孔雀种蛋被各种病原微生物污染后，会出现孵化率下降、弱雏率增高等，有些疾病还会传递给后代，造成全群感染而影响到整体经济效益，因此种蛋从母体内到孵化过程中都要防止污染。

（1）净化疾病，建立健康群 有些疾病如白痢病、支原体病等可以通过卵细胞侵入到种蛋内部，造成污染，因此，应定期进行预防和检查，及时淘汰带病孔雀产下的种蛋。

（2）及时更换垫料 雌孔雀产巢内铺的垫料有可能被粪便及其他病原微生物污染，因此，要经常检查、更换产巢内的垫料，新垫料要清洁卫生，定期消毒。

（3）收集种蛋要清洁 种蛋收集人员也有可能对种蛋造成污染。因此，在收集种蛋时，收集人员要戴好专用的手套，并对手套及集蛋盒、箱等用具定期消毒，保证清洁卫生。

（4）种蛋贮存环境要消毒 对存放种蛋的环境以及用具要进行严格消毒，以防止病原微生物对种蛋的污染。

（5）种蛋入孵前要消毒 种蛋在入孵前应进行消毒处理，同时还应对孵化环境、用具、人员等进行一次性全面消毒，防止带病作业。