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蒙文通在他的成名作《古史甄微》的“自序”中曾区分了两汉今文学与近代今文学的不同。他指出：
在昔两汉言学，严守师法，各有异类、统归，于同道则交午旁通，于异家则不相杂越，笃信谨守，说不厌详。而晚近言学则异是，刘（逢禄）、宋（翔凤）、龚（自珍）、魏（源）、崔（适）、康（有为）之流，肆为险怪之辩，不探师法之源，徒讥讪康成、诋讦子骏，即以是今文。至若詈《伪孔书传》而曲信皇甫士安，究不明两家之说为同为异，斯谓之能讪郑则可，谓之今文则不可。惠（士奇）、金（锷）、陈（奂）、邹（汉勋）其陈说礼教，亦何尝不征之先秦以易后郑？途径岂出龚、魏下，彼则不自命为今文，此乃张毖纬以骇俗。董、伏、韩、杨之术，岂其若斯。若张惠言、陈寿祺之述论，则庶有当于今文家法之学。是前代之今文惟一，近代之今文有二，鱼目混珠，朱夺于紫，其敝也久矣。
在他看来，近代今文学家囿于《公羊传》，殊不知今、古文的根本区别在于礼制不同，经今文学的入门读物也不是董氏《繁露》、何氏《解诂》，而是班固的《白虎通义》和许慎的《五经异义》。不通《白虎通义》、《五经异义》，则不知今古文礼制之别，不知今古文礼制之别，则不知郑玄之过。所谓“今文学”，不过“讪郑”之学而已。
准此，蒙氏建构了一条不同于主流的今文学家法。该家法的基础不在《春秋》三传，而在五经异同。“前代之今文惟一，近代之今文有二”，能继承两汉今文学大旨的真今文经学家并不是我们熟悉的魏源、康有为等人，而是陈寿祺、陈立和廖 平。
蒙文通终其一生都在极力恢复这条被压抑的今文学谱系。《古史甄微》创作于1927年春，发表于1933年春，是蒙氏早期思想的代表。1937年底发表的《非常异义之政治学说》则是蒙文通经学体系走向完成的重要标识。文中他仍然延续早年的说法：
公羊家言，动曰以春秋当新王，曰王鲁新周，曰孔子为素王，曰为汉制作，张为幻，恢奇不可训，惑乱后学。此二庄刘宋龚魏习而称之，所以徒滋人疑，终无裨道术者也。左海父子卓人鹿门为能言礼，今文礼说，此焉为详，而质僿无义趣，未足以恢宏汉师之远旨。在汉之今文学惟一，而清代言今文则有二，言礼言春秋者不相谋。……惟井研廖氏明于三传，澈于礼制，以今古分流，诀于《王制》《周官》之同异，百年谈之而不得其宗者，至是适海适岱，各有途归。
近代主流今文学家并不清楚今古文之别在于礼制，而这点恰恰是廖平的发现。言下之意，如果廖平的贡献被埋没，那么学者可能永远不清楚什么是今文经学，什么是古文经学。
时至晚年，蒙氏在给《辞海》经学条目提供修改意见时，仍然批评魏源，“《诗古微》、《书古微》同是以攻击郑学为主要内容。文人说经，虽自负今文学，实未知今文师法，于今、古两派异同所在，作者亦未明了。”又强调，“陈寿祺《五经异义疏证》、陈乔枞《三家诗遗说考》、《今文尚书遗说考》、陈立《公羊义疏》、《白虎通疏证》都是今文学重要之作。”
重要的是，蒙氏指出：
到廖季平先生作《今古学考》，才发明今、古文之分时学问的不同。最中心的问题是，今文学说的制度是同于《王制》，古文学说的制度都同于《周官》。《王制》、《周官》是两部内容矛盾的书，后来康（有为）、皮（锡瑞）、章（太炎）、刘（申叔）都采用这一说法来分别今、古，而只是或主张今文学，或主张古文学，有不同而 已。
或许是因为给《辞海》提意见需要考虑立场的公正性，蒙文通在这里并没有像过去那样把康有为屏出“真今文学”的阵营。但是他仍指出，廖平是近代经今文学发展的转折点：廖平之前，学者皆以文字、学官分今古；廖平以后，学者才认识到今古文的不同，在于制度。
这一套以廖平为中心和转折点的经学史叙事，在今人看来委实陌生。蒙文通之论固然有为乃师张目之用心，但“以礼制分今古”的重要意义，仍不容小视。
今人熟悉的今古文分派标准，在常州学派那里仍未形成。此辈学人没有像后来的今文家那样分裂周公、孔子，也没有把孔子之制与三代之制判然分开。
例如龚自珍鼓吹《春秋》微言大义，认定《周官》为“六国阴谋之书”，不得列于正经：
《周官》晚出，刘歆始立。刘向、班固灼知其出于晚周，先秦之士掇拾旧章者所为，附之于礼，等之于明堂、阴阳而已。后世称为经，是为述刘歆，非述孔氏。
这无疑是今文家的主张。但他在同一篇文章中又主张“六经皆史”：
孔子之未生，天下有六经久矣。庄周《天运篇》曰：“孔子曰：某以六经奸七十君而不用。”记曰：“孔子曰：入其国，其教可知也。有《易》、《书》、《诗》、《礼》、《乐》、《春秋》之教。”孔子所观是《易》、《书》、《诗》，后世知之矣，若夫孔子所见《礼》，即汉世出于淹中之五十六篇；孔子所谓《春秋》，周室所藏百二十国宝书是也。是故孔子曰：“述而不作。”司马迁曰：“天下言六艺者，折衷于孔子。”六经、六艺之名，由来久远，不可以臆增 益。
这些观点又像是个古文经学家，以至于后来皮锡瑞斥责他，“如龚氏言，不知何以解夫子之作《春秋》？是犹感于刘欲、杜预之说，不知孔子以前不得有经之义也。”
因为这些看似矛盾的论述，时至今日，学界关于龚氏是否属于今文家仍有争议。
又如魏源。萧一山说：“默深初崇尚宋儒理学，后发明西汉人之谊，既斥毛诗，又尊董于何，主微言大义，重经术政事，直欲泯汉宋之界，由思孟而达于孔子一贯之道。”
明乎魏氏乃以宋学入今文学。但今文学家魏源却十分不满于各级学校不祭祀周公，希望恢复汉代太学“周圣孔师”的牌位。如他所言：
考学校所崇《五经》，《易》、《诗》、《书》、《礼》，皆原本于周公，而述定于孔子。如《周易》之六十四交，皆作于周公，而传翼于孔子；《诗》之《雅》、《颂》、《南》、《幽》，皆出于周公，而正乐于孔子；《书》之《周浩》固出周公，而《典》、《漠》、《虞》、《夏》之书，亦周史藏之而孔子编定之。至于《周礼》、《仪礼》及二戴所记礼仪三百、威仪三千，尤皆出周公一圣之手，惟《春秋》因鲁史之旧而笔削于孔子耳。故夫子自言“述而不作”，盖作者之谓圣，述者之谓明。
这些观点前引龚自珍的话并无太大差别，即二人都没有要把孔子之制与三代之制严格区分开来，也不会把周公、孔子割裂开来。
再如宋翔凤虽然曾明确区分过经今文学、经古文学。如刘师培所言：
（宋翔凤）首述今古文立学先后，以博士所传为今文家，民间所行为古文家。西京之世，自朝廷以至乡党，文章议论，罔不为今文家说，此固然矣。又谓古文家专明训诂，其谈先王之制、为政之体非博士所传，不可依也。推宋氏之义一若古文所言略于典章制度，不足推经致用，不知汉初之时所用之制，全本于古文家言。
由上可知，宋翔凤区分今古的标准仍然是立不立学官。相比之下，廖平在《今古学考》中则指出：
知今学同祖《王制》，万变不离宗；《戴礼》今古杂有，非一家之说；今古不当以立学不立学为断；古学主《周礼》，隐与今学为敌；今礼少，古礼多；今礼所异皆改古礼等说，则西汉大儒均不识此义矣，何论许、郑乎！
今古文之别不在学官、文字，而在礼制。这个道理不惟西汉大儒不知道，宋翔凤等常州学者也不知道，却是清末康有为、皮锡瑞等人分派今古的基本标准。
其实龚自珍有番话令人玩味。他曾说：
予大惧后世益不见《易》、《书》、《诗》、《春秋》。李锐、陈奂、江藩，友朋之贤者也，皆语自珍曰：曷不写定《易》、《书》、《诗》、《春秋》？方读百家，好杂家之言，未暇也。
又说：
龚自珍岁为此言，且十稔，卒不能写定《易》、《书》、《诗》、《春秋》。生同世，又同志，写定者，王引之、顾广圻、李锐、江藩、陈奂、刘逢禄、庄绶甲。
看到这份名单，我们不免疑惑：康有为标举今文学，引得汉学正统派大张挞伐，而之前常州学者标举“今文学”，却与正统派相互友善呢？
无疑，刘逢禄、宋翔凤、龚自珍等人与我们认定的正统乾嘉学者出于同一个交游圈。正是因为在一个圈子里相互影响，使得常州学派很难完全超出乾嘉汉学的畛域。
反观四川一省，地处西南边陲，与东部交流不便。咸同以前，全川仅有锦江书院一家省级书院，还是以时文八股为宗，几乎不知道彼时学术前沿是什么。《四库全书》之中，川人著作“十不占一”。
《皇清经解》中更没有一部川籍学人著作。说当时的四川是文化荒漠，毫不为过。但正是这片文化荒漠，却脱离了江浙学术的藩篱，使四川学者可以不受江浙学术的羁绊，以全新的姿态别开经学研究的新路径。
龚熙台便说：“清朝二百余年，大江南北，学者林立，四川独无一人列入著作之林，可谓大耻。自尊经设立，人才辈出，廖先生尤出乎其类……”
这个转折要等到尊经书院的出现，在这座主导了晚清四川政界、学界走向的书院中，廖平堪称表率。