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2017年11月13日，新三板做市指数跌破1000基点，指数破发后，一路走跌，年底最后一个交易日收于993.65点。
资料来源：Choice，新三体研究院整理。
2015年3月18日，推出的做市指数，以2014年12月31日为基期，以1000点为基点，2015年做市指数曾一度高达2673.17点。这一年投资者疯狂入场，机构投资者通过基金、资管计划全面开仓。据统计，2015年参与新三板定增的投资资金达1489亿元。由于市场过热，频繁且大量的反向交易，引起了监管层注意。4月7日，股转系统对违规账户做出了处罚，而这也成为做市指数的分水岭，当日做市指数收盘点位2673.17点也成为新三板做市指数的历史最高点。之后新三板开始降温，到2015年7月8日，做市指数从历史最高点2673.17点跌至1103.78点，3个月跌了58%。此后指数出现了技术性反弹，做市指数也在2016年1月4日达到了全年最高点1442.45点。但由于做市制度不完善等诸多原因，市场热情度降低，到8月31日，做市指数再创新低，收在1073点。随后在9月，国家出台多项政策以支持和鼓励新三板的发展，市场开始触底反弹。到2017年3月29日，做市指数达到相对高点1162点。之后，由于一些做市成分股披露的年报业绩不理想，政策不达预期，做市指数又开始下行，最终跌破1000点的心理关口。新三板做市指数破发成因如下。
第一，优质企业因计划IPO转为协议转让或主动摘牌造成流失，留在成分股的企业平均业绩下降，导致指数下跌。这些质地相对优良、交易相对集中、股价抗跌性较强的企业从样本股中流失，是导致三板做市指数下跌的重要原因。据股份转让系统数据统计，截至目前，已有529家挂牌企业正式摘牌，超过380家企业转向IPO上市。
第二，部分成分股价值高估，是正常的价值回归。从公司估值的角度看，目前做市指数低于1000点整体上可能存在价值低估，但并非完全低估。对股指下跌要有一个理性判断，也就是说，股指下跌原因是以前的部分股票的价格太高。全国股转系统公司董事长谢庚此前也曾表示，对于当前新三板市场低迷的情况，可反证前期市场火爆不太正常，现在降温属正常现象。“理性回归是市场进一步发展的重要前提。”
第三，流动性折价，行情低迷，流动性越好，越容易错杀。据Choice数据统计，2017年年底有净值披露的新三板基金一共有近3000只，其中6个月以来回报为负的近40%。24只有净值更新的公募专户产品中，有13只产品近6个月回报为负。其中，“嘉实新三板2号”近6个月以来的市场回报为-18.70%，“千石资本—朱雀市场龙泽1号A期”为-15.42%。“嘉实新三板2号”专户产品在2017年4月份净值最高涨至1.0860，但随后出现了断崖式下跌，截至2017年年底，该产品净值仅剩0.7740。2017年上半年新三板公募基金类产品集中到期，到期规模高达80亿元，其中，2017年3～7月是产品集中到期的峰潮，下半年产品到期数量和规模有所减少。券商资管类产品数量共373只，数据可得的产品数量有168只，2017年下半年产品到期规模达62亿元。
在新三板基金中，专注于股权投资的PE/VC占据了相当大比例。业绩不好的情况下，机构退出变现将面临一系列挑战。由于新三板基金到期变现的压力，流动性越好的公司越容易遭到错杀，新三板做市企业流动性相对较好，因此也更容易出现流动性折价。
第四，做市制度不合理。由于新三板没有IPO过程，做市商一般通过非市场手段获取做市库存股票。没有协议、规章规定或系统性约束其购买价格与做市的买卖价格的比例关系，导致做市商在获取做市股票时有压低买入价格从而降低持有成本的意愿，中国新三板做市商不仅可以以远远低于做市转让交易价格的成本获取库存，而且目前对做市库存的限制也极为宽松。新三板做市商可以以极低的成本持有库存，只需要压低从证券发行方或股东处获取股票的价格，再通过做市转让这一方法将库存卖出，就可以获得动辄100%的利润。于是，新三板做市商对于买卖报价本身的兴趣大减，转而向监管部门要求放开做市股票库存上限，从而扩大库存股票的定价权及盈利能力。虽然新三板将要引入非券商的做市商资格制度，但是目前初始做市商从协议转让的挂牌公司或拟挂牌公司中寻找符合做市转让制度的公司并通过协议转让或定向增发的方式获取做市库存股票的模式没有根本性改变。这样的模式一方面损害了挂牌公司和拟挂牌公司在新三板交易中的实际融资效果，另一方面使做市商对买卖报价本身的积极性不高，转而积极参与压价购买库存股票并在做市转让中卖出从而赚取差价。