸡进行焚烧处理是另一种传统的死鸡处理方法，以煤炭为燃料，在高温焚烧炉内将死鸡烧成灰烬，可以避免地下水及土壤的污染，不会与其他鸡产生交叉感染，并能彻底灭菌。但这种方法常常会产生大量臭气，易造成空气污染。许多地方制定了大气污染条例，限制焚烧炉的使用，而且消耗燃料较多，处理成本较高。因此，在选择焚烧炉时应注意其燃烧效率，而且最好有二次燃烧装置，以消除臭气。
死鸡深埋和焚烧从防病的角度看是可取的，但从环境保护来看却存在着许多问题。深埋会污染地下水，焚烧不仅价格昂贵而且也会污染空气。在现今环境保护意识逐渐增强的情况下，均会受到限制而不宜采用。
（3）堆肥法 通过嗜热菌对死鸡、厩粪及秸秆中氮和碳的利用，合成细菌性的生物物质。在堆制过程中不仅可使原料体积缩小35%～45%，而且可使其内部的温度高达60～73.9℃。这个温度既可杀灭细菌，同时也不产生恶臭和虫害。一般经2～3周时间，死鸡的软组织即会全部分解而成为无臭的腐殖质。制作前应先准备两个“堆制室”或“堆制窖”，“堆制室”的地面应为水泥地面。制作时，先在第一“堆制室”的地面上铺上30厘米厚的刨花或木屑、花生壳、谷壳、麦穗壳、旧垫料等，其上再加一层秸秆以利通气，然后按重量比例顺次放入1份死鸡（单层放码）、2份厩粪、0.1份秸秆和0.25份水。每天的死鸡均按此比例和顺序依次放码直到堆满为止。但应注意，最后一层死鸡上面必须加上厩粪、秸秆和水，然后再行封闭。经5～10天，其内温度可达54.4℃以上。这个温度足以使有机物质分解，并杀死病原微生物、草籽及蝇蛆。14天后，待温度下降时则转入第二“堆制室”。第二“堆制室”的地面上也应先铺上一层锯木屑之类的垫料。转入后的混合堆制物会再次升温并继续杀灭细菌。在第二“堆制室”内经7～10天，即可利用。“堆制室”的大小可根据鸡场规模按死亡率进行估计确定，同时还应考虑生产处理周期有一定的周转室，以便于每天的死鸡都能加以按时处理。