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平菇菌种生产厂地最好选择地势开阔、植被覆盖良好、通风好、水电交通便利的向阳场地，并远离养殖场、垃圾场、污水处理场及释放污染气体的工厂及公路。菌种厂的厂房应根据菌种生产工艺流程合理布局，食用菌菌种生产工艺流程一般为：备料、清洗、培养基的配制、灭菌、冷却、接种、培养、检验、储藏。因此，菌种厂必须建造相应的仓库、洗涤间、原料配制室、灭菌车间、冷却室、接种室、培养室、化验室及储藏室等基本设施，此外还有一些辅助设施，如晾晒场、出菇试验区、锅炉房、配电室等。如图3-1所示。
图3-1 标准化简易食用菌菌种生产厂区平面简图
仓库用于盛放生产的原料，要求干燥、通风良好、环境卫生、最好铺设水泥地面。有条件的企业或个人可将辅料和主料分开放置。仓库内要及时清理时间较长的原料，并定期防治一些虫害、鼠害等。库房要有详细的出库和入库记录，包括要记录清楚原料的产地、时间、经手人、价格等。
主要用以洗刷菌种瓶、试管等。室内应修建洗刷池及上、下水道，以利排除污水。并要配备搬运菌种瓶（袋）的筐篮、水管、大盆、瓶刷、洗衣粉等。
生产原料将要在这里进行预处理，进行预湿、拌料、翻堆、装瓶（袋）等操作，地面要求平整光滑的水泥地面，并有较开阔的面积。该地方要配备拌料机、装袋机、周转筐、磅秤、称、天平、锨、桶等工具。
室内通常设有小型手提式高压蒸汽灭菌锅和立式、卧式高压蒸汽灭菌锅，同时根据每日预计生产用量确定相应规格的蒸汽灭菌柜或常压灭菌室等，以满足各级菌种培养基灭菌用。灭菌车间的占地面积无需太大，灭菌车间的一端通常和原料配制室相通，而另一端通常和冷却室相通。
冷却室内墙壁要求平滑，地面要求平整光滑的水泥地面，便于洗刷消毒。室内要求配置2～4支紫外线灯管、换气扇等设备，有条件的可于室内安装通往接种室的传送带。冷却室要定期消毒、清洁，确保空间洁净、无菌。
接种室是生产中非常重要的核心设施。接种室要求无菌程度很高，目前有许多有实力的企业都建了百级无菌接种室。接种室常分里、外两间，外间为缓冲室，面积为2～3m 2 ，内间为接种室，10～15m 2 。内、外间设日式拉门。接种室必须在消毒后能保持无菌状态，所以要求密封性要好。室内地面和墙壁要求平滑无死角，便于洗刷消毒。内间接种室顶部安装紫外线灯、日光灯、木架、工作台，备有酒精灯、无菌水、75%酒精及各种接种工具。条件较好的接种室应安装空气过滤器，操作过程中可不断向接种室通入无菌空气，使其内部压强高于外部房间的压强。缓冲间应安装紫外线灯、日光灯、鞋架、衣架、脸盆、水管等，供工作人员消毒、换衣服和鞋帽以及洗手等。
培养室是培养菌种的场所，要求闭光、通风良好、洁净、保温性好。培养室内安装自动控温装置、空调、加湿器、换气设备、灯管、多层的培养架等，易于保温、控湿、通风换气、检查、摆放菌种等。
化验室是检查菌种质量好坏，观察菌种生长发育情况，鉴定菌种，检查杂菌和配制药品的场所。化验室内应配置仪器柜、药品柜、工作台、显微镜、菌落计数器、恒温培养箱及相关试剂和药品等。
储藏室是存放菌种的场所。室内要求干燥、低温、通风好、洁净、保温、遮光。在存放菌种之前必须进行消毒处理，室内禁止存放有毒药物及其他污染物；地面可经常撒生石灰，喷洒、熏蒸杀菌药以防止杂菌污染；同时要有防虫、防鼠等措施。
晾晒场要远离生产厂区，最好有绿化带隔离，同时位于当地主要风向的下风头。晾晒场内的污染菌袋一定要及时处理，避免因长期日晒雨淋而致使杂菌迅速蔓延传入厂区。