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① 肉鸭品种不能满足产业发展需要 北京鸭是著名的肉鸭品种，驰名中外。英国的樱桃谷公司、法国的克里莫公司、美国的枫叶公司等饲养的大体型肉鸭品种均是北京鸭。上述国外公司的北京鸭育种工作已经进行了半个多世纪，其培育的新型北京鸭配套系在饲料转化率和胸肉率方面与我国传统原始北京鸭比较具有一定优势，该品种已经返销到中国市场，并形成强大市场优势，而我国北京鸭的国内市场优势已经不存在。我国经过20多年的品种选育和品系选育，新培育的北京鸭配套系的生长速度已经超过国外品种的水平，其胸肉率和饲料转化效率已经与英国北京鸭相当。
目前，我国南方肉鸭市场需要大量体重在2.0～2.5kg的肉鸭。北京鸭系列肉鸭，包括我国培育的新型北京鸭配套系、英国北京鸭配套系（樱桃谷公司培育的北京鸭）等在30日龄左右时体重已经达到2.1～2.3kg，而胸肉重只有40g左右，胸肉率约3.0%，胸肉产量很低。因此，提高早期肉鸭的胸肉重对产业发展具有特别重要的意义。
② 养殖观念陈旧，养殖设施相对落后 目前我国肉鸭养殖业普遍采用低投入、开放式大棚生产模式。大棚饲养占全国总饲养量的90%以上，基础设施和设备简陋，饲养环境差。近几年来，我国建设了许多肉鸭养殖小区，规模巨大。其设备简陋、管理混乱、实行家庭承包、套养混养现象普遍，导致疾病泛滥、交叉感染十分严重，药物使用频繁，肉鸭健康不能得到保障，产品卫生、安全存在隐患。
③ 肉鸭营养与饲料配制技术研究亟待深入 我国的营养与饲料研究课题长期以来一直集中在猪、鸡和牛方面，几乎没有肉鸭营养与饲料方面的研究课题和研究队伍。因此，缺乏对肉鸭的生理生化、营养、饲养及饲料配制技术的系统研究；肉鸭饲料配制缺乏科学依据，饲料资源浪费严重。美国NRC推荐的肉鸭营养需要量数据主要依据鸡的试验数据制定，不适用于肉鸭生产。我国的肉鸭饲养标准直到2012年后才制定出并开始应用。
④ 肉鸭疾病危害严重，成为影响产业经济效益与食品安全的关键因素 近年来，肉鸭传染病的流行日趋复杂，表现为老病未除，新病不断。鸭病毒性肝炎、传染性浆膜炎是过去长期危害我国肉鸭产业最主要的疾病，近年来又出现了新的病原或其病原出现了新的血清型，如鸭新型病毒性肝炎、脾脏坏死症、长舌综合征、副黏病毒病、呼肠孤病毒病和圆环病毒病等，在我国各肉鸭密集养殖地区大面积暴发，给肉鸭养殖业造成了重大经济损失。
⑤ 肉鸭食品安全卫生保障体系亟待建立 近几年来，我国先后发生了瘦肉精（盐酸克伦特罗）、假奶粉、毒奶粉、苏丹红等一系列食品安全事件，极大地危害了我国消费者的身心健康，反映出我国在动物性食品生产过程中存在着严重的安全隐患。目前，在我国肉鸭产业方面，生产者的健康养殖观念仍然淡薄，普遍存在着滥用劣质饲料（例如使用带菌肉骨粉、发霉饲料等）、饲料添加剂和各种药物的现象，导致动物产品品质下降，食品安全无法保障。为此，应加强健康养殖与生态养殖关键技术研究与推广、环境控制与疾病防治，建立饲料配制技术标准与产品标准、兽药使用法规等标准化体系，确保肉鸭产品安全、无污染、低（无）残留。
⑥ 养殖理念不科学 如选择鸭苗重价格轻品种、质量；选择饲料，不注重优质全价，选择饲料原料不会从外表鉴别优劣；忽视环境效益，轻视水源和运动场设施；鸭病防控中不注意生物安全措施的落实，重治轻防现象突出等。