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公禽的生殖系统由睾丸、附睾、输精管和交配器官构成，见图2-1。
图2-1 公鸡的生殖系统
睾丸有2个，位于腹腔脊柱两侧，肾脏前叶的前面，形状似蚕豆，通常左侧略大于右侧。睾丸外面被覆一层白膜，内为实质，由精细管、精细管网和输出管组成，性成熟时在精细管内形成精子。精细管之间分散着间质细胞，产生雄激素，以维持性功能。其重量及颜色常因品种、年龄及功能状态不同而变化。性成熟前体积小，颜色呈黄色；性成熟后，尤其在繁殖季节，显著增大，呈乳白色；当性功能减退时，则又变小。通常因表层血管分支丰富而呈淡红色。睾丸的主要功能是形成精子和分泌雄性激素，见图2-2。
图2-2 公鸡的睾丸
家禽的附睾不发达，是在睾丸的背内侧缘分布的许多睾丸旁导管系统组成的附睾区。由睾丸网、输出小管、附睾小管和附睾管组成。精细管汇集于睾丸网，经若干条输出小管与附睾管相连，附睾管则与输精管相连。输出小管和附睾管不仅是精子进出输精管的通道，而且还具有分泌功能。鹅的附睾不很明显，主要是由睾丸输出管构成，最后汇成很短的附睾管。
由附睾管延续而来，输精管有2条，左右各1条，是极端弯曲的细管，它与输尿管平行，开口于泄殖腔。输精管由前至后逐渐变粗，形成一膨大的圆锥形体，即输精乳头，突出于泄殖腔内。精子从睾丸生成后，需经附睾、输精管才能成熟，精子自睾丸经输精管到泄殖腔需24小时。输精管既是精子通过的管道，又是分泌液体成分和主要储存精子的地方。
公鸡、火鸡等没有真正的阴茎，退化的交配器官位于泄殖腔腹面内侧，由“八”字形襞（又称外侧阴茎）和生殖突起组成。交配时，由于“八”字形襞充血勃起，围成排精沟，精液通过排精沟流入母鸡泄殖腔向外翻转突出的输卵管口。鹅、鸭的阴茎较发达，表面形成一排精沟，交配时，排精沟闭合成管状，精液由此射出，见图2-3。
图2-3 公鸭的阴茎
母禽的生殖器官由卵巢和输卵管组成，母鸡的右侧卵巢和输卵管在孵化7～9天后停止发育，到出雏时仅留残迹，左侧卵巢和输卵管发育正常，具有生殖能力。生殖系统由卵巢和输卵管两大部分，参见图2- 4。
图2-4 母鸡的生殖系统
卵巢位于腹腔左侧，左肾前叶的前方，左肺的后方，由卵巢输卵管系膜附于腰部背侧壁上。卵巢由皮质和髓质构成。卵巢上含有许多未成熟卵泡的部分是皮质，髓质由血管、神经和平滑肌的血管区构成。雏禽卵巢小，黄白色，椭圆形。性成熟后，形状很不规则，形成很多大小不同的卵泡，似葡萄。卵泡突出于卵巢表面，呈结节状，肉眼可见约2500个卵泡；显微镜下观察，大约有12000个；有人估算1只母鸡大约含几百万个卵母细胞。每一个卵泡含1个卵子或生殖细胞。最初生殖细胞位于中央，随着卵黄的累积，生殖细胞渐渐升到卵黄表面，即卵黄膜下，移行通道以淡色卵黄填充，形成倒瓶状的蛋黄芯。未受精的蛋，生殖细胞在蛋的形成过程中，一般不再分裂，在蛋黄表面形成一个不透明的灰白色小点，叫胚珠。受精蛋因生殖细胞继续分裂，形成中央透明、周围暗的同心圆结构，叫胚盘。卵泡由卵泡柄附着于卵巢上，表面有许多血管与卵巢髓质相通。卵巢通过卵泡柄运输营养物质供卵子发育。卵泡上与卵泡柄相对中央有一条肉眼看不见血管的淡色缝痕（称为卵裂缝痕），卵子成熟后，由此破裂排出。卵巢的主要功能是产生卵细胞，分泌雌激素、孕酮等。雌激素刺激输卵管迅速发育，促使母禽出现第二性征，接受公禽交配。孕酮刺激排卵诱导素产生，并参与蛋的产生。繁殖期间，如果母鸡接受公鸡的交配或进行了人工授精，精子在输卵管的伞部等待，成熟并排出的卵子将与精子结合-受精。
输卵管为弯曲的长管，有弹性，管壁有许多血管。前端开口于卵巢下方，后端开口于泄殖腔。在卵泡尚未迅速生长之前，输卵管短而细；卵泡迅速生长后，因卵泡分泌的雌激素的作用，刺激输卵管迅速发育成高度卷曲的粗大型管。输卵管根据其形态结构和功能特点，由前向后可分为漏斗部（喇叭部）、蛋白分泌部（膨大部）、峡部（管腰部）、子宫部和阴道部五个部分。
1.漏斗部
漏斗部位于卵巢正后方，呈漏斗状，其游离缘呈薄而软的皱襞，称输卵管伞，向后逐渐过渡为狭窄的管状。产蛋期间漏斗部长度3～9厘米。漏斗部是接纳卵子和精卵结合受精的部位。成熟的卵子自卵巢排出后，纳入漏斗部，如果在此有精子等待，则精卵结合-受精。一般卵子在此部停留15分钟。
有些疾病可导致输卵管炎症，如禽流感、衣原体等，可引起漏斗部变形或水肿，成熟的卵子不能进入漏斗部而进入腹腔，成为“内产蛋”。掉入腹腔的卵可在24小时内吸收，如果掉入腹腔的卵过多，蛋黄在腹腔积累的速度大于吸收速度，就会使大量卵黄在腹腔内堆积，腹部变大，站立形似企鹅，且形成卵黄性腹腔炎，最终导致鸡的死亡，剖检可见大量卵黄与内脏粘连在一起，发出恶臭气味。
2.膨大部
膨大部是输卵管中最长的一段，管径大，管壁厚，黏膜形成发达的皱褶。前端与喇叭部界限不明显；后端与峡部相连，以明显窄环与峡部区分，鸡的此部位长约32～35厘米。膨大部密生大量腺体，包括管状腺和单细胞腺两种。管状腺分泌稀蛋白，单细胞腺分泌浓蛋白。在卵黄向下运行过程中，分层包裹在卵黄外。按照由内到外的顺序：内浓蛋白-内稀蛋白-外浓蛋白-外稀蛋白。膨大部分形成的蛋白大部分呈浓厚黏稠状，其重量为产出的1／2，但进入峡部和子宫部后注入大量水分和盐类，使其重量迅速增加。因膨大部较长，卵在膨大部停留约3小时。
3.峡部
峡部是输卵管中最短的一段，管径较小，管壁较薄，内部纵褶不明显。前端与膨大部界限明显，后端为纵褶尽头，与子宫部相接，鸡的此部位长约10厘米。峡部的主要功能是形成内外蛋壳膜，并吸收少量水分。一般内外蛋壳膜紧密结合为一层，在其他部位难以分辨，但在气室处发生分离。
4.子宫部
子宫部前与峡部相连，后接阴道部，呈袋形，管壁厚，肌肉发达，皱襞长而复杂，多为纵行，间有环行。子宫部分泌子宫液（水分和盐分），通过内外蛋壳膜渗入，使蛋白重量几乎增加一倍，同时蛋壳膜鼓胀成蛋形。卵在子宫部停留的时间最长，鸡的卵为18～20小时。
子宫部的主要作用是沉积钙质，形成蛋壳上的颜色以及蛋壳表面的胶护膜。钙的沉积开始很慢，后随着卵在子宫部停留时间的延长而逐渐加快。子宫部还可产生色素和壳上胶护膜。对某一只鸡来说，蛋的颜色深浅是固定的，由鸡的遗传因素决定。壳上胶护膜作为润滑剂，有利于蛋的产出。蛋壳上有很多气孔，蛋刚产出时，胶护膜将气孔封闭，随着蛋在空气中暴露时间的延长，胶护膜逐渐被氧化，气孔暴露，细菌容易侵入，但是，孵化期间气孔的暴露，有利于胚胎呼吸。
5.阴道部
阴道部是输卵管的最后一部分，前与子宫部相通，后端开口于泄殖腔背部。阴道对蛋的形成不起作用，蛋到达阴道部后，借助阴道的外翻将蛋产出，使蛋不接触到泄殖腔的内容物。鸡蛋在阴道部大约需要停留0.5小时。阴道有暂时贮存精液的作用。漏斗部也可以暂时贮存精液，但阴道腺是贮存精液的主要场所。一般情况下，精子可在阴道内贮存10～14天或更长，仍有受精能力。精子被陆续释放出来，母禽在交配或输精后一段时间内，有连续产受精蛋的可能，这是家禽与家畜在繁殖上的区别，也是家禽繁殖率高的重要原因之一。