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寄生虫病的确诊应是在流行病学资料调查研究的基础上，通过实验室检查，查出虫卵、幼虫或成虫，必要时可进行寄生虫学剖检。
病原体检查是寄生虫病最可靠的诊断方法，无论是粪便中的虫卵，还是组织内不同阶段的虫体，只要能够发现其一，便可确诊。但也应注意在有些情况下动物体内发现寄生虫，并不一定就引起寄生虫病。当寄生虫感染数量较少时，多不引起明显的临床症状，如鸡球虫、牛羊消化道线虫等；有些条件性致病性寄生虫，在动物机体免疫功能正常的情况下，也不致病，如弓形虫。因此，在判断某种疾病是否由寄生虫感染所引起时，除了检查病原体外，还应结合流行病学资料、临床症状、病理解剖变化等综合考虑。
仔细观察临床症状，分析病因，寻找线索。如仔猪感染蛔虫病时，初期往往症状明显，最为常见的表现就是咳嗽、体温升高等。一些特征性临床症状可以为某些寄生虫病的诊断提供重要依据。如动物表现瘙痒、脱毛、皮肤增厚并形成结痂，可能与疥螨有关。
然而，在大多数情况下，寄生虫病的临床症状并不典型，临床症状不具有特异性，只有部分寄生虫病具有典型的临床症状，如巴贝斯虫病引起患牛的高热、贫血、黄疸、血尿；疥螨病引起患畜发生剧痒、消瘦、患部皮肤脱毛、结痂；患脑多头蚴的牛、羊出现转圈等神经症状，对于这些有典型的临床症状的寄生虫病，可根据临床症状做出初步诊断。
患有寄生虫病的家畜，经常所能观察到的症状为消瘦、贫血、营养不良、发育受阻等。这些症状不是寄生虫病所特有的，其它慢性疾病也具备。因此它不是唯一的。临床症状的观察是发现病畜的基础，为下一步采用其它诊断方法提供依据。
绝大多数蠕虫病多呈慢性经过，病程较长；而在原虫感染时，虽有部分在病初呈急性经过，但往往很快转为慢性或呈带虫现象而成为传染源。症状的严重程度取决于虫体寄生的数量、虫体的大小和寄生部位、寄生虫在体内的移行过程等多种因素的作用。患寄生虫病的动物一般呈营养不良、贫血、衰弱、生长障碍及生产性能下降等非特异表现。因此，寄生虫病的诊断很难仅仅依靠临床症状表现而做出确切的诊断结果，必须根据流行病学资料分析、临床症状检查、病理剖检、病原体检查以及其它辅助检查结果的综合分析才能做出。
全面了解家畜的饲养环境条件、管理方式、发病季节、流行状况、中间宿主或传播者及其它类型宿主的存在和活动规律等，统计感染率（即检查的阳性患畜与整个被检畜的数量之比）和感染强度（是表示宿主遭受某种寄生虫感染数量大小的一个标志，有平均感染强度、最大感染强度和最小感染强度之分）。
用于死后诊断及驱虫试验。根据具体情况，可以找出各种寄生虫并进行计数，也可以只找寄生于个别器官的寄生虫进行计数。剖检找虫时可按病例剖检的顺序进行各器官系统的检查。
在初步怀疑的基础上，采用针对一些寄生虫的特效药进行驱虫试验，然后观察疾病是否好转。当临床症状渐轻或消失，或患畜体内有虫体排出时，就可以进行检查鉴定，达到确诊的目的。如诊断羊鼻蝇蛆病时，可往患羊鼻腔内喷雾敌百虫等杀虫剂，如用药后从鼻孔内喷出羊鼻蝇蛆，即可确诊。