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孔子有一系列的人性修养方法、教育方法、思想方法，并提出了方法论的诸原则。孔子说：“性相近也，习相远也。” （《阳货》） 就“性”与“习”比照，他肯定人的品质差异往往在“习”而不在“性”，认为后天文化教育环境使人与人之间有了较大的差别。这是“有教无类”和“举贤才”思想的人性论根据。教育是一种有目的、有计划、有导向的环境影响，它的力量比一般自发的环境影响的力量更强。这就肯定了后天教育的必要性和可能性，无论道德教育、知识教育都是如此。
无论就经验知识之知或道德之知来说，主要还是靠后天的习得与反复训练，不断解蔽。孔子说：“我非生而知之者，好古，敏以求之者也。” （《述而》） 在知性、德性两方面，他向慕古代圣贤的人格和文化遗产典籍，勤奋敏捷地学习、体验。孔子还说：爱好仁德而不好学习，容易被人愚弄；好耍聪明而不好学习，容易放荡不羁；秉性诚实而不好学习，容易被人利用使自己受害；过于直率而不好学习，其弊病是说话尖刻刺人；爱好勇敢而不好学习，容易闹出乱子；爱好刚强而不好学习，其弊病在狂妄自恃。孔子指出，如果人们不接受后天的教育，不努力学习，就不能形成仁、智、信、直、勇、刚等各种好的品质，或者使有这种品质的人渐渐流向片面，产生愚、荡、贼、绞、乱、狂等不良后果。
孔子一生“学而不厌，诲人不倦”，“发愤忘食，乐以忘忧” （《述而》） ，活到老，学到老，教到老。他主张立志有恒、克己内省、改过迁善、身体力行。他提倡学无常师，要善于向别人学习：“三人行，必有我师焉。择其善者而从之，其不善者而改之。” （《述而》） 这包括观察、学习别人正反面的经验。他很虚心，“每事问”，又提倡老实坦诚的学风：“知之为知之，不知为不知，是知也。” （《为政》） “敏而好学，不耻下问，是以谓之文也。” （《公冶长》） 他强调学习要反复温习与实践：“学而时习之” （《学而》） ，“温故而知新” （《为政》） 。他主张学习与思考相结合：“学而不思则罔，思而不学则殆。” （《为政》） 他强调多闻多见，善于存疑，不匆忙下结论，不盲干：“多闻阙疑，慎言其余，则寡尤；多见阙殆，慎行其余，则寡悔。” （《为政》） 此句是说：多听多看，有怀疑的地方则加以保留，其余有把握的部分则谨慎地说出或实行，就能减少错误与懊悔。
在思想方法上，孔子尊重客观事实，反对主观偏执。“子绝四：毋意、毋必、毋固、毋我。” （《子罕》） 这是为了防止私意揣测、绝对肯定、拘泥错谬、自以为是。在一般方法论上，孔子主张“中庸”。孔子有“叩其两端而竭焉”的方法 （《子罕》） ，即不断地从两个不同的方面去研究问题，又提倡“执其两端，用其中于民”，在两个极端之间找到动态统一平衡的契机，具体分析，灵活处理，辩证综合。
孔子还创造了因材施教的教学方法，即从不同学生个人的性情、学习程度、实际水平、专长、偏好和优缺点出发，因人因时而异，运用启发诱导方法，有针对性地教育、帮助并调动他们学习的主动性和积极性。同样问仁、问孝，孔子针对不同的学生有不同的答复。他不仅启发开诱学生的智力，尤其启发开诱学生内在的德性。
孔子根据弟子们的资质禀赋、个性特点、智力状况的差异，即根据弟子们的不同“材质”而施教。这实为一种人性化的教育方法。因此，首先要分清弟子们所具有的不同的“材质”。如子路果敢决断且鲁莽，子贡通情达理，冉求多才多艺，高柴愚笨，曾参迟钝，子张偏激，子夏迟缓，孔子都了如指掌。《论语·雍也》记载，虽然仲由、端木赐、冉求都可以治理政事，但是夫子分别指出了，他们三人不同的性格特征和能力专长：仲由果敢决断，端木赐通情达理，冉求多才多艺。
孔子针对弟子们不同的“材质”，施予不同的教育方法。《论语·先进》篇记载有子路、冉有、公西华与孔子的一段问答。子路问：“听到了就该去做吗？”孔子回答：“家有父兄在，怎么能听到了就去做呢？”冉有问：“听到了就该去做吗？”孔子回答：“听到了就该去做。”公西华问：“仲由问听到了就该去做吗，你说有父兄在，怎么能听到了就去做呢；冉求也问听到了就该去做吗，你说听到了就该去做。我很困惑，大胆再问一问。”孔子回答：“冉求做事总是退缩，所以我给他壮壮胆；仲由的胆量却有两个人的大，勇于作为，所以我压压他。”由于冉求行事胆怯，所以孔子激励他大胆行事。仲由做事好冲动，所以孔子就压压他，让他凡事先问问兄长。
子路很可爱。孔子曾表扬他说：“穿着破烂的旧丝绵袍子和穿着狐貉裘的人一道站着，一点都不觉得惭愧的，恐怕只有子路吧。”还有一次，孔子表扬颜回，子路马上说：“子行三军，则谁与？”意思是说，您要做三军统帅，找谁来共事啊？言外之意是，那肯定是我吧。孔子说：“赤手空拳和老虎搏斗，不用船只去渡河，这样死了都不后悔的人，我是不与他共事的。我想找的人是，面临任务便恐惧谨慎，善于谋略而能完成事业的人。”
《论语·颜渊》篇记载颜渊、仲弓、司马牛、樊迟分别向孔子请教什么是仁，孔子有不同的回答。对待同一或同类问题（如仁德，如政治），孔子会根据每个提问者不同的情况（如资质、性格、经历、能力、心理特点、思维状况等）和提问时的不同境遇，随机点拨，做出不同回答或提示。这种个性教育和个性教学，至今仍有着重要的现实意义。
在教育方法上，孔子有一句名言：“不愤不启，不悱不发，举一隅不以三隅反，则不复也。” （《述而》） “启发”“举一反三”等词即由此而来。“愤”，心里想求通而又未通。“悱”，想说又不知道怎么说。教师就是要善于诱导学生积极思考，特别在学生尚不十分明确、想表达又表达不出来时予以开导，然后运用问答法，促进学生独立思考，引起学生追问并自己得出创造性的结论。这就是最早的启发式教学法，对后世影响非常深远。
在孔子看来，教育并不是知识灌输，也不是简单的道德说教，他善于有步骤地诱导学生。他不是把咀嚼过的知识和盘托出，而是常常给学生留下思考的余地。
据《论语·学而》，子贡问孔子：“贫穷却不巴结奉承，有钱却不骄傲自大，怎么样？”孔子回答说：“可以了。但是还不如虽然贫穷却乐于道，纵然有钱却谦虚好礼哩。”子贡接着问：“《诗经》上说，‘如切如磋，如琢如磨’即‘要像对待骨、角、象牙、玉石一样，先开料，再粗锉，细刻，然后磨光。’那就是这样的意思吧？”孔子很高兴地说：“赐啊！现在可以同你讨论《诗》了，告诉你一件，你能有所发挥，举一反三了。”《论语》中“举一反三”，“闻一以知二”，“闻一以知十”，“告诸往而知来者”，讲的都是施教者的“善诱”“启发”，学生由此而自求、自省、自得、触类旁通的道理。