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如前所述，廖平“一变”以礼制平分今、古文，实本于班固的《白虎通义》与许慎的《五经异义》。对此，李学勤曾说：
仔细研究许慎《五经异义》，结果与廖平《今古学考》的学说是不一致的。这促使我们感到，有必要重新考虑汉代经学今文为一大派，古文为另一大派的观点。当时的几种古文经学说未必全然共通，立于学官的十四博士，所论更非“道一风同”。改变自《今古学考》以来普遍流行的今、古两派观点，对于经学史及有关方面的研究是一件大事。
廖平《今古学考》本之《五经异义》，但李学勤却说廖书根本是篡改了《五经异义》的内容。《五经异义》那里并不存在“今文为一大派，古文为一大派”的划分。换言之，廖平根本就不是回归汉儒家法，而是自创一个新的今古文学说体系。
事实上，类似的质疑当时就有人提出。例如刘师培在《今古文考》中就明确指出，汉代区分今古是依据经文书写文字和立不立学官，“由是而言，则今文古文之旨不尽互歧，近人廖平乃以今古文同出孔子，有从周、改制之区，岂不惑哉？”
又如素不喜门户之争的钱穆也指出：
即以廖氏《今古学考》论，其书貌为谨严，实亦诞奇，与六译馆他书相差不远。彼论今古学源于孔子，初年晚年学说不同。穆详究孔子一生及其门弟子先后辈行，知其说全无根据。又以《王制》、《周礼》判分古今。其实西汉经学中心，其先为董氏公羊，其后争点亦以左氏为烈，廖氏以礼制一端划分今古鸿沟，早已是拔赵帜立汉帜，非古人之 真。
反讽的是，民初刘师培入蜀之后，却反过来认同了廖平的主张，改而以礼制分今古了。不特刘师培如此，章太炎也说：“余见井研廖平说经，善分别古今文，盖惠、戴、凌、刘所不能上，然其余诬谬猥众。”
何以这些近代大学者都纷纷趋向于廖说？身为今文家的廖平，为什么会以班固、许慎两个古文家的著作为治学门径？无疑，《今古学考》“平分今古”，树今古文门户之帜，为晚清今古文之争提供了标准。这样的门户之见为什么会深入人心？它反映了近代思想的深层结构经历了怎样的变化？
一般认为，汉代今古文之争大约有四次。唯独最后一次郑玄与何休之争，不涉及到立不立学官的问题。按理说这次争论对汉代官方学术的影响最小，但偏偏就是它给近代的影响最大。据《后汉书》载：
时任城何休好公羊学，遂著《公羊墨守》、《左氏膏肓》、《穀梁废疾》；玄乃发《墨守》，针《膏肓》，起《废疾》。休见而叹曰：“康成入吾室，操吾矛，以伐我乎！”初，中兴之后，范升、陈元、李育、贾逵之徒争论古今学，后马融答北地太守刘绬及玄答何休，义据通深，由是古学遂明。（《后汉书·郑玄列传》）
或许是由于史书叙事方式的原因，世人往往只把郑、何之争视为今、古文之争。但何休哪里只是尊奉今文？《公羊墨守》、《左氏膏肓》、《穀梁废疾》三书明显是要《春秋》三传中独尊《公羊》一传，不特古文经《左传》摒弃之列，即便是今文经《穀梁传》也要排斥。近人崔适受何休影响，竟至于撰写《春秋复始》，索性把《穀梁传》也当作古文经。
郑玄的回应更具有代表性，他不特要为《左传》、《穀梁》辩护，还要“发《墨守》”。范晔以何、郑之争为今古文之争，但何、郑二人更是反映了专家与通儒之间的矛盾。不应忘记，郑玄不只批判过公羊家何休，还撰《驳〈五经异义〉》批判过古文经学家许慎。
两汉博士专守一经，以经义附会时事天象而为章句之学，像董仲舒那样以《易经》与《春秋》互证者，已经算是通才了。而马融、郑玄的兴起，实际上代表一种新的经学研究方式的兴起。他们不再偏于一经，而多采用经文之间相互诠释的方式解经证经。至孔颖达《五经正义》便大量采用这种方式。例如《礼记·曲礼上》：“户外有二屦，言闻则入，言不闻则不入。”孔疏说：
此一节明谓室有两人，故户外有二屦。此谓两人体敌，故二屦在外，知者以《乡饮酒》无筭爵，宾主皆降，脱履於堂下，以体敌故也。若尊卑不同，则长者一人脱屦於户内，故《少仪》云“排阖脱屦於户内者，一人而已矣”是 也。
孔氏以《乡饮酒》、《少仪》解释《曲礼》中的字句，使各篇相互印证，可说为后儒提供“以经证经”的范例。“以经证经”包含了什么样的方法论？
学者往往受胡适影响，以为乾嘉考据学类于西方的实证主义，以为“汉学主张归纳法，宋学主张演绎法”。但按照《布莱克维尔西方哲学词典》的定义，“归纳法”指从多个个别现象抽象出一个普遍规律的哲学方法。比方说，甲朵玫瑰花是红的，乙朵也是红的，丙朵仍是红的……我们就可以据此得出规律：举凡世界上的一切玫瑰花都是红的。
相信没有哪个汉学家是这么做学问的，经文注疏也不可能是什么科学实证主义方法。
对此，钱钟书指出：
乾嘉“朴学”教人，必知字之诂，而后识句之意，识句之意，而后通全篇之义，进而窥全书之指。虽然，是特一边耳，亦祗初桄耳。复须解全篇之义乃至全书之指（“志”），庶得以定某句之意（“词”），解全句之意，庶得以定某字之诂（“文”）；或并须晓会作者立言之宗尚、当时流行之文风、以及修词异宜之著述体裁，方概知全篇或全书之指归。积小以明大，而又举大以贯小；推末以至本，而又探本以穷末；交互往复，庶几乎义解圆足而免于偏枯，所谓“阐释之循环”（der hermeneutischeZirkel）者是矣。
他明确指出，乾嘉汉学注经释经，采用的实际上是用诠释学的方法。我们知道，解释学内部有本体论诠释学（哲学诠释学）和方法论诠释学之分。乾嘉学者即主张“以经证经”，又主张“以史证经”，似乎既重视经文内部的相互诠释，又重视经文与它所处时代的相互诠释。换言之，既取哲学诠释学的路数，又取方法论诠释学的路数。钱钟书既提到“字句之义”与“全篇大旨”之间的诠释学循环，又提到“或并须晓会作者立言之宗尚、当时流行之文风、以及修词异宜之著述体裁，方概知全篇或全书之指归”，就分别代表了这两种诠释学的路径。
但不应忽略，前人所说的“史”与今人所说的“历史”，并不是一个意思。
《说文》曰：“史者，记事者也。”古希腊人也把“史”称为“”，来自于动词“”（询问，查究）和名词“”（行家，知情人，见证人），意指对事实的记录和报道。阿伦特便说，古希腊罗马人书写历史是为了记录伟大功业的，史学家的事业在于，“保存那由于人而存在的东西，使其不致为时间所湮没”。
中国传统史学不见得都是用于记录“伟大功业”，却仍然是为了树立典范以垂之后世。换言之，尽管中国古代史学发达，但却不以历史主义为宗旨。否则梁启超怎么会批判中国旧史，“进化不明，公理不彰显”，为“帝王将相之谱牒”？所谓“以史证经”并不是要强调经文特殊的历史语境，恰恰是要通过圣人言行事迹树立经文的垂范作用，否则经学何以成之为经学？
另一个不应忽略的重要问题是，我们取甲经之能与乙经互证，其前提在于二者之间存在着关联性。反过来说，古代通儒“以经证经”就是在不断强化六经之间，甚至是六经与汉儒注释之间的整体关联。这是由马融、郑玄开创，经孔颖达《五经正义》最终确立的笺注之学的真正内核。这种“通儒之学”在乾嘉时期达到高潮，尤以皖学为甚。
世人皆知乾嘉学者偏治一经，专为“窄而深”的学问，然不通群经，安能偏治一经？明确了这个背景下，我们再看廖平的《今古学考》，才能知道该书的现代意义在哪里。
在《今古学考》下篇中，廖平指出：
孔子初年问礼，有“从周”之言，是尊王命、畏大人之意也。至于晚年，哀道不行，不得假手自行其意，以挽弊补偏；于是以心所欲为者，书之《王制》，寓之《春秋》，当时名流莫不同此议论，所谓因革继周之事也。后来传经弟子因为孔子手订之文，专学此派，同祖《王制》。其实孔子一人之言，前后不同。予谓从周为孔子少壮之学，因革为孔子晚年之意者，此也。
孔子早年游历燕赵，传授周礼，是故燕赵之地皆授周代旧史；晚年退而居鲁，传《易经》作《春秋》，自创改制之学，是故鲁地皆传“因革继周之事”。古文经学本之孔子早年“从周”之言，是燕赵之学；今文经学本之孔子晚年“因革”之言，是鲁学。齐地处于晋、鲁之间，所以齐学杂采今、古。
由是，本该是汉代才出现的今、古文之别就被廖平一推至先秦，二者差异不再是文字、学官，而是礼制、宗旨、地域。廖平说：
鲁恭王坏宅所得之书，不止古学，即今学亦有，以其书已先行，故不言耳。壁中诸书，皆鲁学也。伏生口授《尚书》，世已尊行；鲁壁中古文出，孔氏借以写定，鲁《书》遂变为古学矣。……
壁中《尚书》出，东汉诸儒以古学说之，亦如《仪礼》古文而西汉诸儒以今学说之也。二书本无今、古之分，其以今古分门户，先师附会之说也。
鲁恭王坏孔宅，所得先秦文字书写的古书，举世以之为“古文经”，但廖平却说那里处于鲁地，“不止古学，即今学亦有”。《仪礼》本为今文经，但它是周公手订，体现了孔子早年“从周”之言，反而应是“古学”。长期以来公认的今古文经序列，在这里就被全盘打乱重组了。
知今学同祖《王制》，万变不离宗；《戴礼》今古杂有，非一家之说；今古不当以立学不立学为断；古学主《周礼》，隐与今学为敌；今礼少，古礼多；今礼所异皆改古礼等说，则西汉大儒均不识此义矣，何论许、郑乎！
这种分派今、古文的方式，廖平以前从来没有出现过，西汉大儒都不知道，常州学派又怎么能知道？
今文学以《王制》为宗，古文学以《周官》为宗。又如廖氏所言：
初疑今派多于古，继乃知古派多于今。古学《周礼》与《左传》不同，《左传》又与《国语》不同，至于《书》、《诗》所言，更无论矣。盖《周礼》既与《国语》、《周书》不同，《左传》又多缘经立义之说。且古学皆主史册，周历年久，掌故事实，多不免歧出，故各就所见立说，不能不多门。至于今学，则全祖孔子改制之意，只有一派，虽后来小有流变，然其大旨相同，不如古学之纷繁 也。
按前引李学勤先生的说法，廖平以“西汉今文为一大派，东汉古文为另一大派”的观点并不准确，“当时的几种古文经学说未必全然共通，立于学官的十四博士，所论更非‘道一风 同’。”
廖氏学说的特别之处恰恰在于，他并不认为西汉五经十四博士传授的都是今文学，董仲舒治齐学，齐学本来就今古相杂，当然不会“道一风同”。
一般认为，今文学为博士所传授，古文学是考古发现和民间传授，应该是今文经多，古文经少。但廖平却说古文经多，今文经少。“且古学皆主史册，周历年久，掌故事实，多不免歧出，故各就所见立说，不能不多门。”古文经主《周官》，只是因为《周官》是旧史的代表，绝不是说古文经记载的典章制度都跟《周官》一样。相反，今文经却完全以《王制》为绳墨，只有符合《王制》的才配称为“今文经”，是故“至于今学，则全祖孔子改制之意，只有一派”。
总之，廖平实际上是以《王制》为滤网，过滤出去的杂质称为“古文经”，剩下纯而又纯的则称为“今文经”。但真完全与《王制》相符的经文，当然少之又少。准此而论，不仅今文与古文之间没有整体关联，古文之间也没有整体关联。
众所周知，晚清今文学要返本西汉微言大义之学。但很少有人提及，五经十四博士各守一经，互不相通，回到十四博士实际上是要废止通儒之学，打碎六经的整体性。但究其效果而言，却再也不可能真正退回到西汉去了，晚清经今文学开创的毋宁是六经的历史主义化。廖平说：
郑君注《礼记》，凡遇参差，皆为殷、周异制。原今、古之分，实即此义。郑不以为今、古派者，盖两汉经师，已不识《王制》为今学之祖。
郑玄最大的问题，就是混注今古文，以今文释古文，以古文释今文，似乎二者不存在界线。尊奉服虔、郑玄的乾嘉汉学亦复如是。
廖平批判郑玄，实则批判自东汉直至乾嘉时期的通儒传笺之学。乾嘉通儒不懂今、古文之别，不知今文与古文不能相通。于此，六经经传就被廖平撕为两块，一块是今文，一块是古文。但体现孔子“因革继周”之道的今文经少之又少，反映旧史的大多数经文又“各就所见立说”。上古三代典章制度哪里有什么整体性可言？矛盾歧出的上古三代又怎么能够成为后世的典范呢？从这个角度讲，民国古史辨派将六经还原为“各不相干的五部书（‘乐经’本无此书）”
，实启自清末今文家。
倘若六经之间没有一种整体关联，汉唐以来笺注之学强调的“以经证经”就要大受限制。例如今人很难再取《周官》与《春秋》互证，而多主张取六经经文各自与其所处的时代背景循环诠释，这正是今天上古史研究与乾嘉经学考据的极大不同之处。王国维“二重证据法”强调传世文献与考古实物互证，类似表述前人已有，但直到民国以来才成为治学准绳，这背后的思想史根源就在于历史主义准则在近代得到确立。
此外还需强调一点。不管清末公羊家一方面宣扬西汉十四博士之学，一方面又尊奉孔子为唯一的圣人。他们往往忽略了孔子在两汉时期的最高称谓也只是“褒成宣尼公”，这还是王莽封予的。“公”离圣王还差了一级。究汉一代，太学牌位始终是“周圣孔师”。要之，孔子在两汉时期从没有得到过圣人的待遇。
《公羊·哀十四年》“西狩获麟”：“拨乱世，反诸正，莫近诸《春秋》。……制《春秋》之义，以俟后圣。”“以俟后圣”，何休注曰，“待圣汉之王以为法。”
这明白指出，《春秋》“为汉制法”，圣人是汉朝皇帝，孔子只不过是预见汉代圣人兴起的先知。
这个原因不难解释。有学者就十分精辟地指出，在先秦两汉时，“圣人是可学的不意味着即是可至的，因为圣人之为圣人，有着超出学之外的因素，即是天命。”
汉儒德、位有别，孔子纵有圣人之德，却无圣人之命。天命却不在孔子头上，所以他最多只是“以俟圣汉”的先师。所以司马迁只撰写“孔子世家”，而不撰写“孔子本纪”。
汉代德性与命位在唐代以后就渐渐消弭了。宋儒没有这个分别，以为有圣人之德就是圣人。因此王安石十分不满于《史记》之列孔子于“世家”，“夫仲尼之才，帝王可也，何特公侯哉？仲尼之道，世天下可也，何特世其家哉？”
足见德、位关系是汉宋之别的重要内容。
陈立说：“按《纬》说‘以孔子为文王’，谓‘孔子作《春秋》制法文王，俟后世耳’，非谓‘孔子谓文王也’。”
是故龚自珍称孔子“述而不作”，魏源要恢复“周圣孔师”牌位。这个嘉道学者还强调的道理，却被清末的今文学家全然抛弃了，仿佛“素王”与“文王”没有区别。如康有为所说，“人只知孔子为素王，不知孔子为文王也。或文或质，孔子兼之。王者，天下归往之谓。圣人天下所归往，非王而何！”
清末今文家取消德、位之别，奉孔子为圣人，最终将儒学打造为一神教。今人看来，此举荒诞不经，但在当时的条件下，这恰恰推动了近代历史进步观念的形成。