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学科内合作是指在康复医学学科内各专业的合作，是最常见的康复工作模式。在患者介入康复治疗前，康复医师会组织康复治疗师和康复护士了解患者的主要情况，对患者进行诊断、综合评定，并且根据患者的情况提出适合的训练项目，各专业人员均可针对患者的功能受限性质、程度、发展趋势、预后和转归发表意见，经过讨论，总结出最适合患者的综合治疗方案。治疗中期，康复医师还会定期组织康复治疗师和康复护士进行小组会议，围绕患者病情、目前康复治疗进展和日常护理情况进行综合讨论，提出需要重点关注的问题，明确下一阶段患者的治疗目标，并对患者所参与的康复治疗项目做出所需要的调整。在患者出院之后，也要进行会议总结，并对患者下阶段的治疗或者出院后的康复计划及注意事项提出建议。
学科间合作是康复工作者的另外一种工作模式，也是近年来努力发展的方向。康复工作的对象涉及的范围很广泛，因此，康复科与很多临床科室（如神经内科、神经外科、骨科、心血管内科、心血管外科、呼吸外科，烧伤科、风湿科等）联系密切。近年来，部分医院的康复治疗已经延伸至重症监护科，对重症患者进行早期的康复干预对其恢复有很大的帮助。康复科与其他临床科室开展学科间合作，对有需要的患者进行专业性的康复训练及康复宣教，可以加快患者的康复进程，也可以减轻患者出院后的功能障碍程度。
康复工作小组需要定期召开小组会议，通常伴随查房进行，小组工作人员互相之间还要对患者病情和出现的特殊情况及时进行沟通，以促进工作质量与工作效率的提高。