朱熹很重视学术场所的建设，他在从政期间，除了处理政事之外，还大力提倡兴办地方学校。在创办书院方面，朱熹更是具有独特的建树。讲学授徒培养人才的书院，始于五代而初盛于宋。由于理学的发扬、学术传递的发达，南宋书院规模大盛。淳熙六年（1179年）十月，朱熹出知南康军，他派教授杨大法和星子令王仲杰访求庐山五老峰下白鹿洞遗址，重修了白鹿洞书院。又购置田地，赡养到此读书、研究的人士。绍熙五年（1194年）朱熹知潭州，修复了抱黄洞下的岳麓山书院，增广学舍至百余间、田十五顷，还亲书“忠、孝、廉、节”四字于堂中。白鹿洞和岳麓山两个书院都列宋代四大书院之内。此外，朱熹个人创建的武夷精舍和竹林精舍则是私立书院，均有相当规模。

朱熹在书院建设上与前人不同的是，他对书院的教学目的、教学内容、训练纲目、学习秩序等都作了明确详细的规定，书院办得相当正规。朱熹的学规（名为《白鹿洞书院揭示》）从基本精神上看，主要是按照圣贤的教导要求学生。第一条以“父子有亲，君臣有义，夫妇有别，长幼有序，朋友有信”为“五教之目”；第二条以《中庸》所提出的“博学之，审问之，慎思之，明辨之，笃行之”为“为学之序”；第三条以“言忠信，行笃敬，惩忿窒欲，迁善改过”为“修身之要”；第四条以“正其义不谋其利，明其道不计其功”为“处事之要”；第五条以“己所不欲，勿施于人。行有不得，反求诸己”为“接物之要”。这些学规的内容，完全在于实行封建的纲常伦理，它总结了孔孟以来儒家的礼教体系，体现了其理论与实践相结合的人际关系准则。因此，这个学规就成了后来各书院订立学规的标准。朱熹创办书院还有其他特色，一是祭祖先贤，推崇楷模，以励后学，使见贤思齐、奋发图强。二是教学内容以研习儒家经籍为主，间亦议论时政，对学术思想发展有一定影响。三是对学生要求严格。朱熹创办书院，在中国古代教育史上留下了不可磨灭的光辉一页。

除了创办书院，广收门徒和长期讲学是朱熹学术活动的一个重要方面。据《朱子文集大全类编》，朱熹门人中及门受业者有四百四十二人，仅在其《文集》中，与朱熹有书信往来的门人就多达二百多人；在《朱子语类》中，所列出的记语录者也有九十多家。朱熹去世之时，虽然官方禁止举行葬礼，但为其送葬者还是逾千人，其中绝大多数是朱熹的弟子。朱熹生前著书，往往组织弟子一起写作或编定，如《宋史·道学传·蔡元定传》载：“熹疏释《四书》，及为《易》《诗传》《通鉴纲目》，皆与元定往复参订。《启蒙》一书，则属元定起稿。”又载“熹晚欲著《书传》，未及为，遂以属（蔡）沈”。又其《仪礼经传通解》，也是与弟子黄干等人共同撰写的，一直到临死前尚未完稿，还嘱托黄干等继续完成书稿。不过，朱熹门人虽多，真正能传其学者并不多，蔡元定、蔡沈、黄干、陈淳等少数几个学生，是属于学术上造诣颇精者，也难望其老师之项背。但朱熹通过门人使其思想学说传播开来，形成了一个在南宋最活跃、最有力量、最有影响的学派。

朱熹聚徒讲学，宣讲理学思想，并同其他学派进行激烈的论争，这也是他学术活动的又一个方面。朱熹曾与永康事功之学、陆氏顿悟之学、反对周敦颐、张载的林黄中进行过辩论。南宋学术之会，主要为两派三家，两派是心性之学和事功之学；三家是朱学、陆学和浙学。从淳熙九年（1182年）至十三年（1186年）之间，朱熹与事功学派围绕“王霸”、“义利”等问题展开激烈论争，反映了心性理学与功利之学的深刻分歧。其中陈亮与朱熹的“王霸义利”之辩围绕三个话题展开：

第一，道德与事功是否内在统一。朱熹主张“尊王贱霸”。他认为夏商周三代帝王的心中都是“天理流行”，是“王道”盛世；而三代以后帝王的心中“未免乎利欲之私”，是“霸道”衰世。朱熹在第一封指责陈亮的信中，将陈亮的学说概括成“义利双行，王霸并用”八个字，并要求陈亮改正。陈亮不同意朱熹的说法。在陈亮看来，道德与事功是统一的，道德应见于事功之中，如果一个君主有道德，他就必然能建功立业，为民生造福。假如他不能建功立业，就不能认为他有道德。如果将道德与事功割裂开来，那才是“义利双行，王霸并用”。陈亮之友陈傅良后来概括陈、朱争辩，将两人的观点概括成“功到成处，便是有德；事到济处，便是有理”及“功有适成，何必有德；事到偶济，何必有理”，应该是比较贴切的。

第二，理想的人生境界。两人既对道德与事功的关系有不同看法，对人生应该追求何种理想境界，自然看法有别。朱熹认为，一个有理想的人，应该是在道德境界的日益提升上下工夫，一辈子也不能懈怠这一点。要洗透功利之心，致力于内心修养，才能做得大事。陈亮则认为，一个完美的人，应该兼具仁、智、勇三者，做一个既是道德、又能在现实世界建功立业的完美之人。而且在陈亮看来，一个人有无道德，光求之心迹，不免幽晦难明，唯有从功业上去看，才能看得清楚。有大功业的，必是有道德之人。

第三，从何种角度去观察和处理世界。陈亮与朱熹的争辩，在于学术的根本路径上，即从何种角度观察和处理世界。陈亮认为，世界是经验的，是现实的，要先承认现实，承认历史，在这个基础上，才能谈论学术。而朱熹则从理想的角度来观察和处理世界，认为道是世界的本体，它不一定体现为现实的经验，是人的价值的本体。所以他治学，可以不谈经验，不谈历史，一切可在理想的框架内举行。简单地说，两人的学术是在不同的路径和层面上进行的，所 以旨趣也根本不同。正是由于这根本的不同，酿就了两人长达三年在中国思想史上影响深远的大论战。陈亮与朱熹的论辩，其截然不同的观点对立中埋藏着极为深刻的内容。他们在论战中大大丰富了自己的思想，也为中国古代哲学思想的演变拓展了空间。虽然今天也很难判定孰是孰非，但有一个细节意味深长：那就是朱熹到浙东来当官时，一入浙境，便觉这里与他处不同，其中明显之处是民风重现实、讲事功。我们知道，当时南宋浙江的三大学派都属事功之学的范畴。可见，任何一种影响深远的学说，必然集中了作为其基础的广大百姓的道德理想与价值标准，学术思想也是通过不断的辩论而得以发展的。