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考虑到自组织系统有很多目标，必然会出现系统不能完成所有目标的情况。于是，自组织系统就有必要按优先性给这些目标排序。
对于没有自我意识的有生命的系统而言，优先次序取决于组织建立的原则。我们最熟悉的情景是生存目标战胜了繁衍目标；实际上，这种情况并不少见。在由一个雄性统治一个子群体，并且垄断所有雌性的社会性动物中，从属的雄性会选择生存作为优先目标。尽管有趣的是，对于雄性而言繁衍足够重要到让他们当中至少是那些更加勇敢的雄性冒着生命危险去将生存和繁衍共同作为优先目标，还有很多数量很少的动物完全没有繁衍的机会。这样的例子不在少数，但是它们也努力维持生存。
还有一些不常见的情况，即繁衍是首要目标，在系统自我复制的同时生命终结。优先目标不同，冲突同样存在。
对于人类而言，他们有三个生存目标，目标的冲突和优先顺序就更加复杂了。除了前面简述的适用于所有动物的情况之外，人类还必须与一些情况抗争，即让自己活得有意义的生存需求让他们无法同时完成生存和繁衍的目标。这些情况会产生各种结果，其中有些结果乍看之下令人意外。
人们普遍认为人类实际上总是将生存排在第一位。例如在极度痛苦和贫困时，比如面对饥饿或者处于危险情况时，或者因为极度贫困没有时间和精力从事以生存为目的之外的任何活动时。
然而，仔细审视绝大多数的例子，我们会发现并不是按人们期望中的优先顺序来排列的。与此相反，威胁到生存的因素常常使人们更加需要找到遭受威胁的意义。正是在危急关头，包括人们在发现自己处于绝境时，才最迫切地要为自己的生命找到一个目标。
实际上，这是宗教在人类事件中扮演的其中一个主要角色——制造无视人的理解力的让人无法忍受的情境，并让遭受这些情境的人认为这是故意为之。在其他信仰系统中，无论是文化信仰还是个人信仰，都发现有需要提供一个框架，在这个框架内生存的意义超越了无意义的生存。社会把一些已逝的殉道者和英雄人物树立成榜样，他们常常经历了无法形容的磨难，坚信自己生命的最后一刻因为这些磨难变得更加有意义。
但是在一些不那么极端的情形下，这种目标的冲突也会发生。一个人制定的人生目标对自己而言是可实现的，却不能让他养得起比个人梦想更重要的家人，这种情况并不罕见。人们常常发现自己面对这类的决定，难以避免的是，为了满足他们生存或繁衍的需求，他们会为自己提供一个可以选择的目的，这个目的可能使得他们存活。
一个保持自我意识的个体的生命不会是无意义的，知道这一点非常重要。当有人说“某人活得没有意义”时，这种说法仅仅揭示了说话人自己对自己生命的意义的理解。而当一个人绝望地说生命对他而言没有意义时，他要么是即将开始探索生命意义，要么就是准备结束自己的生命。
所有的三个目标都是维持人类生命的必要条件。两个与其他生物相同的目标是由于人类和其他生物一样都是在这两个目标的基础上进行自组织的。而人类独有的第三个目标是人类在已知的生物世界中占有特殊位置的实质原因。