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朱元璋之所以能够推翻元朝，建立明朝，主要是他善于用人，广招人才。他手下聚集了一大批谋士战将，这些人对他忠心耿耿，屡建奇功，可以说都是开国建朝的功臣。
按理说，朱元璋做了明朝皇帝以后，对这些功臣应该论功行赏，使之各得其所。但是他却对帮助他开国的功臣一百个不放心，猜疑心越来越重。为了防止这些功臣谋反，他专门设立了一个叫“锦衣卫”的特务机构。这个机构的任务就是专门侦察和监视大臣的活动。不论大臣们在哪里有什么活动，锦衣卫都报告朱元璋，因此，朱元璋对每个大臣的一言一行都了解得一清二楚。如果谁被怀疑有什么不轨行为，立即就会被打入监牢，甚至有被砍头的危险。
朱元璋对待朝廷官员极其严酷，大臣上朝的时候，稍不留意，让他看着不顺眼，就会被当场按在地上打板子，这叫“廷杖”。有的被打得皮开肉绽，有的被当场打死，使得上下官员提心吊胆过日子。每天上朝前，那些大臣总是愁眉苦脸地向家人告别，也不知上朝以后，还能不能活着回来。如果能活着回来，家里人都要高兴一番。
1380年，锦衣卫告发开国功臣、当朝丞相胡惟庸谋反，明太祖立刻把胡惟庸推出午门斩首，并灭九族。同时大加追究，要将胡惟庸的同党统统扫灭。这样一来，凡是平时跟胡惟庸来往多一些的人都受到株连，全部被杀头，然后再满门抄斩，共杀掉一万五千多人。就这样，朱元璋还不放心，又将那些被怀疑是胡惟庸同党的朝廷文武官员全部杀了，造成了骇人听闻的宫廷大屠杀，历史上称为“胡惟庸案件”。
大学士宋濂是跟随明太祖朱元璋多年的老臣，明太祖本来十分器重他，其地位不亚于刘基，后来还当过太子朱标的老师。宋濂一向小心从事，忠心耿耿，生怕有得罪明太祖的地方。尽管这样，明太祖还是对他不放心。一天，宋濂约几个朋友在自己家小聚，吃了顿便宴。第二天一上朝，明太祖就问宋濂：“宋爱卿，你昨天请了哪些朋友呀？喝酒没有？准备了哪些菜呀？”宋濂不敢隐瞒，如实回答了明太祖。明太祖夸赞说：“嗯，宋爱卿是个大忠臣，跟随我十九年了，从来没说过人家坏话，也不说假话，是个贤才呀！”
宋濂到六十八岁辞官不做，告老还乡，临走时，明太祖送他一匹锦缎，说：“好好留着，等你一百岁的时候，算我给你的祝寿衣。”
宋濂的孙子宋慎也是朝廷官员，胡惟庸案件发生后不久，有人告发宋慎是胡惟庸的同党，于是被明太祖砍了头。按照明朝的株连政策，是要满门抄斩的。此事牵连到宋濂，明太祖派兵到宋濂老家浙江金华，把宋濂抓到南京，也要把宋濂处死。
这事很快就被马皇后知道了，就去求见明太祖，为宋濂求情说：“不能杀宋濂，就是老百姓为孩子请个老师，还恭恭敬敬地对他，宋濂是皇帝家为太子请的老师，怎么能这样对待他呢？再说，宋老先生早已回到乡下了，他怎么会知道他孙子在京城里的事呢？”
明太祖听了火气更大，不听马皇后的劝解，说非杀了宋濂不可。当天，马皇后陪明太祖一道用餐，马皇后老是呆呆地坐在桌边，不吃也不喝。明太祖好生奇怪，往日从来没有这样，问马皇后是不是生病了。马皇后说：“我没生病，是因为宋老先生犯了死罪，我心里为他难过，正在为他祷告呢。”
因为马皇后跟明太祖是患难夫妻，明太祖向来都很尊重马皇后，听马皇后说得很有道理，自己也觉得感情上对不住宋濂，于是下令免了宋濂的死罪，充军到茂州。当时宋濂已经七十多岁了，哪里经得起这样的惊吓，再加上押往茂州一路上过度劳累，没到茂州就死了。宋濂死后，又过了十几年，又有人向明太祖告发，说老臣李善长跟胡惟庸关系密切，胡惟庸蓄意谋反，李善长都知道，却袖手旁观，不向皇上报告，犯了大逆不道罪。论功劳，李善长算是开国功臣；论关系，李善长是明太祖的亲家；论感情，明太祖最信任李善长，一直重用他，在开国封功臣的时候，明太祖曾赐给李善长两道免死铁券，就是李善长犯的罪再大也不可以处死的。这一次，明太祖却翻了脸，把已经七十多岁的李善长和他家男女老幼七十多口全部处死。
紧接着，明太祖怕胡惟庸的同党还没有肃清，又进行了一次大清查，结果凡被怀疑是胡惟庸同党的，一律满门抄斩。
此后，明太祖还是不放心那些大臣，就收回了他们的军政大权。取消了丞相职位，由皇帝直接管辖吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部；废除掌管军队的大都督府，分设左、中、右、前、后五个都督府，分散军权。打仗的时候由皇帝直接调动军队，一切权力都集中到皇帝手中。
胡惟庸案件平静后，过了三年，锦衣卫又向明太祖告发，说大将蓝玉谋反。明太祖杀了蓝玉后，又追查蓝玉同党。这样，又有一万五千余人因受株连惨遭杀害。
至此，明朝的功臣基本被铲除了，明太祖就成了历史上出了名的专制君主之一。