肠分小肠和大肠，小肠分十二指肠（duodenum）、空肠（jejunum）和回肠（ileum），大肠包括盲肠（cecum）、结肠（colon）和直肠（jejunum）。小肠位于腹中，上端通过幽门与胃相连，下端通过回肠、盲肠、结肠口与大肠相连。

十二指肠与空肠以胰腺导管和胆管的开口为界；空肠和回肠以回盲韧带游离缘为界。在小肠的中段还有一短小的突起，称为卵黄囊憩室（vitellicle diverticulum），是卵黄囊及其柄的遗迹。小肠的管径从前至后逐渐缩细，但其组织结构的变化不明显。

小肠是进行化学性消化的主要场所，也是吸收各种营养物质并将其转运至血液的重要部位。

1.黏膜（mucous membrane）

在十二指肠的起始段，黏膜形成永久性环行皱襞，黏膜上皮和固有层共同突向管腔形成绒毛。黏膜上皮细胞游离缘也具有微绒毛，电镜下形成纹状缘结构。绒毛根部的上皮下陷至固有层形成管状的小肠腺，又称肠隐窝，小肠腺与绒毛的上皮是连续的，小肠腺直接开口于肠腔。

（1）黏膜上皮　为单层柱状上皮，上皮细胞之间分布有许多杯状细胞和内分泌细胞，杯状细胞由前向后逐渐增多。

（2）固有层　由含有较多细胞成分的结缔组织构成，其中有血管、神经和小肠腺，有时可见弥散淋巴组织、孤立淋巴小结（solitary lymphoid nodule）和淋巴集结（peyer patches）。

小肠腺较短，开口于绒毛基部，分布有单层柱状上皮细胞（columnar epithelial cell）、杯状细胞（goblet cell）、内分泌细胞（endocrine cell）、潘氏细胞（paneth cell）和未分化细胞［undifferentiated cell，又称干细胞（stem cell）］。

（3）黏膜肌层　由内环形肌和外纵形肌两层平滑肌构成。

2.黏膜下层

为较薄的疏松结缔组织，含较多血管和淋巴管，有明显的十二指肠腺（duodenalgland），为复管泡状的黏液腺，其导管穿过黏膜肌开口于小肠腺底部。此腺分泌碱性黏液（pH8.2～9.3），可保护十二指肠黏膜免受酸性胃液的侵蚀。

3.肌层（muscular layer）

由内环形肌和外纵形肌两层组成。肌间结缔组织中分布有血管、淋巴管（lymphatic vessel）及神经丛（nerve plexus）等。

4.外膜（tunica externa）

十二指肠后壁为纤维膜，小肠其余部分均为浆膜。