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这一去的结果是：孙文和江英华都带着愤怒离开了两广总督府。孙文“气怒而返港”，而江英华也从此离开了大清，直至后来远赴南洋行医。
不过一次例行公事而已，李翰章大人也不会刁难，到底发生了什么事？
史料记载，在报到时，孙文和江英华都被要求填写祖宗三代履历。应该说，这是很正常的，不过是把家庭和出身状况写得长一点，并不是一种有意刁难。其实站在朝廷的立场，还有一个隐秘的原因：他们是港英政府推荐的，又一直在香港读书，现在要进京做官，朝廷有关部门自然要调查一下背景，检查一下履历，免得把英国人安排的两个间谍招进京城。
既然也很正常，为什么又会出现这样的结果呢？
以上只是史料上的记载，在史料没有记载的角落，会有很多的隐秘的真相。五年之后的1897年，孙文在英国出版了一本英文自传体著作《伦敦蒙难记》。在讲述毕业后的经历时，孙文特意用了比较大的篇幅。主要意思是，大清中下层官员的正常俸禄，也许是当时全世界各国官员中最低的，然而帝国的官员没有一个是穷官。比如两广总督，他管辖的人口和地域面积都超过了英国，但他公开的年俸也只有区区60英镑而已。怎么办呢？就靠各种巧立名目和敲诈勒索敛财。朝廷也只能靠出卖权力和自身的腐败才能发展，最后竟然沦落为以使腐败“合法化”为目的。
根据孙文先生的这段记录，我们有理由相信，如果是李翰章本人来接待，他是不会刁难的，问题是他不会亲自来处理这样的事情，那么两广总督府里的窗口办事人员，一定会按照官场惯例向两位同学“讨赏”，敲敲竹杠。而正是因为这两位同学是李鸿章大人指名要的人，是有机会进北京做大官的，敲竹杠的数目肯定不会小。这些人很善于把“上面”交代的事情转化为自己敛财的机会，即使“上面”追究起来，自然也有若干套说法对付。刚刚从学校毕业的孙文和江英华并没有就范，于是就发生了上述的事情。
孙文和江英华的命运就这样被几个不知姓名的人改变了。我们在史料中并不能找到这些人的名字，他们无名无姓，可又无处不在，潜伏在大清基层官场的每一个角落，是大清的“窗口”，也是大清千千万万的“病源”之一。他们正在用实际行动为破坏大清的肌体作出自己的贡献，也即将为大清最后的灭亡献出自己的力量。
远在北京的李鸿章并不清楚这里发生的一切。由于孙文和江英华并没有去北京报到，第二年（1893年），李鸿章在按原计划成立北洋医学堂之后，最终挑选了朝廷公派留学生屈永秋进行重点培养，直至任命他为北洋医学堂总办。十几年后光绪病危时，屈永秋还是最后留在光绪身边的医生之一。而如果没有当年两广总督衙门里的这个改变，李鸿章应该也会重用孙文和江英华，孙文也会如孙达成和孙眉所期望的那样，穿上朝服，戴上顶戴，威风八面，衣锦返乡，光宗耀祖。最后给光绪看病的，也许就是孙文，说不定他还会受到慈禧的赏识！
一切都已经从这里改变了。孙文没有去京城，但他总还得找一份用来谋生的工作。孙文选择了去澳门“创业”，开了一个医馆行医，当然，用的是临时行医执照。澳门地方小，西医的市场有限，来了一个用临时执照抢生意的，其他西医自然要对孙文进行排挤和歧视，这些人联合起来，破坏孙文的生意，把孙文赶出了澳门。
1893年，孙文不得不离开澳门，回到广州，开始第二次“创业”，拉上香港西医书院的校友陈少白共同开办“东西药局”。“东西药局”的意思是说，他的这个医馆既可以看西医，也可以看中医，只要有人上门就好。
惨淡经营了一年多，1894年1月底，大家突然发现：孙文不见了！正当大家焦急的时候，半个月后，孙文自己跑回来了，他手里拿着一沓稿纸。
原来，孙文回到了老家翠亨村闭门写作去了，但他写的并不是《如何搞好药局生意的下一步打算》。经过一年多的摸索，孙文知道那是徒劳的，西医在内地没市场；至于中医，老百姓们也不会来找他，只会去找白胡子老头。
孙文搞的是一个大动作，他写了一封给李鸿章的上书——《上李傅相书》！
上书，也就是通过影响政府实现个人的抱负，这是自古以来读书人最爱用的一种方式。上书的途径有两种，要么直接给皇帝上书，要么给跟自己有一定关系或者有权有势的大臣上书。在大清，只有一定级别的官员才能直接给皇帝上书，所以读书人一般不采取这种形式。像康有为那种坚持给皇帝上书的，也只能找大臣转奏了，而直接给朝中大臣们上书言事就方便多了。
这并不是孙文第一次上书，早在毕业的前两年（1890年），香山籍的官员郑藻如回老家休养时，孙文就写了一篇《上郑藻如书》，大声呼吁严禁鸦片、大兴农桑和重视教育，振兴和发展香山当地经济。当然，孙文也在上书中介绍了自己的情况，他说自己已经24岁，家里比较穷，既不能走科举考试博取功名，又没钱去捐个红顶子，但“不敢自弃于盛世”，所以欲以平生所学，写成这封上书，希望能够得到郑大人的推荐和重用。
郑藻如曾经在朝廷中提倡过严禁鸦片、改良农业，并亲自购买种子、蚕种散给香山的乡民，颇为朝野称道，所以，孙文的这封上书简直就是“投其所好”，但并没有得到郑藻如的什么回音，估计是没什么新意吧。四年之后，需要再次给李鸿章上书时，孙文已经有了经验，他的上书重点谈的还是那个在广东乃至大清的热点问题——禁烟问题。
当年林则徐虎门销烟之前，对于如何禁烟，朝廷里的意见并非一边倒，而是分成了两派。一派主张强力销烟，代表人物是林则徐等人，另一派却反对这种“简单粗暴”的销烟论，代表人物以太常寺少卿许乃济为首。许乃济等人看到了鸦片问题的实质：不管朝廷承不承认，朝廷最关心的其实并不是鸦片对老百姓们健康的损害，而是鸦片贸易带来的白银外流问题。鸦片贸易在大清不合法，但有巨大的需求，洋商们不会放弃这份利益，地方官员们也与洋商互相勾结，默许走私牟取私利；朝廷收不到税，造成大量白银外流。经济问题其实可以首先考虑使用经济的手段去解决，而不能只用一把火烧了那些鸦片了事。
所以，许乃济等人提出了一个大胆的观点：不如我们先把鸦片合法化，自种鸦片，自产自销，合理收税，以更好的质量和更低廉的价格先赶走洋货，同时教化和打击腐朽阶层，最后以立法禁烟。其实吸食鸦片在当时世界范围内基本都是合法的（后来才有立法禁毒），在别的国家吸鸦片的人不多，反而是在禁烟的大清有大批的人吸鸦片，这些人大部分为官僚阶层和八旗军，他们拿着高官厚禄却没有什么事干，自然就爱上了吃喝嫖赌抽，所以鸦片对大清之害其实根源并不在鸦片。许乃济等人的观点，就是把鸦片问题更多地看作是大清与洋人的贸易问题，以外部“商战”（贸易战）和内部反腐双管齐下，最后达到彻底禁烟的目的。
应该说，许乃济等人的观点具有很强的现实性，打开了另外一条思路，就连马克思后来都把许乃济称为“大清最有名的政治家之一”。但许大人直接揭开了朝廷的伤疤，暴露了官僚阶层大面积的腐朽。许大人也不想想，一向以“德化”示人的朝廷怎么可能允许鸦片合法化呢？朝廷要做的恰恰是要将国力贫弱、军队战斗力低下的根源通通都推到鸦片上，激起百姓们的民族情感，维护朝廷的地位和天朝的威严。
许乃济的观点被抛弃了，接下来的事情正是朝着许乃济担忧的方面发展的。林则徐销烟成功，但禁烟失败。之后的中英之战虽然被称为“鸦片战争”，但《南京条约》中却没有涉及鸦片问题的任何条款，双方是谈不拢的——西方国家追求“贸易自由化”，朝廷又始终不肯撕开面纱让鸦片合法化，即使再来一次“鸦片战争”也谈不拢。这等于是战争打了，条约也签了，大清的禁烟问题还是没有得到解决。
而到了1858年，为了解决镇压太平天国起义的军饷问题，朝廷一方面继续宣扬禁烟是大清的国策，一方面在私底下却开始对进口鸦片征税——这等于朝廷在事实上承认了鸦片进口的合法化。自此，林则徐以销烟方式的禁烟彻底失败了。
朝廷既然开了征税这道口子，大清很多地方闻风而动，开始“试行”许乃济当年提出的办法——种植和提炼国产鸦片。各地种植罂粟“蔚然成风”，田间地头盛开着大朵大朵的罂粟花，连成红色的花海，其壮观景象远远超过了黄色的油菜花海。就连销烟名士林则徐也转变思想，羞于谈销烟，开始支持国产鸦片。此时仅仅是虎门销烟过后的20年，大清的鸦片自己种，自己抽，后来还可以出口了（比如出口到当时的缅甸等国）。
对于国产鸦片，朝廷自然也是要征税的，可笑的是，就是以“禁烟”的名义来征税，税名叫作“土膏捐”。所谓“土”，是指烟土，也就是生鸦片，提炼出熟鸦片的原料，而“膏”也就是烟膏，指熟鸦片。也就是说，朝廷从原料到成品的环节都已经征税了，再加上鸦片的种植、运输、销售甚至吸食都可能都还要征税。“土膏捐”已经成为大清最重要的税源之一，那么反过来，真正的禁烟也就没什么指望的了，朝廷不会自断税源，也不会揭开“德化”的面纱。虽然不断宣传“鸦片有害”以激起民族气节，但为了“国富”，也是可以牺牲“民强”的。
既然大清的鸦片早已国产化了，为何一直没有把洋货赶出大清，最后实现当初许乃济希望的那样“自禁”呢？因为大清国产鸦片胜在数量，但弱在质量。毕竟烟土种出来之后，还要有精细的提炼技术才能得到烟膏，技术越精，提炼出的纯度越高，口感自然也就越好——而这就是孙文要上书李鸿章的原因。
在上书中，孙文说，他已经率领几家农户在香山试验自种罂粟，提炼出鸦片，口感和气味比东印度公司的洋鸦片还要好，去年冬天产了几斤，鸦片鬼争相购吸。因为销量好，所以农户们现在“户户欲栽”“群相仿效”，因此建议李大人给予支持和推广，在大清各省设立农师学堂和农艺博览会作为推广机构，让质量更好的国产鸦片彻底打败洋烟，最终达到“自禁”的目的。
看来，年轻的孙文是许乃济思想的追随者，他相信李鸿章也是。他说他已经掌握了打败洋烟的技术，描述的过程难免有些吹牛，不过孙文也并非信口开河，他确实是有这些方面的专业知识的。
首先，种植罂粟涉及农艺知识。而孙眉就是农场主，孙文曾经在那里受到影响。他还曾经从檀香山带回了热带植物酸子树的种子，种在翠亨村里他家的旁边。翠亨村并不是热带，但孙文把酸子树栽种成活了，这是孙文在农艺领域的第一次尝试。
然后，鸦片需要用化学方法从罂粟中提炼出来。在西方科学领域，化学和医学是姊妹科学，甚至鸦片本身也被称作“药膏”，也算是“药”的一种，它的提炼和西医制药在程序和原理上是一致的。作为西医书院的毕业生，孙文能够掌握这些方法也就并不奇怪了。事实上，孙文还具备配制炸药的能力，这一点他也曾经在翠亨村试验过，引爆时把村口高大的石匾都给震裂了。
用我们现在的话来说，孙文这篇上书就是以禁烟为中心，向李鸿章大人来“跑项目”，希望得到李鸿章在政策或者资金上的支持。在过去很多的书中，一谈到这篇上书，很容易被文章大部分夸夸其谈的内容所吸引，而忽视了文章末尾讲禁烟的这三小段。很显然，“人尽其才，地尽其利，物尽其用，货畅其流”的夸夸其谈并不是孙文上书的重点，向李鸿章“跑项目”才是。而接下来的事情表明，孙文的背后还站着一个人，一个支持他向李鸿章“跑项目”的人。
他就是即将以一本《盛世危言》而名震天下的香山籍买办郑观应。