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由于小龙虾具有抱卵及孵化不同步等生物学特性，导致小龙虾土池育苗存在培育规格不整齐、受自然因素影响较大和规模上不去等，这也在很大程度上限制了小龙虾产业的发展，而小龙虾室内工厂化育苗技术通过同步诱导、分期孵化、高密度育苗等措施解决了这些问题。虽然这种技术尚未成熟，但这种技术是今后小龙虾育苗技术发展的重要方向。
工厂化育苗设施主要有室内亲本培育池、孵化池、育苗池、供水系统、供气系统、供暖系统及应急供电设备等。繁殖池、育苗池的面积一般为12～20米 2 ，池深1米左右。繁殖池及育苗池的建设规模，应根据本单位生产规模及周边地区虾苗市场需求量而定（彩图10）。
彩图10 小龙虾室内工厂化育苗车间
小龙虾的室内人工育苗一般于每年的9月开始，在这之前要进行育苗温室的消毒和育苗用水准备等工作。育苗温室的消毒主要包括生石灰浸泡消毒和漂白粉泼洒消毒两步。生石灰浸泡消毒是指利用生石灰对育苗温室内的水泥池进行浸泡消毒。其具体方法是将水泥池进满水，然后将生石灰化浆后均匀泼洒至水泥池，用量为0.3～0.5千克/米 3 ，浸泡消毒时间至少1周。生石灰浸泡消毒后，排干池水，并将池中剩余的生石灰粉末冲刷干净。完成清洗工作后，开始进行漂白粉泼洒消毒。其具体方法是将漂白粉配制成高浓度的溶液，然后在整个育苗水泥池、地面以及排水区域进行均匀泼洒，然后将温室密闭，利用漂白粉的易挥发特性，对温室进行整体消毒，1周后方可打开温室，将虾苗用水引入温室开始其他后续工作。
工厂化育苗过程中的用水非常关键，这也就要求在育苗开始前就要做好育苗用水的准备。为了节约工厂化育苗的成本，育苗用水采用消毒处理后的池塘水。温室用水的消毒处理工作可在温室消毒工作之前或与之同时进行。具体方法是用生石灰化浆后全池泼洒，生石灰的用量为50千克/亩，待水的pH值降至7.0～8.5后方可使用，进入温室蓄水池时再用80目筛绢过滤1次，待池水澄清后即可进入亲虾养殖池或育苗池。
亲虾的选择标准、捕捞和运输方法与本章第一节中土池苗种规模化生产技术中叙述的相同。获得亲虾后，将亲虾按照雌雄比为5∶1、密度为60～100尾/米 2 放养至水泥池。在水泥池底按亲虾放养数量设置一定比例的弧形瓦片巢穴，既可作亲虾栖息的场所，又可防止虾与虾之间相互残杀。刚放养时水泥池水深为20～30厘米、水温为23～24℃，并保证不间断均匀充气。待小龙虾适应1天后，开始对其进行消毒处理，消毒方法为高锰酸钾药浴，浓度为2毫克/升，药浴时间为30分钟。药浴后，进水至水深为50厘米，即可进行亲虾强化培育（彩图11、彩图12）。
彩图11 不同发育阶段的小龙虾卵巢
彩图12 正在交配的小龙虾
亲虾的强化培育，主要以带鱼、黄豆、沼虾配合料及大麦等多种饲料交替投喂进行。饵料的投喂早晚各1次，早上8点半投喂1次，投饲量约占日投饲量的30%；下午5点投喂1次，投喂量为日投饲量的70%，第2天早上采用虹吸法吸污，将剩余的饵料吸出。亲虾强化培育开始后，每天注意观察池中小龙虾的交配和产卵情况，亲虾强化培育时间为30天左右。
亲虾培育约30天后，池中即出现大量的抱卵虾。抱卵亲虾挑选的方法是，先将亲虾池中的水排干，然后人工挑选抱卵虾。为保证幼虾孵出的同步性，根据卵的颜色，将抱卵亲虾划分为棕色、黄色、黑色3个不同类型，并将3种抱卵虾分别放入不同的网箱。网箱规格为60厘米×60厘米×20厘米，网目为1.5厘米。然后将网箱按照抱卵颜色放置于不同的水泥池中，水泥池的面积为12米 2 ，每个网箱放抱卵种虾30～50尾，每个水泥池放18～20个网箱。网箱漂浮于水面上，主要是起到隔离作用，即孵出后的幼虾离开母体后，可通过网目落入水泥池中，从而可以避免亲虾吃小虾的现象。这种挑选方法每隔15～20天进行1次，整个繁殖期间可进行4～5次（彩图13、彩图14）。
彩图13 抱卵小龙虾
彩图14 室内抱卵小龙虾孵化
孵化期间，孵化池水位保持在60厘米左右，水温28℃左右，不间断充气。为了保证抱卵虾的营养、孵化期间，每天向网箱内投喂带鱼块作为抱卵虾的饵料，每天投喂1次，投喂量的多少根据个体的吃食情况增加或减少。一般经过20～30天，可以在池底见到幼虾，根据目测池中的幼虾密度情况，一般约为2000尾/米 2 时，将余下的种虾移至另一个水泥池中进行孵化，水泥池的各项指标与之前所述的相同。种虾移走后的水泥池中，需要在池中放置一定数量的网片，使其悬立在水体中，主要用作虾苗的隐蔽和栖息场所，同时也可降低幼虾间的互相残杀。
幼虾从母虾上脱离后，开始进入幼虾培育阶段。此阶段水泥池水位控制在60厘米左右，水温28℃左右，前5天主要投喂罗氏沼虾或南美白对虾的粉状料，后5天主要投喂罗氏沼虾或南美白对虾0 # 料及绞碎的大卤虫等。经过10天左右的培育，虾苗即可长至1.5厘米左右，平均成活率可达80%以上（彩图15）。
彩图15 小龙虾苗种
幼虾离开母体后，在水温20～25℃的水中经10多天培育，长到1～2厘米以上时可起捕，再行幼虾培育或直接进行成虾养殖。
利用工厂化设施开展小龙虾苗种繁育，一般在秋冬季进行，苗种出池时，幼虾培育池和外放池塘环境差异较大，尤其是温度。如何将工厂化繁育设施生产的小龙虾苗种顺利分养成功，是决定工厂化苗种生产成败的关键。要做好三项工作：一是幼虾培育池降温处理，当幼虾培育池水温超过外放土池水温3℃以上，应该使用通风降温和常温水掺兑培育池，使培育池逐步降温，降温速度要缓慢，一般一昼夜降温2℃以内，当培育池温度与外塘温度相同时，再开始排干池水，收集苗种，移至土池进行分养；二是分养池环境营造，计划分养的小龙虾池塘应提前做好准备，彻底清塘、施用基肥、移栽水藻，营造优越的生态环境；三是幼虾分养培育的方法跟土池育苗中幼虾管理方法相似，在此不再重复。