朱熹继承了周敦颐、二程学说，又兼采释、道各家思想，形成了一个庞大的哲学体系。这一体系的核心范畴是“理”，或称“道”“太极”。理或天理是朱熹理学思想的最高哲学范畴，天理论是朱熹理学思想的核心。所谓的“理”，有几方面互相联系的含义：①理是先于自然现象和社会现象的形而上者。②理是事物的规律。③理是伦理道德的基本准则。朱熹认为“理”是宇宙的根源，天地万物的根本。又称理为太极，是天地万物之理的总体，即总万理的那个理。“太极只是一个理字。”太极既包括万物之理，万物便可分别体现整个太极。这便是人人有一太极，物物有一太极。每一个人和物都以抽象的理作为他存在的根据，每一个人和物都具有完整的理，即理一分殊。“气”是朱熹哲学体系中仅次于理的第二位的范畴。它是形而下者，是有情、有状、有迹的；它具有凝聚、造作等特性。它是铸成万物的质料。天下万物都是理和质料相统一的产物。朱熹认为理和气的关系有主有次。理生气并寓于气中，理为主，为先，是第一性的；气为客，为后，是第二性。并提出理本气来，“既有此理，便有此气；既有此气，便分阴阳，以此生出许多物事”。朱熹把“天理”作为自然界和人类社会的最高法则，把天地万物都囊括在“天理”的牢笼之内，把封建道德、封建礼乐刑政与天理视为一体。从天理的高度、从格物致知的高度来认识历史，是朱熹史学观的准绳。他的思想影响着封建社会后期的政治生活，被后世修史者奉为至理。历史的发展一代不如一代，这是朱熹倒退的唯心史观的主要内容。正是这位集理学大成的朱老夫子，在中国哲学上发展了程颢、程颐关于理气关系的学说，建立了一个完整的客观唯心主义的理学体系。

在人性论上，朱熹发挥了张载和程颐的天地之性与气质之性的观点，认为“天地之性”或“天命之性”是专指理而言，有至善的、完美无缺的特点；“气质之性”则以理与气杂而言，有善有不善，两者统一在人身上，缺一则“做人不得”。与“天命之性”和“气质之性”有联系的，还有“道心、人心”的理论。朱熹认为，“道心”出于天理或性命之正，本来便禀受到仁义礼智之心，发而为恻隐、羞恶、是非、辞让，则为善。“人心”出于形气之私，是指饥食渴饮之类。如是，虽圣人亦不能无人心。不过圣人不以人心为主，而以道心为主。他认为“道心”与“人心”的关系既矛盾又联结，“道心”需要通过“人心”来安顿，“道心”与“人心”还有主从关系，“人心”须听命于“道心”。朱熹从心性说出发，探讨了天理人欲问题 。他认为人心有私欲，所以危殆；道心是天理，所以精微。因此朱熹提出了“遏人欲而存天理”的主张。朱熹承认人们正当的对物质生活的欲望，反对佛教笼统地倡导无欲，他反对超过延续生存条件的物质欲望。他强调“天理”和“人欲”的对立，要求人们放弃“私欲”，服从“天理”。

“存天理，灭人欲”是朱熹理学的主体。其内涵可以从三方面去理解∶一、理与欲，也是公与私的对立。朱子说，“只要一人之心，合道理的是天理，徇情欲的是人欲”。革尽人欲，排除过分的私欲便是去恶；复尽天理，循道而行的便是存善。二、“人心”必须服从“道心”。人心只考虑到自己的需要，而不考虑到合理不合理；道心则在考虑到自己需要之外，还要考虑是否合理。凡事如果不掺杂私心贪念，坚守道心，则办起事来可以执中不偏、恰到好处，这自然合乎天理。三、强调道德，德教使人自觉遵守各种道德规范。我们知道，纵然有良好的道德基础，要想真正地消灭犯罪活动，谈何容易！随着时代的进步，科技的发达，经济方面有了长足的发展，但人的精神状况却每况愈下，沦丧殆尽。人与人之间感情淡化，互信力消失，个人主义盛行于世，这一切都导致社会丑恶现象不停地上演。在这种形势下，极需“天理”“良心”来洗涤过分的人欲。正像文公所说的，“若能持敬以穷理，则天理自明，人欲自消”。这是我们现在应该奉行的道理或是信条。