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新三板市场的交易活跃度低，流动性不高，这一现状导致投资者风险偏好急剧下降，资金逐渐向盈利规模较大的企业聚拢。据Choice数据统计，新三板单笔融资额基本随着净利润规模大小同向变动，如8000万～9000万元的公司，单笔融资均值为1.3亿元；9000万～1亿元的公司，单笔融资均值为1.9亿元；1亿元以上的公司，单笔融资均值接近3.8亿元。从趋势上来看，2015～2017年，归母净利润在1000万元以下的新三板企业融资次数和金额占比均在逐年减少，而归母净利润较高的企业融资机会则在增加，如归母净利润为3000万～5000万元的新三板企业融资次数和金额逐年增加，2017年较上一年分别增长3.4和2.4个百分点。基于此，优选新三板创新层做市企业中成长性良好的细分行业龙头，成为机构认可的投资策略。
从监管层的改革思路与统一认识的重点来看，精细化分层无疑是2018年最值得期待和最具确定性的改革方向。2017年12月22日落地的改革新政中，监管层不仅对创新层标准进行了完善和调整，而且准入门槛也完成适当下调。门槛下降的同时，创新层再次扩容或将成为大势所趋。根据股转公司的设想，在11000家新三板企业的基础上，创新层应至少具备3000家企业的规模，即至少1/3比例的新三板企业应进入创新层。在目前新三板新增挂牌企业数量已大幅放缓的情况下，新三体研究院预测，到2018年5月，新三板挂牌企业总数将维持在12000家左右。按照1/3的比例计算，2018年创新层企业数量将在3500家以上，而2017年新三板创新层企业仅有1400家。改革新政中除了适当优化分层标准，还对创新层差异化信息披露进行了完善，总体来看，这次分层制度改革在稳定创新层成分的同时也增强了包容性，降低风险的同时也提升了创新层估值，同时或许也为未来的“再分层”预留了空间，创新层精选标的自然也成了可供投资者重点关注遴选的目标。长期来看，精选层的推出或是新三板市场发展的最终出路，能够入选精选层的标的一般具备相对较大的股本规模、较好的股权分散度以及相对优秀的治理结构等特点。具体量化标准，建议关注具备如下条件的企业：①股本人数超过400人；②连续两年满足创新层标准；③最近一年的归母净利润3000万元以上；④总股本3000万元以上。创新层做市企业无疑是精选层的主要标的池。
在行业选择方面，新三体研究院认为，一方面要关注各个细分领域的行业业绩增速，另一方面还需要留意目前市场的估值水平，关注一些业绩表现出色、成长性好，同时估值水平处在合理区间的行业，充分挖掘行业潜在价值。高端装备、教育、新能源材料、TMT是值得关注的行业。另外，物业管理行业将会是万亿级市场，竞争格局进入快速改善的阶段，也值得关注。
新三体研究院发现，2017年以来，PE/VC机构投资者开始逐渐加大对低估值新三板企业的布局，更注重长线价值，在行业偏好上与上市公司并购新三板相似。据Choice数据统计，2017年1～11月PE/VC累计投资额达47.94亿元，较上年同期大增149.56%。此外，PE/VC参与新三板PE（TTM）分布区间最多集中在10～20x，共87家。行业分布前三为信息技术76家，机械设备51家，互联网45家。创新层做市企业价值明显低估，是机构布局长线投资的主要标的。