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廖平在《经学初程》中回顾自己早年的求学经历：
予幼笃好宋五子书、八家文。丙子（1876）从事训诂文字之学，用功甚勤，博览考据诸书。冬间偶读唐宋人文，不觉嫌其空滑无实，不如训诂书字字有意，盖聪明心思于此一变矣。庚辰（1880）以后，厌弃破碎，专事求大义，以视考据诸书，则又以为糟粕而无精华，枝叶而非根本。取《庄子》、《管》、《列》、《墨》读之，则乃喜其义实，是心思聪明至此又一变矣。初学看考据书，当以自验，倘未变侈性情，其功犹甚浅 也。
这里涉及到了廖氏早年学术生涯的两次转变：首先从“好宋五子书、八家文”转变到“博览考据诸书”，亦即由宋学转向考据学；其次又从考据学到“专事求大义”。说来整个过程前后不过四年功夫。但也正是这短短四年，尊经书院从无到有，又遭凡大变。可说廖平早年的学术变化同尊经书院的诞生、变轨须臾不离，更是蜀学风气丕变的缩影。蜀风之变是从晚清名臣张之洞开始的。
1873年，张之洞简放四川学政。正赶上次年4月，工部侍郎薛焕回乡“丁忧”“偕通省荐绅先生十五人，投牒于总督、学政，请建书院，以通经学古，课蜀士”。
当时川中有识之士，“有见于当时之读书者，自初入塾时，率皆人执一经，至老而卒，无只字之获解，有志者悯焉。因特立一书院，以为攻经之地。”
“光绪元年（1875）春，书院成。择诸生百人，肄业其中。”
尊经书院因此而建立。
这是张之洞兴办的第一所学校，不可谓不倾注心血。他不仅“暇日莅临为诸生演说”，更撰写《輶轩语》、《书目答问》以教蜀士。在张氏看来，蜀人天资聪慧，之所以学术不昌，实在是因为风气不正。例如他在《輶轩语》中就劝告四川士子“戒早开笔为文”：
近今风气，年方幼学，五经未毕，即令强为时文。其胸中尚无千许字，何论文辞，更何论义理哉。常见有开笔十年，而文理仍未明顺者，岂非欲速反迟。
满四川学人一门心思为了应考，哪会有什么学术？除了应试之风外，张之洞还发现川人特别迷信：
近年川省陋习，扶箕之风大盛。为其术者，将理学、释老、方伎合而为一。昨在省会，有一士以所著书来，上将《阴骘文》、《感应篇》，世俗道流所谓《九皇经》、《觉世经》，与《大学》、《中庸》杂糅牵引。忽言性理，忽言易理，忽言神灵果报，忽言丹鼎符箓，鄙俚拉杂有如病狂。此大为人心风俗之害，当即痛诃而麾去之。
翻遍《輶轩语》，类似的批评比比皆是，这里不一一列举。
大抵张之洞学宗乾嘉吴派，曾有云“先王设教，孔门授学，自当本末兼赅，道器并著，岂有但详学僮仪节之文、五礼名物之制，而于身心治道绝不容一语及之者？”
吴派代表元和惠氏在红豆山房的楹联便称：“六经尊服、郑，百行法程、朱”。修身固然要尊奉程、朱之道，但治学却要回归汉儒。如他所言，“学不得不求诸经，治经不得不先求诸汉学，其势然、其序然也”。汉儒治经，当以小学为先导：
凡学之根柢，必在经史。读群书之根柢，在通经。读经史之根柢，亦在通经。通经之根柢，在通小学，此万古不废之理也。
张氏当然希望能把江浙学术的门径带到四川去。因此他强调：
经是汉人所传，注是汉人创作。义有师承，语有根据，去古最近，多见古书，能识古字，通古语，故必须以汉学为本，而推阐之，乃能有合。
在这种思想的主导下，尊经书院有意识地模仿学海堂、诂经精舍。在机构设置上，全院设山长一人，另设襄校二人以助教，设监察二人、斋长四人以经理斋务、辅助学业（斋长以诸生之学优年长者充之）。山长综理全院行政、讲学及一切事务；山长出缺，则由襄校二人主持之。
讲课任务由山长和主讲共同担负（初为五日一讲，后改为十日一讲）。
张之洞还要求学生“人立日记一册，记美日看书之数，某书弟几卷起，弟几卷止，记其所疑，记其所得”。为了保证实施，山长必须亲自坐镇，检查日记：
山长与诸生五日一会于讲堂，监院呈日记，山长摘其所习之书而问之，以验其有得与否。阅日记毕，与之讲说，问难不禁、所记不实者罚之，前所讲授不能复答者罚之，甚者夏楚之。假日，视远近为限，逾期不至者除其名，到日候阙再补。
不仅如此，他还鼓励学生随时向师长“请业”、“问业”。书院分设官、师（堂课、斋课）考课制度，每月两次。为了遏制趣慕利禄之风，考课不用帖括时文，而是每课出四题，分别为经解、史论、杂文、诗赋各一题，限四日内交卷。
可以说，张之洞建立尊经书院，就是要全盘引进江浙先进的治学方式，以便有朝一日四川学人能够昂首抬头于中国学术之林。
为此，他鼓励尊经书院学子，“学海堂之三集、诂经精舍文钞之三编，皆书院诸生所为也，何渠不若彼乎？”
江浙学人做到的，四川学人也应该做到！
为了让四川学人能受江浙学风感染，四川总督吴棠和张之洞二人还打算聘请浙江著名学问家俞樾出任尊经山长，奈何俞樾不至，才改为薛焕暂领。薛焕不以学术见长，还兼任行政职务，实权就落入了两位浙江籍主讲钱保塘、钱保宣兄弟手里。相较于俞樾，二钱虽然名不见经传，但好歹也是乾嘉后学，足以使江浙学术风化泽被于书院。
可惜的是，尊经书院仅仅落成一年，即1876年，张之洞就离开了四川。他走后仍然心心念念于书院建设，谓“身虽去蜀，独一尊经书院，惓惓不忘。此事建议造端，经营规画，鄙人与焉。”他特意叮嘱继任者谭宗浚：
今日略有规模，未臻坚定，章程学规，具在精坚（章程有稿存案，书院记即学规），斟酌损益，端赖神力。他年院内生徒各读数百卷书，蜀中通经学古者，能得数百人，执事之赐也。
为此，张氏特意向谭宗浚推荐了几名他看中的学生：
蜀才甚盛，一经衡鉴，定入网罗。兹姑就素所欣赏者，略举一隅。
五少年：
杨锐。（绵竹学生，才英迈而品清洁，不染蜀人习气，颖悟好学，文章雅赡，史事颇熟，于经学、小学，皆有究心。）
廖登廷。（井研学生。天资最高，文笔雄奇拔俗，于经学、小学极能揅索，一说即解，实为仅见，他日必有成就。）
张祥龄。（汉州学生。敏悟有志，好古不俗，文辞秀发，独嗜经学、小学。）
彭毓嵩。（宜宾学生。安雅聪悟，文藻清丽，甚能深索经学、小学。）
毛瀚丰。（仁寿学生。深稳勤学，文笔茂美。）
以上五人，皆时文、诗赋兼工，皆在书院。美才甚多，好用功者亦不少，但讲根柢者，实难其人。此五人未能深造，尚有志耳，已不易矣。此五人皆美质好学而皆少年、皆有志古学者，实蜀士一时之秀。洞令其结一课互相砥砺，冀其他日必有成就，幸执事鼓舞而教育之，所成必有可观。
如杨锐等人后来因戊戌变法而鼎鼎有名。但从评语看，张之洞最看中廖登廷，说他“天资最高，文笔雄奇拔俗，于经学、小学极能揅索，一说即解，实为仅见，他日必有成就”。张之洞何许人物？能入张氏法眼的人物，岂是等闲之辈？廖登廷就是廖平。廖平后来果然学有成就，可说张之洞确实独具慧眼，但廖平立足学林的路数，却远不是张之洞设想的样子，张氏又似看走了眼。
实则廖平的经历就是尊经书院的缩影。“张之洞未至蜀时，蜀士除时文外不读书，至毕生不见《史》、《汉》。”
可以说，没有张之洞就不会有尊经书院和经学家廖平。然而正是张之洞离去后，尊经书院发生的巨大转变，既成就了书院，又成就了廖平。
1875年初，“马嘉理案”发，次年秋，《中英烟台条约》签订。英方获得了驻重庆查看商务和由四川等地入藏“探访路程”的权益，西藏门户洞开。
在这个背景下，丁宝桢赴任四川总督。
早在到任之前，丁氏就探访四川民情。他在奏折中称：“臣自蒙恩简任以来，凡遇蜀中人士及他省官绅之自蜀中来者，庞谘博询，均谓‘川省吏贪民玩，势成岌岌’。初以为言之过甚。自入川后即沿途悉心体察，始知该省现在情形真有江河日下之势，人言非虚语也。夫川省之坏，据目前情形而论，其象已见于民，而其毒尚种于官。”
川省民情可谓败坏之极，以“贪吏玩民”而因应西藏危机，丁宝桢能不感到重压在肩？1886年，丁宝桢病逝于任上，王闿运在《丁文诚诔》中详述其生平事迹，当中就说道：“昔虎视乎南荒，策缅甸之必亡。连天竺以窥俄，填二藏以为强。”
丁氏晚年处理西藏危机，正是他生平的一大亮点。
1874年，英国保守党政府上台，一改克里米亚战争后为期20年的“精明无为”政策，转而在亚洲全面遏制俄国扩张。从阿富汗到西藏，广袤的中亚大地都成为了英俄争夺势力范围的疆场。列强虎视眈眈，丁宝桢有着清楚的认识，他在奏稿中指出：
臣查该英员等来川，住扎重庆，查看通商事宜，兹一则由川赴藏，又由藏赴滇，一则由川赴滇，又由滇回川，行踪迄无一定。其为查看道路形势，探明风土人情，以为日后拟由该国陆路出入川境可知。但该国由藏入川较之由滇入川须绕行缅甸道路较近，缘廓尔喀（按，尼泊尔）与英连界仅一山之隔，而后藏与廓夷毗连故也。
西藏与印度虽有喜马拉雅山阻隔，但自《烟台条约》赋予英人入藏“探访路程”之权，西藏门户已然洞开，一时间各路英国探险队蜂拥至此。丁宝桢在给沈桂芬的信中写道：“自上年滇案议结，准洋人入藏探路，去岁七、八月以来，洋人来川游历者十倍于前。其欲入藏者，十居三四，均经密饬各地方官，设法劝阻。”
鸦片战争之后，西方人获得了通商口岸的治外法权，随着殖民者脚步伸向内地，治外法权也在无形之中扩大了。西藏、云南一下出现这些外国人，倘若引发冲突，势必上升到国际事件，“马嘉理案”就是前车之鉴。针对西方探险家必须管，又管不得的局面令丁宝桢忧心忡忡。他在奏折中又说 道：
臣窃揣英人之意，从前专注意海疆，今则二十余年船礮既极坚利，而沿海之地势人情亦经熟悉，自以为经营就绪。惟不通海疆之四川、云南、贵州、湖南、广西、甘肃、陕西、山西、河南数省未能水陆相通。彼就目前视之实觉毫无可恃，故又欲以向之致力于海疆者转而用之于西南各省。然必择其与该国最近之省先为入手，徐图推广。而与该国最近者，莫近于蜀，滇次之。而蜀又为数省中菁华聚集之所，故英人此时用意在蜀，蜀得而滇、黔归其囊括矣。此实英人目前肺腑之谋也。
丁宝桢可能不知道英国保守党政府与俄国争夺中亚的政策，但他敏感地察觉到，通向中国内地是西方殖民主义者必须要做的事情，从沿海到内地是一条通道，从中亚、南亚经新疆、西藏又是一条通道。正如他所说：“窃维藏卫与川省唇齿相依，自西人有赴藏探路之约，情事时虞变更。”
在这种情况下，本来作为内地的川、滇、甘诸省突然成为了边疆，成为了与西方殖民主义势力交锋的前线。
边疆危机给中国思想界最大的刺激是促进了边疆史地之学的蓬勃发展。如王国维所说：“道咸以降，涂辙稍变，言经者及今文，考史者兼辽、金、元，治地理者逮四裔，务为前人所不为。”
今天学界多重视彼时出现的西北史地之学，同样重要的西南史地之学却研究寥寥，这不能不说是种遗憾。
处置西南危局，务先了解西南边情。为此，丁宝桢“仿照沪津两处，派员带人出洋赴各国学习机器算学之举。”他甚至“遴访精习舆图、熟谙算学仪器一二人”，到廓尔喀、印度、布鲁克巴等地游历考察，将各处“山川形势、径途道里，以及民人情性一一详绘，总散地图，并详细贴说。俾全蜀西南形势可以周知，庶以后遇事区处较有定见。”
可说丁宝桢乃是近代西南边疆地理学的开创者之一。
丁氏或许没有注意到，随着四川边疆地理研究的深入和普及，四川学人的本乡本省，乃至民族意识都大大加强。对于中国的现代化进程而言，这个影响可能较之任何边疆考察的成果更为重要。本省意识的发达当然要等到戊戌以后，但出于丁宝桢的影响，早在光绪初年，尊经书院内部的本省意识就已渐萌蘖。
这是缘于丁氏甫一到任，就延聘王闿运出任尊经书院山长。后人以王氏为经学家，但其人在当时学界最富盛名的并不是经学，而是纵横之术。按王闿运在给李黻堂信中的讲法：“稚公折节下交，非为兴学，豫知英人必窥西藏，欲储幕府材耳。”
如学者据此考证，丁宝桢之所以聘请王闿运，正是看中了他的纵横之术，欲揽之入幕府，以因应藏局。
今天我们很难知道，王闿运在尊经书院的讲台上有没有谈论过天下大事，但根据《湘绮楼日记》可以肯定，王氏经常私下与学生交流时局。西方列强的步步紧逼，使得尊经学子的心中早早扎下了四川认同与民族认同的根基。
王闿运在光绪五年三月廿一日（1879年4月12日）的日记中曾记录：
出答访稚公，为鲁詹求拂拭。谈及夷务，云印度必为战地，英人谋出缅、藏，欲建重镇于藏内，设谍孟拉间以防边。余极称其远略，颇言信而后动之义。又言天下大事，要须六七伟人，而屈指无可当其任者。归而计之，亦未知何人可当，乃知求贤不易，用材较易也。然用材必己有才，此所以难。
英人虎视西藏，稍有差池则四川危矣。举目望去，竟找不到几个足以应付错综复杂局面的人才。时文小楷固不堪用，即便是清代成就丰厚的经学考据学，也难当大任，无怪乎王闿运感叹“求贤不易”。
与张之洞不同，丁宝桢十分反感乾嘉学风。他在给《尊经书院初集》作的序中，就明确说：
自秦火后，典策散失，先圣之心传，亦与俱尽。汉世大儒辈出，远承坠绪，迄不可得，不能不于断简零编中寻章摘句，以求古圣精义于微茫渺忽之间。然用心太深，亦间有偏驳不醇之憾。甚矣！其难也。自后解经者日众，类多不顾其义理之安而惟章句之新奇是务，驯至穿凿附会，破碎决裂，几使先圣载道之文至于不可通晓。议者因是反以汉儒章句之学为病。此岂其情也哉？忆余尝至书院课士，必进诸生而语之曰：“生等解经贵求心得。必得于心而后能有合于古，有合于古而后能有益于身。”
清代汉儒“类多不顾其义理之安而惟章句之新奇是务，驯至穿凿附会，破碎决裂，几使先圣载道之文至于不可通晓”，张之洞为尊经书院定下的基调就不对。书院的教学应该往哪个方向转变？肯定不至于退回到射策之术那里去，王闿运主张的微言大义之学，就成为了唯一的选择。
得益于川督丁宝桢的大力支持，王闿运甫一上任，就提出了自己对书院体制的改革方案：
至稚公处久谈，略言书院规制变通，使官课不得夺主讲之权，主讲亦不宜久设，仍当改成学长，学长亦随课绌取，庶免争竞也。
这个方案分为两个部分。第一，“官课不得夺主讲之权”。按照张之洞成规，尊经书院分设官、师（堂课、斋课）考课制度，每月两次。此举的目的，在于通过官方监督以保证教育质量。但王闿运却要求压低官课地位，使主讲不受官员行政干扰。
第二，“主讲亦不宜久设，仍当改成学长，学长亦随课绌取，庶免争竞也。”如前所述，尊经书院原为山长、主讲共同负责制，用今天的话说，就是校长与教授共同治校。但代理山长薛焕并不主事，大权就落在了两位主讲钱保塘、钱保宣手里。王闿运一来，就要求改共同负责制为山长负责制。在王氏的推动下，书院上不受行政干扰，下不使主讲夺权，可谓山长大权独揽。
这样的改革，身为主讲的二钱兄弟当然抵触。1879年值王闿运上任之际，钱保塘离开了书院，只剩钱保宣一人独木难支。丁宝桢又大力支持王闿运，用王氏自己的话说，“自督部将军皆执弟子礼，虽司道侧目，而学士归心。”
有这样的后台作支撑，王闿运的改革颇为顺利。时任龙绵成茂道兵备使王祖源便称：“院生喜于得师，勇于改辙，霄昕不辍，蒸蒸向上。而先生乐其开敏，评改涂乙，不厌详说，每一帖示，等石经之初立，若左赋之方成。”
张之洞苦心培养的江浙学风，很快就被王闿运颠覆。廖平在“庚辰（1880）以后，厌弃破碎，专事求大义，以视考据诸书，则又以为糟粕而无精华，枝叶而非根本。”这就是这次改革的产物。
丁宝桢说：
今观（《尊经书院初集》）所刻，中有院长壬秋先生所作《释蒙》、《退食》、《自公》等篇，解说精当，言皆有物，与余所言贵求心得之论，适相符合。又观其自记曰：“今愿与诸生通文理，然后说经，理通而经通。”旨哉！斯言诚后世说经者不易之准绳矣。盖汉儒藉章句以求古圣之义理，义理明而章句之学愈显；后人背义理以求显著之章句，义理晦而章句之病益深。吾尝怪夫，今世之解经者，如行路然，日履康庄而故欲辟荆榛以自矜为坦途也，岂不谬哉？
丁氏所称“日履康庄而故欲辟荆榛以自矜为坦途也”，批判的是江浙之学，受责的是钱保宣。二钱兄弟都是浙江海宁人，“谭宗浚集尊经诸生课艺，刊为《蜀秀集》八卷。皆二钱之教，识者谓为江浙派。”
王闿运改革，夺的是主讲的权，矫正的是乾嘉学风，却在书院学子内部掀起了一股脱离江浙羽翼，而自成一派的风气。这对于近代蜀学的形成至关重要。
戊戌时期，尊经书院又附设蜀学会，规定“府厅州县学友既同入会，自当联为一气。所有章程，均照总会办理。”
蜀学认同进一步加强。吴玉章就说：“这个‘尊经书院’的学生，一开始就有些人好为清议，抱打不平，常爱闹事。其后骆成骧中状元，杨锐入军机，都是由这个学院出身，并以高唱‘新学’而取得高官厚禄的。于是‘新学’遂一时风靡书院乃至全川。”
尊经书院对于晚清四川学风的领导作用，可见一斑！
诚然，蜀中学人多矣，人人主张不尽相同，但在经学上最有影响力的当推廖平。宋育仁的弟子杨赞襄就曾说：“楚南则湘绮提倡今文家说，及主讲尊经书院，其道乃大行于吾蜀。……廖学又逾岭而南，康梁实为巨子，与章刘旗鼓中原，遂影响于革命保皇二党，此井研学派也。”
当中就明确指出，近代蜀学其机发于王闿运，而大彰于廖平。因之康有为直承于廖平，是故清末今古文之争就是蜀学与江浙之学的东西学术之争。准此而论，四川学人又怎么会承认在廖平之前有过真正的今文学呢？
需要指出，廖平“庚辰（1880）以后，厌弃破碎，专事求大义”，虽然有王闿运改辙学风之功，但究其学术理路，实发前人所未发，已经远非王氏之学可以涵盖了。关于这点，学界已有定论。如章太炎便说廖平“受学湘潭王翁，其后说渐异，王翁颇非之”。
蒙氏亦称，“廖师出于王氏之门，说经之根实深宏过之。”
廖氏“于湘潭之学不肯依傍”
，甚至引发王闿运的极度不满，这在《湘绮楼日记》中多有表述。例如“光绪二十年（1894）十二月廿一日”，“张先生来讲书，余告以吾门有二登（廖登廷、张登寿），皆宋学，他日必为余累，然二登亦无成 也。”
凡王氏不以为是的学术，皆称之为“宋学”，这说明了廖平的经今文学与王闿运之学并不是一个学术范畴。
例如王闿运强调：“治经必先知礼，经所言皆礼制。”
廖平后来以礼制分今古，或许由于王氏的启发。但王闿运最重《仪礼》，如刘成禺《世载堂杂忆》便记载：
王壬秋最精《仪礼》之学，平生不谈《仪礼》，人有以《仪礼》问者，王曰：未尝学问也。黄季刚曰：王壬老善匿其所长，如拳棒教师，留下最后一手。
然而廖平《今古学考》却将《仪礼》视为古文经，并不体现孔子晚年改制之道。这与王闿运主张大异其趣。需要追问，廖平改变《仪礼》的经学属性，暗藏了他怎样的思考？