36岁的朱熹报国无门，在只担任有禄无事、住地听便的祠职时，曾在崇安武夷山和五夫里进行讲学与著述，并与众多高才谈书论道、交流思想。他与名质甚敏、学问甚正的张木式交往，经常通信，研究理学；又与开启浙东功利学派先声的吕祖谦交往，共同编书立说；还与陆九渊、陆九龄兄弟共同论学，产生了“理学”与“心学”两大派别。由于朱熹认为在超越现实、社会之上存在一种标准，它是人们一切行为的标准，即“天理”。只有去发现格物穷理和遵循天理，才是真、善、美，而破坏这种真、善、美的是“人欲”。因此，他提出“存天理，灭人欲”的理念，这就是朱熹客观唯心主义思想的核心。淳熙三年（1176年），朱熹与当时的著名学者陆九渊相会于江西上饶鹅湖寺，交流思想。但陆属主观唯心论，他认为人们心中先天存在着真、善、美，主张“发明本心”，即要求人们在自己心中发现真、善、美，达到自我完善。这与朱熹客观唯心说的主张不同。因此，二人辩论争持，以至互相嘲讽，不欢而散。这就是中国思想史上有名的“鹅湖之会”。这些思想火花的摩擦和撞击，更加丰富了朱熹的思想，为朱熹的学术著述积蓄着能量。

在近半个世纪的学术活动中，朱熹独立完成了宏富的著述。从内容上看，朱熹的著述中经、史、子、集各门类都有，主要著作有《四书集注》《诗集传》《楚辞集注》《太极图说解》等等。他所注的“四书”在元仁宗时被定为官方解释，此后一直到明清，凡是想在科举上有所作为的人，都必须遵照朱熹对经典的注释进行学习。经他儿子朱在编纂的《朱文公文集》一百卷，《朱文公续集》十一卷，《朱文公别集》十集，保存了他的学术论著、讲义、奏疏、序跋、书信、诗词等，并合刊为《朱子大全》。另有《朱子诗集》单行，共十二卷。朱熹门徒把他的讲学问答编辑成二十六门、一百四十卷的《朱子语类》。这样大量的著作，包括经学、佛学、道学、史学、教育学、文学、乐律、美术、书法和自然科学等广博学问，只有知识渊博、素养深厚的朱熹才能游刃有余。

朱熹作品不仅在数量上纷繁宏富，在创作水平上也保持了鲜明独到的艺术风格。其《朱子语类》共一百四十卷，涉及面很广，是宋代以后新的语录体奠基之作。这种讲经传道、品评是非的口语化的文体，其特点是质朴无华，平易近人。如他论陶潜诗：“人皆说是平淡，据某看，他自豪放，但豪放得来不觉耳。其露出本相者，是《咏荆轲》一篇，平淡的人如何说得这样言语出来？”论黄庭坚诗：“如《离骚》，初无奇字，只凭说将去，自是好；后来如鲁直恁地著力做，却自是不好。”这些话语，大都是他平时语言的忠实记录，讲述者的情感和语气很有感染力。

47 岁以后，朱熹集中了宋代理学的成就，又吸取了佛家、道家基因，建立了完整的理学思想体系。他真正进一步发展了理学，成了程朱理学的集大成者，成为中国文化史上的伟人。其用毕生精力所作的《四书集注》，以洗练的语言阐述理学思想，因而在所有阐述朱熹思想的著作中，具有最高的权威性。朱熹十分博学，对经学、史学、文学、音韵、自然科学等都有研究，著有《诗集传》《周易本义》《孝经刊误》《童蒙须知》《仪礼经传通解》《韩文考异》等书卷，而且还提出自己的独到见解，堪称百科全书式的思想家，是继孔子之后我国封建社会最渊博的学者之一，也是孔子之后我国封建时代影响最深远的唯心主义哲学家。