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中医香疗经历了漫长的发展过程，从医药起源到纯粹医药经验的积累，再经过理论总结形成学术体系并不断丰富和完善，在不同历史阶段亦表现出了不同的发展特点。
远古时期，原始人在烤火取暖、煮食或点燃篝火防兽时，选用植物作燃料，发现植物在燃烧时散发出的芳香气味被人闻吸后可能会产生一些作用，慢慢地给原始人以启发，这可能就是中医香疗的起源。
夏商周时期就有关于中医香疗的记载，殷商甲骨文中记录了芳香药物及中医香疗专职人员分工：如“紫（柴）”“鬯”（chàng，芳香的酒）及“臭”（专门负责熏香职务的人称“臭”）和“工”（从事“艾灸”“熏香”的具体工作人员称“工”）。周代已有薰香、采香的习俗，如《诗经》有“采艾”“采萧”等采集香药的诗歌；《周礼》有以“莽草薰之”“焚牡菊以灰洒之”等薰香防治害虫的描述。
春秋战国时期中医香疗经验逐渐丰富，如《离骚》中载有44种香草且大多可供药用；《山海经》中收载中草药百余种，其中芳香药物有薰草（零陵香）、药（白芷的别名）、桂、芎等，还记载了佩香可以驱疫防病，是描述佩香疗法的较早文字记载。此时，艾也逐渐为广大百姓所接受，如《孟子》中载有“七年之病，求三年之艾”，《庄子》中有“越人熏之以艾”的说法。
秦汉时期中医香疗从实践逐渐上升为理论。在马王堆汉墓出土的一批香囊、熏炉中发现，内有辛夷、佩兰、茅香、花椒、肉桂等芳香类药物；华佗《中藏经》中记述了用绛囊盛安息香来防治传尸、肺痿、时气、瘴疟等病；《神农本草经》集东汉以前药物学之大成，全书收载药物365种，其中芳香药物占10%左右；《黄帝内经》已能从方剂配伍、药性理论出发，运用芳香药物进行辨证论治；在《灵枢·寿夭刚柔》中就载有醇酒蜀椒姜桂方（醇酒、蜀椒、干姜、桂心），以棉絮、布巾浸药酒，用生桑炭炙，以熨寒痹所刺之处。
晋唐时期中医香疗的发展主要体现在以下三方面：第一，芳香药物品种增多，补充了许多新发现药物和外来药物，如《新修本草》记载苏合香、阿魏、安息香、龙脑香等外来香药，在专述外来药物的典籍《海药本草》中收载了芳香药物50余种，如青木香、荜茇、白豆蔻、丁香、零陵香、降真香、没药、甘松香等，一直为现代所习用。第二，中医香疗方法不断丰富，在此阶段香熏法、香熨法、香佩法、香枕法已非常流行，如《肘后备急方》中就记载香熏疗法所用艾经点燃后，可直接作用于患处，有燥湿、辟秽化浊之效。第三，香方方剂逐渐增多，尤以《千金方》为代表，如《千金翼方·卷第五·妇人》一文中载有香方六首，其中“熏衣香方”由熏陆香（八两），藿香、览探（各三两），甲香（二两），詹糖（五两），青桂皮（五两）六味药物组成，制作时将此六味药研细混匀，干湿适度，以便于香气散发。
宋元至明清时期，中医香疗不论从理论还是临床实践等方面都得到了全面快速发展。主要体现在：第一，重视芳香药物的管理。宋代为了有效管理香料的进口贸易，于太平兴国二年（977年）专门设立香药管理机构——“榷易院”，创立了以乳香为主的进口商品专卖制度；北宋祥符年间（1008～1016年）政府设置香药库，掌管出纳外来香药、宝石等物；宋代庞元英在《文昌杂录》中记载：“宋真宗时，宫内有28个香药库，用来贮藏各地进贡的名贵香料。”第二，香药品种大量增多。宋初《开宝本草》和唐慎微的《证类本草》等本草著作收录百余种香药，其中常见的有艾叶、麝香、乳香、龙涎香、沉香、笺香、檀香等数十种；到了明代的《本草纲目》更是广搜博采，丰富扩充了香药品种，其中记载“香木”类药材35种，“芳草”类药材56种，同时还介绍了涂法、擦法、敷法、扑法、吹法、含漱法、浴法等多种芳香疗法的给药方式。第三，芳疗方剂广泛使用。《太平圣惠方》中以香药命名的方剂如乳香丸、沉香散、木香散、沉香丸等约120首；《圣济总录》中则以香药作丸散汤剂居多，仅“诸风”一门即有乳香丸8种、乳香散3种、乳香丹1种、木香丸5种、木香汤1种、没药丸5种、没药散2种、安息香丸2种、肉豆蔻丸1种；《普济方》中专列了“诸汤香煎门”，收集97方，并详细记载方药组成、制作、用法等，较全面地总结了15世纪以来中医香疗经验。第四，中医香疗理论的深化发展。清代“外治之宗”吴师机撰写外治法专书《理瀹骈文》，阐述中医外治理论，为发展中医外治法做出了巨大贡献，进一步深化了中医香疗理论。理论上外治法本于内治，“外治之理即内治之理；外治之药即内治之药。所异者，法耳”。吴氏的外治法是以中医理论为基础，以整体观为指导，既要分别阴阳，又要注重病因病机，审症求因，辨证用药，从而达到内病外治的目的。治法上吴氏主要依据三焦分部，以上、中、下三焦为纲，分别采用搐鼻取嚏、缚脐、坐于身下三法治疗，又称为三焦分治法。“所谓分三部者何也？人一身有上、中、下三部，而皆以气为贯，上焦心、肺居之，中焦脾、胃居之，下焦肝、肾、大小肠、膀胱居之”。外用药物主要有两类，一类是膏药，依据处方经特殊的方法熬制而成；另一类是末药，即将药物粉碎成粗末状直接外用。吴氏外治膏药常用组方药物以气味芳香为主，如辛辣温热药（生姜、干姜、花椒、吴茱萸）、活血化瘀药（红花、桃仁、川芎）及石菖蒲、艾叶、细辛、木香、酒、蒜、芥、葱等，有利于刺激体表与穴位，增加渗透能力，畅通经络，正如其述：“率领群药，开结行滞，直达病所。”
近年来，中医香疗发展迅速，不仅在临床广泛应用，也开展了大量的药理和疗效研究，带动了芳香产业的迅速成长，主要体现在两个方面。
作为补充与替代医学中的一个重要门类，中医香疗已成为祛病保健、调理情绪、增强活力、美容塑身的有效方法。王克邪等通过临床观察发现植物精油穴位按摩联合中药治疗慢性前列腺炎的疗效较佳，可明显缓解患者的临床诸症，且安全易行；耿俊颖通过观察发现，芳香疗法结合音乐干预能缓解结直肠癌术后化疗患者疼痛和负性情绪，改善睡眠质量；李衡等发现芳香疗法能有效缓解和改善老年人的睡眠质量且按摩疗法比嗅吸疗法效果更明显；董慈等推荐临床将芳香疗法作为补充疗法，用于改善躯体疾病相关性失眠的症状；侯慧先等发现音乐疗法和芳香疗法应用于针灸减肥中，可以舒缓患者因针刺疼痛而引起的紧张情绪，排解患者的焦虑、恐惧状态，增加临床依从性，保证针刺疗程的顺利实施，提高针刺减肥的疗效。
近年来，我国芳香产业发展十分迅速，目前已形成芳香植物种植、芳香产品深加工及中医香疗健康服务等多方面的产业格局，涉及医学、农业、林业、日用化工、教育、旅游观光、运输、经营等多个领域；芳香产品的应用也从传统的SPA馆、美容美发、医药保健、食品化工等行业，延伸到医疗养生保健、自然疗法、芳香食品、运动及芳香器材、教育、遗传基因信息等诸多方面。
芳香疗法萌芽于古埃及等文明古国。
公元前3000年，埃及古老依迪芙神殿中，莎草纸文献与石碑记载了埃及人以植物香料制成香膏、香粉、香油，应用在医疗、美容、制作木乃伊和宗教仪式中。公元前2000年，埃及埃伯斯莎草纸文稿记载了数百种芳香药用植物、配方及医疗相关文献。公元前400年，希腊医学之父希波克拉底在著作中列出三百多种药草处方，提倡芳香泡澡。
78年，希腊医师、药理学家迪奥科里斯研制出蒸馏雪松精油的模型。131～199年，罗马医师盖伦建立植物的药学理论和主要分类，并发明了冷霜。980～1037年，波斯阿维森纳《医典》中记录了超过八百种的药用植物，并发明了水蒸气蒸馏法，从玫瑰花中蒸出了玫瑰油，堪称现代蒸馏法提取精油的先驱，使精油工业化生产成为可能；据记载在1500～1600年间，大约能工业化生产170余种精油。
12世纪著名的神秘主义者和治疗师Hildegard写下了许多用芳香油涂在皮肤上治疗身体内部疾病的方法，如把紫罗兰的汁液与橄榄油和山羊的油脂混合在一起，用于治疗癌症：“在身体的各个部位都涂上药膏，也包括那些癌和病毒正在吞噬的地方。”
14世纪，黑死病大规模流行，人们在街上焚烧乳香和松树预防感染。医师则穿着特殊服装，并在面罩乌嘴处塞满鼠尾草、百里香、薰衣草等，保护自己不被感染。
15世纪，印刷术传入后，欧洲各国印制《药草志》，药商和药师会销售精油，大户人家则自备蒸馏房。1525年，英国《贝肯氏草药集》出版，记载了玫瑰浸泡油的制法与应用。现代形式的芳香疗法起源于20世纪20年代。1910年，法国工业化学家Rene.Mauriee Gattefoss（1881—1950）一次在自己家的香料实验室里不小心烫了手，在惊慌下立刻从身边瓶子里倒出薰衣草精油涂在手上，他的手很快就痊愈并且没有伤疤。他认为这是因为薰衣草精油的奇特效果，于是对香精油的医疗特性非常感兴趣，他把这一新领域命名为AROMATHERAPY（芳香疗法），并于1928年出版了他的发现成果。之后，芳香疗法开始盛行于欧、美、澳洲，逐渐趋于成熟并得到社会的认同。法国军医瓦涅二次大战期间在越南使用精油为伤兵治疗严重的烧烫伤口，回国后便用精油进行医疗，1980年出版的《芳香疗法之临床医疗》成为法系芳疗始祖。
1961年，法国摩利夫人出版《青春的本钱》，英文版为《摩利夫人的芳香疗法》，将芳香疗法应用在美容护理上，她觉得精油透过皮肤或吸闻方式进入人体最有疗效，并发展出一套按摩手法，沿用至今。
1996年，法国医师潘威尔和化学家法兰贡合著《精确的芳香疗法》，此书是他们俩自1970年以来的研究成果总结，深具学术价值。而在英国，医师巴赫创立以天然植物精华治疗身心问题的“花精疗法”。
1997年，英国按摩师和护理师滴莎兰德出版《芳香疗法的艺术》，是英语世界的第一本芳香疗法专书，成为英国芳疗界的先驱。1998年，英国芳香治疗师资格作为国家认定的资格确定。在大学，芳香疗法已纳入正式教学课程。在号称芳香疗法最先进国家的法国和比利时，清淡的精油可内服和外用，其疗效被人们认可。在欧洲的主要国家，芳香医疗纳入医疗保险的适用范围，足见芳香疗法的地位和作用。
近十几年来，芳香疗法以惊人的速度发展和成长，无论是在欧洲还是在美国，越来越多的医院和诊所都开设了这种治疗。许多按摩诊所和SPA馆都提供芳香按摩治疗，而且在药房和健康食品店里许多商品的标签上，也都印上了“芳香疗法”的字样，芳香疗法逐渐走进了普通人的生活。