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自然交配又称家畜本交，指公母畜直接交配。又可根据人为干预的程度分为如下四种方式。
见于群牧畜群。公母畜常年混牧饲养，一旦母畜发情，公畜即与其随意交配，是一种不受人工控制的最原始的交配方式。
在配种季节内，将母畜分成若干小群，每群放入一头或几头经过选择的种公畜，任其自然交配。这样，公畜的配种次数得到适当控制，并实现了一定程度的群体选种选配。但是仍然无法防止生殖器官疾病的传播，公畜的配种利用率仍然有限，母畜的预产期也难于推测。
公母畜平时隔离饲养，当母畜发情时，在圈栏内放入母畜与特定的公畜交配。这种方式在一定程度上克服了自由交配的缺点，公畜的配种利用率比分群交配有所提高，选种选配也比较严格。
公母畜平时严格分开饲养，只有在母畜发情配种时，才按原定的选种选配计划，令其与特定的公畜交配，并对母畜做好必要的保定、消毒处理等准备工作，并采取其他一些必要措施，以辅助公畜顺利完成交配。与上述三种自然交配方式相比，增加了种公畜的交配母畜头数，延长了种公畜的利用年限；能够调控产仔时间，有利于生产的计划管理；可以实行严格的个体选种选配，建立系谱，有利于品种改良；根据配种记录，可以估测母畜预产期；并在一定程度上防止疫病传播。这是比较科学的人工控制的自然交配方式。