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儒家文化的衰落是一个缓慢而曲折的过程。鸦片战争前后，尽管西学东来，对中国传统文化形成了强有力挑战，但很长时间之内，儒学仍旧是中国文化的核心。与清代前期相比，道咸以后，儒学的内部格局发生了变化，汉学趋于衰落，理学有所振作，今文经学重新兴起，呈现出汉学、理学、今文经学并立的局面。
汉学是清代特有的儒家学术派别
。惠栋的经学著作《易汉学》，正式标举“汉学”旗帜，此后，“汉学”成为乾嘉考据学派的共同名称。清代汉学在乾嘉时期取得了辉煌的学术成就，成为显学。它改变了宋明以来崇尚心性玄辩的学风，注重考据，并扩大了治学的范围。虽然从社会群体来看，乾嘉汉学家作为儒家知识分子，并不缺乏对现实生活的关注，但从学术形态上看，汉学与社会现实问题距离较远。更进一步说，乾嘉汉学的大多数代表人物过分拘泥于训诂考证，汉学成了繁琐的代名词，致使汉学本身陷于难以突破的境地。
与清代中叶相比，汉学在晚清时期有所衰落，那种“家家许郑，人人贾马”，独占学界势力的局面不复存在。嘉道之际，汉学的弊端日益凸显。一方面，汉学末流泥古、琐碎、空疏、无用，脱离现实，愔然无生气；另一方面，整个社会嗜考据成风，以厕身汉学为荣，一些黠猾下流之辈甚至以汉学为趋炎附势、猎取名利的工具。道光以后，社会危机四伏，亟需寻找解决方案，而汉学末流琐碎拘执，专事考据，脱离现实，根本不能满足这一现实要求。再加上经世之学、程朱理学、今文经学的兴起，尤其是西方文化的传入，进一步削弱了古文经学的影响，降低了它的社会地位。
汉学盛极而衰，流风余韵在一定时间内犹在。嘉、道时期，汉学依然有一定影响。当时不仅成果丰厚，而且名家众多。像王念孙、郝懿行、徐养原、姚文田、王引之、阮元、顾广圻、梁章钜、胡培翚等人，或为清学“正统派之中坚”，或是汉学集大成者，或学有专长、领时代风骚。在传统学术格局中，汉学仍然拥有广泛的社会基础，并随着时间的推移，取得了新的成就。
就地域而言，汉学继续向周边辐射和传播，涉及的范围有所扩大。中国是个幅员辽阔的国家，社会文化发展很不平衡。乾隆年间，以苏州、徽州为中心，形成了著名的吴、皖两派，惠栋、戴震及其弟子，把汉学研究推向高潮；而此时的边远省份，汉学名家却比较少见。道光朝以后，汉学的中心苏、皖地区的境况不如从前，而福建、湖南、广东、贵州、四川等地则出现了兼采汉学的现象，甚至出现了一些专门研治汉学的学者。
福建乃朱熹理学渊薮，朱子学长期占有统治地位。嘉道之际，闽县学者陈寿祺主讲福建清源、鳌峰书院，于理学之外，加课经史考据，促成闽省学风由尊崇朱子之学转变为兼采汉学。湖湘地区也出现了一些德行宗宋学、治经宗汉学的名儒，其中较为知名者有邹汉勋、罗汝怀等人。岭南地区的汉学在清代中叶并不发达。嘉道之际，阮元督两广，建学海堂，以经古之学课士，扭转了当地不讲汉学的风气。同时，他招募全国人才，开局编纂《广东通志》、《皇清经解》，很快使广东成为汉学重镇之一。在贵州地区，莫与俦是较早研治汉学的学者。他在京城为官时受纪昀、阮元、王引之等人的影响，开始接触汉学，道光初年，任遵义府学教授，以倡导汉学为己任，于当地学风影响较大。其学传之门人郑珍与五子莫友芝。郑珍师从莫与俦、程恩泽，精研《说文》，博综三《礼》，著有多种经学著作。莫友芝治学兴趣广泛，尤长于汉学与版本目录学。曾国藩称此二人在莫与俦的教导下，“遂通许、郑之学，充然西南硕儒矣”
。
作为清代汉学的发祥地，安徽、江苏等地区在晚清时期虽趋衰落，但汉学人才众多，仍是全国的中坚。段玉裁的弟子有龚丽正、沈涛、马寿龄、陈奂等。陈奂还曾从江沅、王念孙父子问学，治学专攻《毛传》，也培育了一批汉学人才，其中知名者有陈倬、马钊、戴望、李善兰等。戴震高弟卢文弨传弟子臧庸、丁履恒、李兆洛等。李兆洛有弟子蒋彤、薛子衡、夏炜如等。绩溪胡培翚承祖父胡匡衷之学，又师从凌廷堪，长于治《礼》。惠栋的再传弟子朱骏声、雷浚长于小学，于《说文》多有发明。扬州地区的汉学研究异常活跃。仪征刘文淇、刘毓崧、刘寿曾、刘师培祖孙四代，在《春秋左氏传》研究方面成就斐然。宝应刘氏亦以汉学传家，继乾嘉时期刘台拱、刘履恂之后，刘宝树、刘宝楠兄弟及宝楠次子刘恭冕精研经训，《论语》研究集前人之大成。浙江地区则涌现出黄式三、黄以周父子，钱仪吉、钱泰吉兄弟，以及俞樾等一批著名学者。清末，孙诒让、章太炎、刘师培等人，光大汉学精义，又援经论治，使古文经学有所振兴。
苏、皖、浙与全国各地学者一道，承继乾嘉汉学的薪火，在一些学术领域取得了新的成就。如《诗经》研究方面，有马瑞辰的《毛诗传笺通释》、陈奂的《诗毛氏传疏》；《礼》经研究方面，有胡培翚的《仪礼正义》、郑珍的《仪礼私笺》；《春秋》研究方面，有刘文淇的《左传旧疏考证》；《周易》研究方面，有朱骏声的《六十四卦经解》、丁晏的《周易述传》及其子丁寿昌的《读〈易〉会通》等；小学研究方面，有王筠的《说文释例》和《说文句读》、朱骏声的《说文通训定声》、丁履恒的《说文形声类编》、江有诰的《诗经韵读》，等等。
道光以后，汉学之所以能够延续并有所进展，主要是沿袭和继承了乾嘉汉学的学术传统和学术成果。此外还因为，第一，汉学拥有广泛的学术基础。当时以程朱理学晋身的士人并不完全以理学“问学”，相当多的士人转而以汉学作为“藏之名山”的事业。第二，嘉庆以后，出现了一批不课制艺、专事经古之学的书院，拓宽了汉学的传播渠道。如浙江的诂经精舍、广东的学海堂等，均不好帖括之学，而以汉学为主。这些书院为晚清汉学培养了学术后劲，注入了新生力量。第三，嘉道之后，经世之学兴起，汉学家开始反思乾嘉学术的弊端，注重吸收宋学善于说理的长处，兼采宋学，从而丰富了汉学的思想内容。不过，就总体态势而言，汉学已大为衰落了。
清代自康熙朝开始，理学作为官方意识形态，在维护统治秩序和伦理纲常方面发挥了重大作用。乾嘉时期，考据学如日中天，理学虽居官方哲学的统治地位，但实际社会地位却明显降低。据《啸亭杂录》记载，当时士人以株守考订、訾议宋儒为习，“遂将濂、洛、关、闽之书，束之高阁，无读之者”
。嘉道之际，有人把社会衰落的原因归结到汉学身上，转而提倡程朱理学。于是，从道光末年到光绪初年，程朱理学一度出现了所谓的“复兴”。
道光皇帝鉴于当时世道人心的衰落，多次谕令正学术以敦士习，敦士习以端民风。1835年，道光帝发布上谕称：“从来民风之纯朴，由于士习之端谨。凡有教士之责者，不徒课以文艺，务在敦崇实行，严为旌别，以树风声。”
要求各督抚、府尹、学政严饬地方官暨各教职，务须随时训诫，认真稽查。1839年，道光帝诏告各级官吏，切实采取措施，广为宣传《圣谕广训》，以导民向善。此外，清政府还通过从祀孔庙、修建学宫等举措来强化崇儒重道政策，强化和提高程朱理学的社会地位。
从道光朝开始，宗奉理学的学者活跃起来。尤其是在理学传统较深的湖南、河南、陕西、安徽、福建等地区，宗理学者声气相通，结成群体，其规模和声势均非乾嘉年间可比。湖南受汉学影响较小，多数士大夫奉理学为尊，诸如陶澍、贺长龄、贺熙龄、唐鉴、胡达源、罗泽南、曾国藩、左宗棠、胡林翼等，均好理学。河南以理学知名者有刘廷诏、苏源生、李棠阶、王检心、王涤心等。关中地区，朝邑的李元春、周至的路德、三原的贺瑞麟等人尊奉理学，又通过讲课授徒，培养了大批理学后进。安徽地区以桐城为中坚，拥有方东树、姚莹、方宗诚、方潜等一批笃守程朱之道的学者，而霍山的吴廷栋、六安的涂宗瀛、当涂的夏炘和夏炯兄弟等也以理学闻名。继清初理学家李光地、蔡世远之后，福建的刘存仁、林春溥、郑星驷等人在学术上也首重程朱理学。
在这期间，出现了几部较有影响的理学著作。其中，以方东树《汉学商兑》、罗泽南《姚江学辨》、唐鉴《国朝学案小识》比较知名。
方东树（1772—1851），字植之，晚年自号仪卫老人。他一生著述丰富，计有《汉学商兑》、《书林扬觞》、《仪卫轩文集》等十余种。方东树与姚莹、管同、梅曾亮、刘开等同为姚鼐高足，以文辞为宗。在学术方面，他恪守程朱理学，以维护圣人之道自任，论著以《汉学商兑》影响为大。
《汉学商兑》刊行于1826年，共分三卷。方东树写作此书的目的在于维护程朱之道，直接针对的是江藩的《汉学师承记》。1817年，江藩著《汉学师承记》，从汉学立场出发，扬汉抑宋，批评程朱理学。方东树遂作《汉学商兑》，对江藩的观点予以系统反驳和批评。该书上卷主要就《宋史》在《儒学传》之外另立《道学传》所引起的非议进行辩护；中卷对汉学家的小学成就和义理学说予以批判；下卷就江藩《国朝经师经义目录》中所标榜的“纯正”汉学家的观点进行批驳，并总结汉学家种种罪状。梁启超认为，此书的影响不在于理论上对程朱理学的建设，而在于痛砭汉学流弊、转移学术风气：“方东树之《汉学商兑》，却为清代一极有价值之书。其书成于嘉庆间，正值正统派炙手可热之时，奋然与抗，亦一种革命事业也。其书为宋学辩护处，固多迂旧，其针砭汉学家处，却多切中其病。”
《汉学商兑》是第一部对清代汉学进行全面系统批评的著作，它打破了汉学专制的局面，不少关心现实的学者受此吸引，加入到反思和批判汉学的阵营，一定程度上提高了程朱理学的地位。
罗泽南（1808—1856），字仲岳，号罗山，湖南湘乡人。他从1836年究心程朱理学，至咸丰初年率军与太平军作战，著书讲学未曾间断。他治学以程朱为宗，主于性理，讲求经世，著有《西铭讲义》、《太极衍义》、《姚江学辨》等。
《姚江学辨》成书于1844年。顾名思义，罗泽南撰写此书，意在捍卫程朱理学的正统地位，排击阳明心学。该书仿照朱熹《杂学辨》的体例，引文辨文相间而行，先摘引阳明原文于前，后跟以作者的辨文。全书围绕辨王申朱的宗旨，分为上下两卷。上卷从本体论入手，主要是以程朱的“性”、“理”学说驳阳明学说的心性论之非；下卷从工夫论入手，主要是用朱熹的“格物致知”说否定阳明的“致良知”和“知行合一”说。《姚江学辨》扬朱抑王，对于维护程朱理学的正统地位发挥了重要作用。同光时期理学名儒贺瑞麟称：“《姚江学辨》一编，真足为吾道干城。”
唐鉴（1778—1861），字栗生，号敬楷，又号镜海，湖南善化人。1809年进士，选翰林院庶吉士。道光年间，曾任广西平乐府知府、贵州按察使、浙江布政使、江宁布政使、太常寺卿等职。晚年历主金陵、尊经、钟山、白鹿洞诸书院讲席。唐鉴为学崇程、朱，辟阳明，不好为调停之说。晚清时期，宗理学者多，但能以理学成名者少，唐鉴当可称为理学名家之一。他恪守理学道统，著述丰富，弟子众多，对晚清理学产生了相当大的影响。
《国朝学案小识》是唐鉴的代表性作品，全书凡十五卷，收录清代前中期约200年间学者凡256人。该书推崇孔孟程朱之道，贬低乾嘉汉学和陆王心学，各学案的次序排列、篇幅长短及传主详略等方面均以程朱理学为中心。《国朝学案小识》虽在编纂体例、传主选择以及叙述方面，充满了学术派性和主观色彩，但对于当时程朱理学的“复兴”却起了导向作用，受到曾国藩、倭仁等人的推崇。
唐鉴
太极一团团，乃是天人理。
一气大流行，两仪定纲纪。
人生天地间，惟理为足恃。
充之即为仁，体之即为礼。
顺之即为孝，和之即为弟。
完其所自来，亦曰理而已。
始知一团中，万化由此起。
（选自唐鉴：《唐确慎公集》卷八，光绪乙亥刻本）
1840年，唐鉴入京供职，积极提倡程朱理学。不久，在他身边聚集了倭仁、吴廷栋、曾国藩、何桂珍、吕贤基、窦垿等一批理学名士。倭仁等人不但师从唐鉴“讲道问业”，而且定期“会课”，相互交流心得“日录”，切磋心性修养工夫。这样，在京师士大夫中就结成一个讲究程朱理学的学术群体，崇尚程朱理学逐渐成为士林的一种风气。至道光末年，从地方到中央，从民间到朝堂，理学在全国已具有一定声势。
道光朝以后，汉学走向衰落，而今文经学与程朱理学作为清代重要的学术派别，均有所“复兴”。不过，这二者的情况有所不同。程朱理学是清王朝的官方哲学，虽然乾、嘉时期受汉学冲击趋于式微，但其官方正统地位并没有动摇，因此，从某种程度上说，程朱理学在晚清的复兴只不过是相对于清代中叶理学的状况而言的。而清代今文经学则是自汉代以降历经千年沉寂之后的再次兴复。
论清代今文经学，当以常州为大宗，其创始者为乾隆年间的庄存与。庄存与（1719—1788），字方耕，号养恬，江苏武进人。他的多数著述不分汉、宋，兼采今、古。在汉学考据盛行的背景下，他别开体例，师法西汉今文经学，发挥“微言大义”，主要体现在《春秋正辞》一书中。该书主要探讨了公羊学的“内外”也就是“夷夏”问题，将宋儒的“华夷大防”观念进行改造，赞同“夷狄进中国则中国之”的说法，以为清政府服务。但今文经学在当时并未产生多大影响。庄存与及常州学派的成名在很大程度上得益于庄的后人特别是其外甥刘逢禄、宋翔凤的发扬光大。其中，刘逢禄是承前启后、张大今文经学的关键人物。
刘逢禄（1776—1829），字申受，江苏武进人。1814年进士，历任礼部主事、仪制司主事，著有《春秋公羊何氏释例》、《公羊何氏解诂笺》、《论语述何》等。刘逢禄治学推崇今文，贬斥古文，尤其有志于《春秋》，先后撰写研究《春秋》的著作达十一种。刘逢禄治学取法何休，重视阐发微言大义，明确揭出“三统”“三世”说，并主张以公羊学的思维方法去研究《四书》、《五经》，从而开启了今文经学的全面研究。
道光朝以后，今文经学传播开来，社会影响有所扩大。龚自珍、魏源虽不是常州（武进）人，但系直接承续清中叶庄存与、刘逢禄的学脉而来。
龚自珍、魏源为刘逢禄门生。他们“以经术作政论”
，把经学研究与讨论时务结合起来，救裨当世，具有强烈的经世致用精神，把清代学术推进到一个新的阶段。龚、魏开启的新学风，是晚清时期今文经学最为突出的学术特点之一。
龚自珍（1792—1841），字璱人，号定庵，浙江仁和人，著名汉学大师段玉裁的外孙。1819年，龚自珍识刘逢禄后，由汉学改习今文经学。与前人不同的是，龚自珍并未曾对《公羊春秋》本身加以注疏或条例，而是直接发挥前辈所提出的微言大义，作为建言的理论基础，应用于实际政治。如他的《乙丙之际著议》将“三世”解释为“治世、乱世、衰世”，并把历史的治乱与人才问题结合在一起；《五经大义终始论》、《五经大义终始答问》则径直将“三世”说等《公羊传》的观点附会扩大为《五经》的大义，以《公羊春秋》来统摄《五经》，并将“三世”说上升为一种史观。论学方面，龚自珍提出了有影响的学术观点，如《大誓答问第二十四》提出以音读来解释今、古文的不同。《说中古文》驳斥古文经学的中古文之说。这些说法，不仅加固了今文经学的壁垒，方便了他援经论政，而且影响了康有为、梁启超、皮锡瑞等人的学术思想。梁启超《清代学术概论》称：龚自珍“往往引《公羊》义讥切时政，诋排专制”，“光绪间所谓新学家者，大率人人皆经过崇拜龚氏之一时期。初读《定庵文集》，若受电然，稍进乃厌其浅薄。然今文学派之开拓，实自龚氏。”
魏源
魏源（1794—1857），字默深，湖南邵阳人。魏源思想的经世色彩浓厚，他关心现实政治，主动了解西方，曾助贺长龄编《皇朝经世文编》，著有《圣武记》、《海国图志》等著作。在经学方面，他早年究心学、汉学，受刘逢禄影响转而致力于今文经学研究，并著有《诗古微》、《书古微》、《董子春秋发微》等。魏源治经除继承了前人借“三统”说以言变革外，还明显表现了自己的特点。他不满意刘逢禄等人止于为东汉何休等拾遗补缺的做法，主张直求经文，并将研究的重点，由东汉的典章制度之学，进于西汉的微言大义，贯经术、政事、文章于一体。为此，他专作《春秋繁露注》十二卷、《董子春秋发微》七卷，标举董仲舒，发挥西汉今文经学的微言大义。同时，他不满足于今文经学者辨析今、古文家法异同的做法，转而猛烈攻击古文经之伪，造成了今、古文经学的鲜明对垒。他的《诗古微》、《书古微》就是这方面的作品，被收入《皇清经解续编》。前者重在“发挥齐、鲁、韩三家《诗》之微言大谊”，“以豁除《毛诗》美、刺、正、变之滞例，而揭周公、孔子制礼正乐之用心于来世也”
；后者意在发明西汉《尚书》今文之微言大义，而辟东汉马、郑古文之凿空无师传。这样，古文经学推崇的《毛诗》，东汉马、郑的古文学说，受到了严重质疑。
咸丰年间，邵懿辰以治《礼经》闻名。邵懿辰（1810—1861），字位西，浙江仁和人。他所著《礼经通论》一书，不相信古文经学的《逸礼》三十九篇之说，认为《仪礼》并非残经，今存十七篇为完经，即《礼经》，大戴本编次可据，而古文学派所崇奉的《周礼》则为“后王所附益”。该书还指出，与《礼》相并提的《乐》本无经。这些观点，对当时古文经学派盛行的经秦火后《礼经》残阙、《乐经》亡佚的说法形成了有力冲击。廖平称：“邵氏《礼经通论》以经本为全，石破天惊，理至平易，超前绝后，为二千年未有之奇书。”
至此，清代今文经学的风格、局面已基本奠定：由东汉古文经学的名物训诂、典章制度，进而求西汉今文经学的微言大义；由重点比较今、古文家法的异同，发展到对古文群经的全面辨伪。不过从总体上看，今文经学虽有较快发展，但其学术队伍、社会基础、影响地域都无法与汉学、程朱理学相比。
值得注意的是，道光以后，不仅学术格局出现了变化，而且在儒学各学派之间，特别是汉学与宋学之间，出现了息争、调和的倾向。研治汉学者，主张宗汉而不废宋，承认宋学在义理和道德修养方面的贡献。治宋学者，主张尊宋而采汉，即在坚持程朱理学的指导下，对汉学的学术方法和成就适当予以采纳。汉宋调和，体现了传统学术通过自调整以应对时势的一面。
综上，19世纪中期，缘于社会危机和清政府文化政策的调整，儒学内部也发生了重大变化：盛极一时的乾嘉汉学走向衰落，但仍然在学术上取得了一定的成就。此前饱受汉学批评和排斥的程朱理学，初步复兴。而沉寂千年之久的今文经学则借助社会的因缘变化，应时而出，援经论政，直接将经学与现实密切关联，走上了一条与汉学、宋学不同的道路。儒学的这种分合变化，虽然多姿多彩，但由于各学派都难以跳出经学思维的束缚，理论创新乏力，在急剧变动的社会形势下，整体走向衰落已成必然。