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董卓以清除宦官、保护皇帝为名，率兵进入京城，并将大将军何进原来管辖的兵马全部划归自己管理。掌握了兵权，就等于掌握了国家的命根子，董卓在一夜之间便由一个西凉刺史变成了朝廷权威最重的大臣，文武百官甚至连皇帝都要看董卓的眼色行事。
董卓进京之后，发现皇帝刘辩糊里糊涂的，没什么本事，而刘辩的弟弟陈留王刘协却聪明精干、气度不凡，董卓觉得应该让刘协来当皇帝，便和自己的心腹部下李儒商量这件事，李儒说：“目前，天下纷乱得很，朝廷里文武大臣中没个主心骨，您这个时候废掉刘辩，改立刘协当皇帝，有几个好处：第一可以看出朝中哪些人是真心拥护你，哪些人反对你，正好把那些反对你的人除掉，便牢牢地巩固了你在朝廷中的位置。第二，你立了陈留王当皇帝，陈留王一定感谢你的大恩大德，今后更加重用你，这叫一举多得，没有再好的事！”于是，董卓和李儒又商量好了具体行动方案，决定在第二天召集群臣开会，在会上宣布改立刘协当皇帝的事情，谁不听就杀掉谁。
文武大臣们听说董卓召集开会，谁也不敢不来，大家早早地就到齐了。董卓先请大家喝酒，喝了一会儿酒，董卓便宣布了自己的主张，征求大家的意见。文武百官乍一听董卓的话，都吓得发了呆，人们都在心里反对，可是都害怕董卓的势力，便闷着不作声，谁也不愿表态。荆州刺史丁原实在忍耐不住，挺身而出，指责董卓的行为是在造反，说：“现在的皇帝毫无过失，怎么能轻易地说废就废呢？你作为一个大臣，竟敢说出这种话，这是大逆不道！”
董卓大怒，拔剑要杀丁原，丁原也毫不示弱，要和董卓拼命。董卓的部将李儒看到丁原的干儿子吕布威风凛凛地站在丁原身后，知道吕布武艺超人，弄不好要吃亏，便劝住了董卓，双方停止了争斗，废立皇帝的事只得暂时放了下来。
董卓觉得，要想达到自己的目的，必须消灭一切反对自己的力量，当前的丁原和他的干儿子吕布便是第一块绊脚石，必须首先搬掉。他派吕布的同乡好友李肃带着大批金银珠宝和自己心爱的宝马——赤兔马去劝吕布投降。吕布是个势利小人，果然贪图名利，当天便杀了自己的干爹丁原，提着丁原的脑袋来投降董卓，又认董卓做了干爹。
董卓消灭了丁原，又得到了吕布这样一员大将，更加肆无忌惮（dàn），再次把废立皇帝的事情提了出来。
这一次，董卓还像上次那样，把文武百官集中起来，让他们喝酒议事，同时却让吕布率领一千多铁甲军，全副武装地站在大厅里，虎视眈眈地看着大家。然后，董卓一手按剑，高声说道：“当今皇帝愚蠢糊涂，不能管理国家，我要将他废掉，立陈留王刘协为皇帝，你们谁敢不同意，就地斩杀！”大臣们个个害怕，不敢反对，可袁绍偏偏不服，大声反对。董卓拔剑来杀袁绍，袁绍也拔剑要杀董卓，双方一时僵住了，李儒劝住了董卓。袁绍见大臣们都不敢支持自己，便愤怒地离开会议厅，把自己的官印丢了，单人独马跑到冀州（今河北柏乡一带）去了。
袁绍一走，董卓指着袁绍的叔父、太傅（太子的老师）袁隗（wěi）说：“你侄儿无礼，我看在你的面子上，不杀他！你说，皇帝该不该废？我做得对不对？”袁隗早已吓得全身发抖，忙不迭地表示同意，到会的文武大臣们见太傅都同意，自己还有什么话说，一起表示同意。第二天，董卓写了一份文表，在朝会上宣读一通，把刘辩赶进冷宫居住，让陈留王当了皇帝。不久又找了个罪名，把刘辩和他的母亲何太后一齐杀了。
董卓废了皇帝刘辩，又不明不白地把刘辩母子杀死，大臣们敢怒不敢言。袁绍乘机从冀州发兵来打董卓，并号令天下的英雄豪杰一起来帮助自己。当时有曹操、孙坚、公孙瓒、刘备等人一齐来帮助袁绍。董卓派吕布来与袁绍对抗，两军对垒，吕布吃了个败仗，董卓觉得再打下去对自己不利，决定将皇帝从洛阳迁移到长安（今西安），靠长安的地势来挡住袁绍的进攻。
董卓离开洛阳的时候，把洛阳城中有钱人家抢劫一空，还说他们是乱党，全部杀头，强迫洛阳城中老百姓和自己一齐到长安去。临行时，在洛阳城放了一把大火，把皇宫和民房全部烧光，又派吕布把皇帝家的坟墓挖开，将坟墓里的珠宝全部装上大车，据为己有，浩浩荡荡地往长安去了。