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在世界历史上，能够以实现自己的两个重要目标为目的进行自组织的生物个体的出现是个引人注目的大事件。接下来的一系列事件更是如此。
由个体组成的群体在某种程度上联合成为更大的群体，这个更大群体的目标与其个体成员各自追求的目标是一致的。这个联合体转化为一个复杂的自组织系统，这个系统有自己的分界墙将自己和外部环境分隔开来。一个新的个体就这样形成了。
这一结构的复杂性以及接下来要探讨的内容值得我们思考。这些离散的个体联合成的团体组织是如何相互合作而将自己转化为只有一系列相同目标的？以我们现有的知识来看，这是无法理解的。
考虑一下这一点：在这个复杂的系统内，每一种构成元素依然保留着自己自组织系统的简单目标。每个构成元素都努力维持自己的生存和繁衍——但是现在要在一个更大的系统内部来追求这些目标，而这个更大的系统进行自组织的目的也是为了追求同样的目标。
部分和整体之间存在目标冲突很常见，也是无法避免的。在它们的相互竞争中，复杂的大系统致力于赢得竞争，因为它进行自组织的目标就是要凌驾于构成元素的目标之上。但是由于各构成元素又都有自己的目标，而且他们有追求自己目标的能力，所以我们无法提前预见任何目标冲突的结果。
所以，原则上讲，一个复杂的生命组织就是一个典型的有两种类型的系统的组织：一个是各构成元素之间为着一系列共同的目标和谐共处、共同努力的合作型单位；一个是构成元素的系统之间永久的战场。即使它们的目标与所属的复杂大系统是相同的，但在实现这些目标的过程中却冲突不断。
这种典型的组织建立于由一个以上的有生命的个体组合成的复杂个体出现之初，并且在由有生命的元素构成的复杂系统的每一个发展阶段都可以看到。
举一个具体的例子来说明。人类的身体是由各种不同的细胞组成的。每个细胞都在人体内努力维持自身——维持生存。随着很多细胞生命周期结束并死亡，它们寻求繁衍，从而生产出跟它们具有同样的生存目标的继承者。而且，人体作为一个整体也在谋求生存——以及繁殖其他的人来继续人类的生命链条。
但是作为一个整体，人体的生存有时候——实际上是经常——需要阻止一些特殊细胞的生存或繁衍。尤其是当人体内的这些特殊细胞在追求自己的目标时恰好与人体这一整体的生存目标发生了冲突时更是如此。这种状况被称为身体“疾病”，因为它们破坏了人体的正常运行，所以人体就努力去压制它们，并且常常会消除它们。当身体胜利的时候，即病变的细胞被打败了，我们就说身体“治愈”了。而一方的胜利就是另一方的失败。这种情况在我们认为“健康”的身体里也会出现，这时身体会感到某些细胞出了状况，会对身体的正常运行不利。这些“侵犯者”被打败了，但在“健康”的身体内并未引起大的喧嚣。整体和部分间的小规模战斗不值得特别关注。
复杂的生命个体内部还有另一个惊人的因素，当构成复杂生命个体的元素越来越多时，这个因素出现得更加频繁。在这种情况下，由于构成元素的数量增加，它们之间的合作更加困难。复杂的生命系统在进行自我组织和管理构成元素，从而使它们在作为个体追求自己的目标时也能相互协作的过程中，会引起构成元素的专门化。即便是在自己的生存及繁衍不受影响的情况下，复杂的整体也会调整它们的行为，而不是放任自己的构成部分而让它们作为独立的生命体存在。
复杂生命个体的这种本领相当于将亚当·斯密的经济学理论引入复杂生物个体的自组织原则。亚当·斯密认为人类社会变得更加和谐、更加繁荣，人类实现目标的能力也更强了，甚至能够参与专业活动，而不是每个人都作为一个自给自足的个体而存在，这正是复杂的生命系统实践并实现了的。由只会分裂且独立存在的单细胞动物群构成的复杂系统个体，向专门化的不能分裂和独立存在的个体细胞群构成的复杂系统个体的转变，只是生命世界中专门化的出现，表明亚当·斯密认识到专门化大大提高复杂生物系统成功实现其目标的可能性。
值得再次一提的是，我们目前没有掌握复杂的自组织系统是如何出现的，或者说这些系统是如何管理自身的构成元素间的合作和专门化的。
在我们思考简单的或复杂的自组织系统时，还有另外一个有用的因素。我们一开始就说任何自组织系统必须有自己进行自组织的目标，这在“组织”的定义中是固有的，说明为了某种目的对自组织系统强加了某种秩序。