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明末刘宗周（号蕺山，1578～1645年）曾说：“格物之说，古今聚讼有七十二家！”虽有如许之异说，然要者，以程朱一系与陆王一系为其代表。
第一，朱熹将“心”视为后天的、经验的、感官的认知功能（认识心）；将“知”视为形而下的、客体（客观）的、可于大脑中记诵、回忆、思维、审察、推究、归纳的累积型经验知识和经验智慧；将“物”视为感官（感性）所认知的对象，逻辑思辨的对象，由材质所构成的实然的、堕性的、现象的、受因果律支配的，同时也是受数理逻辑和形式逻辑支配之物，以及由此形成的物与物之各种关系——事件（简称为“事”）。朱子学的问题最为集中处乃在于将生命科学混淆于社会科学和自然科学，不能将此三大学科体系分判清楚，结果将此三大学系缴绕于一起，成了大杂烩。不仅没能顺历史前进方向而开出近现代意义上的西方社会科学与自然科学，还导致了孔孟心性之学越发地隐晦不明，窒碍不通。朱子期望通过下学而上达，打通形而下之学（经验知识）与形而上之道（心性智慧），但他不明白，形而下之学并不能直通形而上之道；如欲上达至形而上之道，必须超越一下，逆反一下，于心性有切实相应与体悟，方可实现。否则，一味地纠缠和胶固于经验知识之中，必成庄子所言的“以有涯随无涯，殆已”，最佳结果也仅仅是成为社会科学或自然科学领域中某方面的一名专家学者，对推动人类的外解放事业，或许有很大裨益，但于生命觉醒和德化人生之内解放事业，并无直接之价值，永与悟道和成德无关涉，永与孔孟心性之道无契接和相应，也永不能成就《大学》内圣之道。
第二，陆王心性之学紧扣圣贤之旨而不失，嫡传孔孟之道于千载之下，将心性回归自己、彰显自己之一面辨示得饱满而清澈，由此，儒家学术之核心——自律道德，复得以灿明于天下。但其失在于，以陆王为代表的心学一派始终不能明白，心性确有对其自己之一面向，亦确有离其自己之一阶段，故经验知识并非没有其价值，人生若仅有内在之解放并不足够，必须辅以外在之解放，方为圆满。外在之解放必须推进社会科学与自然科学，必须不断地增强生产力（自然科学）和持续地改善生产关系（社会科学），方有望实现之。心性之学（生命科学）永远不能取代社会科学和自然科学；反之，社会科学和自然科学也永远不可取代生命科学。它们之间并行不悖而又各自独立。
程朱理学在辨示心性时，因不明心性内涵的本有诸属性，将其视作为后天的经验之心、经验之知、经验之学，再因其不明生命科学与社会科学、自然科学之本质上的差异，故其学必然地流于支离破碎、博而寡要、纠缠缴绕。陆王心学因不能正视经验知识之价值，不能正视心性确有离其自己之一阶段，将全副精力放置于心性自身之辨示，而严重忽视经验知识、经验智慧于人生于人类之重要性，严重忽视义理建构和经论之研读，致使其学失之于疏离简狂。后期心学与后期佛教禅宗多有相似之处，因不倡导研读经论，不尚学术交流与义理建构，一味地强调直指人心，故不拘礼法，放浪形骸。于禅宗，则出现了大批的默照邪禅、口头禅、文字禅、看话禅、野狐禅、狂悖禅等现象，“兴佛法者，禅也。毁佛法者，亦禅也”。阳明后学亦复如是。
后期陆王心学与禅宗出现的流弊十分相似：
“阳明先生之学，有泰州、龙溪而风行天下，亦因泰州、龙溪而渐失其传。泰州、龙溪时时不满其师说，益启瞿昙之祕而归之师，盖跻阳明而为禅矣。然龙溪之后，力量无过于龙溪者；又得江右为之救正，故不至十分决裂。泰州之后，其人多能赤手以搏龙蛇，传至颜山农、何心隐一派，遂复非名教之所能羁络矣。顾端文曰：‘心隐辈坐在利欲胶漆盆中，所以能鼓动得人。只缘他一种聪明，亦自有不可到处。’羲以为非其聪明，正其学术也。所谓祖师禅者，以作用见性。诸公掀翻天地，前不见有古人，后不见来者。释氏一棒一喝，当机横行，放下拄杖，便如愚人一般。诸公赤身担当，无有放下时节，故其害如是。”（ 黄宗羲《明儒学案·泰州学案》 ）
黄宗羲（号梨洲，1610～1695年）上述的意见，得到大多数学者赞同，例如钱德洪（号绪山，1496～1574年）在王阳明《大学问·跋》中说：“师既没，音容日远，吾党各以己见立说。学者稍见本体，即好为径超顿悟之说，无复有省身克己之功。谓‘一见本体，超圣可以跂足’，视师门诚意格物、为善去恶之旨，皆相鄙以为第二义。简略事为，言行无顾，甚者荡灭礼教，犹自以为得圣门之最上乘。噫！亦已过矣。自便径约，而不知已沦入佛氏寂灭之教，莫之觉也。”
钱德洪看出许多阳明后学，不再重视省身克己的修持工夫，甚至将王阳明注重的“诚意格物”“为善去恶”的要旨，鄙视为第二义（指其已非第一义谛，只具有次要意义，或是接引学人的方便法）。他们言行无法相应，荡灭礼教，还自认得到圣门的最上乘法，实则已陷入释氏的寂灭法之中，而不自知。《明史·刘宗周本传》云：“越中自王守仁后，一传为王畿，再传为周汝登、陶望龄，三传为陶奭龄，皆杂于禅。奭龄讲学白马山，为因果说，去守仁益远。……良知之说，鲜有不流于禅者。”
王阳明的三传弟子陶奭龄等辈，已毫无忌讳地讲演释氏的因果事理，使得阳明的良知说跟禅宗合流。又《明史·王畿本传》云：“（王畿）益务讲学，足迹遍东南，吴、楚、闽、越，皆有讲舍，年八十余不肯已。善谈说，能动人，所至听者云集。每讲，杂以禅机，亦不自讳也。……其后，士之浮诞不逞者，率自名龙溪弟子。”
王学由浙东之王龙溪及泰州之王心斋以后，其讲学之风，逐渐由讲堂之授受，转而重视在日常生活上随处加以指点，使学问与生活打成一片。教人当下洒落自然，摆脱一切习气俗套，矫饰造作，而唯顺应当下良知心体之自发、自觉、自足、自在等属性，显现于日常生活之中。与禅宗之重从生活上之随机指点，所谓“禅机”者，有相近、形似之处。故泰州一派之后学，其思想倾向禅学，或由儒入禅者，大不乏人。此种趋势，造成王学末流多流为狂禅者。其空谈良知、不务实学之风，日盛一日。皆不明孔孟心性之学与佛门心性之学之殊异，不能明辨各心所心、各性所性之真义。《大学》之道，儒门圣学，自此彻底隐没。
第三，程朱理学因落于经验世界和经验知识之域，相应于践履、修养之工夫，也与孔孟所开辟浑圆中道有异，提倡渐修、渐觉之路，将成圣之道无限止地拉长拉远，大体类于“反之”之路（程朱之“反之”与《孟子》所言之“反之”又有异，《孟子》所言之“反之”是在“性之”之前提下的“反之”，故其“反之”之路并不曲折遥远。程朱理学因太过胶着于经验知识之积累，故其“反之”之路十分遥远漫长，其间尚需有一层关键的从形而下跃升至形而上之过程。如实现不了此一环节，其成圣之望几无可能）。陆王心学因始终紧扣超越的心性之道，故能相应于尧舜“性之”之道，于“性之”之道多有发明和丰富。其于践履、修养之工夫，力倡“圣贤之道，吾性具足”，“当下识取，不假外求”之顿悟。然此二学皆没有进至圆融中道之境，以《中庸》之道衡之，皆有所偏，各有所失。
（《大学》格物致知一段，最为历代学者聚讼之处，所累文献资料可谓车载斗量，如若将其纠结聚讼之各节点，俱以疏理讨论，非数十万言乃至百万言，不能毕其功，远非此小书所能承负，此处仅择其大要而述之，但求于此两概念——“致知”与“格物”，得一基本之眉目朗然即可。）