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肉鸭与其他家禽养殖一样，都存在一定的风险。主要表现在以下6方面。
① 市场风险 近年来，毛鸭价格潮起潮落，如2015年上半年毛鸭7.3元～7.4元每千克，下半年5.8元～6.0元每千克，波动范围较大。因各种制约因素（如饲料、兽药、供求关系、生产组织模式、国际市场环境等）的影响，市场行情变化快，价格波动难以预测，时常出现“有市无价”或“有价无市”的局面。
② 疾病风险 肉鸭疫病风险具有不确定性，这是造成养殖业高风险的重要因素。肉鸭养殖最大的风险就是疾病，如病毒性肝炎、大肠杆菌病、传染性浆膜炎、脾脏坏死症、球虫病、支原体感染等。疫病对肉鸭产业的危害性已不仅限于造成肉鸭死亡或个体生产性能下降，更加突出表现为养殖户、消费者对疫病产生恐慌而弃养、弃购，如2013年发生的H 7 N 9 禽流感事件，使肉鸭产业经济发展经常出现波动震荡，极大地损害了广大水禽企业及养殖户的利益，给产业带来很大风险，造成了巨大经济损失。
③ 技术风险 这是肉鸭养殖较大的风险。养殖业是农业项目中风险最大的行业，目前多数养殖户不再依照传统模式，多依靠先进养殖技术为支撑，技术水平的高低、技术的适用与否、应用是否得当，都会影响到养殖户的生产效益。如果养殖技术或经验不足，一旦发病，肉鸭会出现大批死亡，同时，还会造成巨大的经济损失。
④ 政策风险 农业政策中的畜产品价格政策、环保评价政策、全国兽药（抗菌药）综合治理五年行动规划、兽药国标化及动物及动物产品兽药残留监控计划等变化经过传导最终会影响畜产品生产的价格。
⑤ 环境风险 一是自然灾害因素，如地震、水灾、风灾、冰雹、霜冻等气象、地质灾害对肉鸭生产会造成损失，从而带来风险；二是国民的肉类消费理念也会影响肉鸭消费量；三是国家陆续出台的相关法律和法规，《环境保护法》《畜禽规模养殖污染防治条例》《中华人民共和国食品安全法（修订草案）》《中华人民共和国土地管理法》到2015年的中央1号文件，无一不在倒逼肉鸭产业加速转型升级。
⑥ 资金风险 由于缺乏足够的资金保障使得肉鸭养殖不能顺利开展，从而形成资金风险。