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在淝水之战击败前秦后，谢安建议应乘机北伐，经略淮北。开拓中原，进行北伐。太元九年（公元384年），东晋派遣谢玄为前锋都督，率领豫州刺史桓石虔等北伐。
击败前秦的北府兵士气高涨，因为他们大都是北方来的勇士，其心向往故土，因而具有恢复失地的迫切心理。在这样的部队支持下，谢玄北伐进展顺利。谢玄兵锋所指，各地纷纷投降或逃跑，先后占领下邳（今江苏睢宁县西北）、彭城、鄄城（今山东鄄城北旧城），从此黄河以南各城皆归附晋，兖州全被平定。后来谢玄又率军进伐青州（今山东益都），军至琅邪，前秦青州刺史苻朗投降。谢玄分遣诸将，派遣龙骧将军刘牢之进据确敖，济阳太守郭满进据滑台，将军颜肱、刘袭进军河北，这是东晋自祖逖北伐以来，首次进军河北。符丕派遣将军防守黎阳，企图阻止晋军的推进，刘袭进行了夜间突袭，攻克了黎阳。符丕大为恐慌，不得不向东晋求饶，愿意让出邺城，请东晋放他们一条生路去长安，东晋朝廷加封谢玄都督徐、兖、青、司、冀、幽、并七州军事。谢玄再任前锋都督，率兵伐前秦，开拓中原，先后平定徐、兖、青、司、豫、梁诸州（今江苏、山东、河南境内），迁都督徐、兖等七州诸军事（治所下邳）。
刘裕灭南燕之战
然而由于东晋内部权力之争，忠心耿耿的谢氏一族谢安和谢玄先后主动让出权力，谢玄于公元386年还镇淮阴，形势大好的北伐也就到此结束了，并在不久之后病死。
谢玄有经国才略，长于治军，善于用兵。他重新组建了北府兵，经过训练和战争的考验，北府兵的强大战斗力成为了挽救东晋危亡的关键力量。在淝水之战中，谢玄审时度势、善捕战机、突破一点，逐次败敌，终获全胜的指挥艺术，显示了一个军事家的卓越才能。后来又乘胜北伐，本来可能在建殊功，可是在东晋那个内乱不断的朝廷里终于没有这样的机会。但是他塑造的北府兵已经强大起来了，将继续进行北伐。
在谢玄建立能征善战的北府兵后，其中涌现出一大批优秀的北府将领，前有刘牢之，后面最为有名的就是刘裕。
东晋义熙年间，寒门出身的北府兵将领刘裕掌握北府兵权以后，自元兴三年（公元404年）桓玄之变后掌握东晋军政大权，便积极组织，两次举兵北伐。义熙六年（公元410年）北伐，攻占广固，灭南燕，收复了黄河以南广大地区。义熙十三年（公元417年）北伐，攻克长安（今陕西西安市西北），灭后秦，收复了关中地区。义熙九年（公元413年）派兵西征，平定成都（今四川成都市），灭割据益州，称臣于后秦的憔蜀政权。刘裕北伐是东晋南北朝最有影响力的北伐。刘裕北伐、西征依靠的主力都是北府兵。北府兵上述一系列军事活动在历史上起了积极作用，它的功绩是不可磨灭的。刘裕北伐也留下了一个个经典战例。
1.刘裕伐南燕
公元409年，刘裕自率十余万人从建康出发，从水路自淮入泗。五月到达下邳（今江苏睢宁古邳镇）。刘裕留下船舰、辎重，率军徒步取道琅邪（今山东临沂北）北进。所过之处，皆筑城堡，分兵留守，以防南燕骑兵袭击粮道和退路。面对刘裕大军的逼近，南燕大将公孙五楼向慕容超提出，晋军远道而来，要么凭据大岘山（今山东沂山）之险抵抗晋军，使晋军不能深入，再或者坚壁清野，据城死守，待机断晋粮道。两种建议慕容超都没有选择，他认为鲜卑的骑兵是天下无敌的，他要在北方平原上与刘裕一决高下。在临朐（今山东潍坊市西南）南，南燕的九万大军与刘裕的十万大军展开决战。在平原上，南燕鲜卑的骑兵是有优势的。刘裕深知鲜卑铁骑在平原上的威力，晋军在骑兵方面的劣势只能通过极高的战术素养来弥补。刘裕在此战中祭出了已经淡出了中国古代战场的兵种——战车，战车、步兵、骑兵相结合，充分运用庞大的战车来抵御鲜卑的铁骑冲击和掩护晋军的步骑兵，有效减弱了鲜卑骑兵的威力。在临朐南，燕晋大战，双方杀得惨烈，胜负难分之际，刘裕接受了参军胡藩的建议，派胡藩、檀韶、向弥率军潜出燕军之后，直取空虚的临朐城。临朐城被占，燕军军心大乱，死伤无数。慕容超率残部逃往广固，晋军随即围困广固。南燕方面向后秦姚兴求援，唇亡齿寒，后秦也不想看到南燕被灭，但此时后秦正与夏国赫连勃勃激战，抽不开身。晋军继续攻燕，最终于公元410年2月攻克广固，俘获慕容超，送至建康斩首，南燕被灭。
2.攻灭后秦，进入长安
当初在刘裕伐南燕时，后秦派人威吓刘裕说，将派10万大军援燕。后秦的威胁没吓住刘裕，刘裕很快就攻灭了后秦。
后秦为羌族姚苌所建，都城为长安（今陕西西安），鼎盛时地盘扩张到陕西、甘肃、宁夏及山西、河南的一部分，是当时实力较为强大的胡国。公元416年8月，刘裕兵分五路伐秦，水陆并进，大举北伐后秦。而后刘裕率后部大军屯彭城，沿黄河西进，待前锋五路大军会师洛阳后，与前五路大军合力取关中。各路大军进展顺利，连连告捷。先后降服漆丘（今河南商丘北）、项城（今河南沈丘），攻占新蔡（今河南新蔡）、许昌、仓垣（今河南开封北）。随后王镇恶、檀道济、沈林子三路会合，占据了潼关，又一鼓作气攻克了洛阳。
后来北伐大军逼跑了北魏在黄河南岸的唯一据点滑台（今河南滑县东）。北魏出兵来扰。派了十万魏军到黄河北岸，威胁刘裕亲率的后续晋军，并沿岸扰袭。刘裕率军与北魏军大战。在此战中，刘裕使出了一种全新的水、步、车三种兵种组成的新颖战阵——却月阵。大败北魏兵，让北魏明帝不再干涉晋、秦之间的战争。刘裕后部水军及时抵达陕县，在失去了北魏的支持后，后秦在东晋大军咄咄逼人的气势下阵脚自乱，渐渐失去了抵抗力，沈田子、傅弘之在青泥（今陕西蓝田）大败后秦军；王镇恶率领水军白黄河进入渭水，直取长安。后秦皇帝姚泓投降，后秦灭国。经过二次北伐，一次西征，刘裕消灭了南燕、后蜀、后秦三个割据势力，将东晋的领土扩展到四川、山东、河南、陕西等地。
只是后来东晋内部纷乱，刘裕大军撤回，否则中国王朝更替的历史可能改写。不过刘裕这次北伐还是取得了东晋百年来最辉煌的战绩。
北府兵在这两次北伐中，一举击灭两大强敌，打出了威名。除了北府兵本身强大的战斗力之外，这两次北伐也是顺应形势才成功的。当时北方长期战乱，民不聊生，人们渴望着一个统一的政权，很多汉民盼望着一个汉族政权的重建。而刘裕北伐正是顺应了形势，从而也得到广大人民群众的支持。在刘裕两次北伐中也得到充分体现。如北伐南燕，“华戎欢悦”，“河北居民荷戈负粮至者，日以千数”。北伐后秦时，“关中郡县多潜送款”。先锋王镇恶孤军深入，进至撞关，转输不充时，“百姓竟送义粟”，由此“军食复振”。当晋军攻克长安时，关中百姓“人人相贺”。在这样的情形下，北府兵的北伐才取得了空前的胜利，很大程度上完成了谢玄的遗志。