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有人认为，在第二次布匿战争期间，罗马人没有体现出“海军意识”，但事实上，他们曾精心调整过其海上战略，从而对迦太基人构成威胁。
第一次布匿战争之后，罗马人并没有放弃他们的舰队，但是他们不必像之前那样花费钱财建造更多的船只并配备船员。由于汉尼拔率军劫掠了意大利，只有一小部分人力被用于舰队，尤其是考虑到在第一次布匿战争中海军已损失了大半。当然，迦太基人在海上的威胁已不复存在。更重要的是，罗马人同时也在进行第一次马其顿战争（公元前215—公元前197），在这场战争中，他们的舰队在亚得里亚海和爱琴海上发挥了重要作用。罗马人于公元前229年开始卷入亚得里亚海的事务中，这是出于意大利商人的请求，这些商人在巴尔干半岛沿海地区总是遭到伊利里亚船只的骚扰。罗马派遣由200艘船组成的舰队远征伊利里亚，并迫使伊利里亚人保证，此后在利苏斯南部（今阿尔巴尼亚西北的莱什）航行的带有轻型武器的“楞波斯战船”（lembus）不得超过2艘。（这是一种单排桨或双排桨的桨帆船理论上，这种船适用于快速侦察和突然袭击，后来其他的海上强国也加以采用。）
在汉尼拔入侵意大利的前夕，战斗重新打响了。当时，法罗斯岛（今克罗地亚的赫瓦尔岛）的德米特里乌斯率领一支由楞波斯战船组成的舰队在爱琴海上发动了突然袭击。他被罗马人击败，逃往马其顿的腓力五世处，并鼓动他反对罗马。罗马人并没有指望从亚得里亚海获得大量的资源，但许多人还是能够获得少量的资源。公元前216年，罗马人以10艘战船击败了由100艘楞波斯战船组成的马其顿舰队。之后，罗马人派出50艘战船在他林敦与布林迪西之间的沿海地区巡航。罗马人也与埃托利亚同盟结盟，并提供了一支舰队，且有权获得同盟夺取的海上战略要地的任何动产，以及同盟中希腊城邦通过陆上战争夺取的领土。公元前205年，第一次马其顿战争结束，但仅仅5年之后，由于腓力五世威胁到包括雅典和罗德岛在内的希腊同盟，出于对其可能入侵意大利的担忧，罗马人再次投入战斗。一名执政官指出：“汉尼拔从萨贡托到达意大利花了4个月的时间，但如果换成腓力，他将从科林斯出发，4天后就能够到达。”
提图斯·昆克修斯·弗拉米尼努斯（Titus Quinctius Flamininus）率军前往伊利里亚，于公元前197年击溃了马其顿军队。腓力五世交出了全部的常规战舰（只保留了其中的5艘及1艘“十六人”战船），并将其卫戍部队从希腊周围撤走。弗拉米尼努斯堂皇地宣布希腊人是一个自由的民族，不久之后，这成为他们将要辩论的一个焦点。
在过渡时期，塞琉古王朝的安条克大帝已经穿过达达尼尔海峡对色雷斯行使主权，新来的罗马人对色雷斯的兴趣超过了对希腊或巴尔干半岛的兴趣。公元前192年，罗马人在德米特利亚斯城（位于埃维厄岛以北）登陆，这里的居民发现，“他们外表貌似直率，而实际上，每一件事都要经过罗马人同意”。
罗马人在塞莫皮莱击溃了安条克大帝的军队，但是经验迫使他们重估爱琴海世界及与其之间的关系。正如一位现代历史学家所说：“作为一个地缘政治体系的爱琴海地区和欧亚之间的希腊世界，其统一的必要性被极其清楚地揭示出来。”
后来，当罗马人的政治和文化影响从地中海东部的希腊化世界中被移除后，他们才明白了这一点。
被这种新的意识武装起来的“非洲征服者”西庇阿和他的弟弟，接受了声称在爱琴海拥有霸权的罗马的挑战。由于安条克大帝的舰队构成了实际的威胁，因此他们没有穿过爱琴海，而是率领军队北上前往达达尼尔海峡。罗马舰队由马尔库斯·利维乌斯（Marcus Livius）指挥，他从海上殖民地征募船员，尽管他们之前已免除了兵役。虽然规模较小，且船员不愿服役，但罗马海军的实力是连汉尼拔都认可的。汉尼拔向安条克大帝报告说，“罗马军队在海上的战斗力确实与其在陆地上的战斗力相当”。
罗马人及其盟友罗德岛击败了多支塞琉古舰队（包括由汉尼拔指挥的一支）的进攻，似乎证实了这一点。多次的失败使安条克大帝开始感到恐惧，正如古罗马历史学家李维（Livy）所说，“由于丧失了制海权，他开始怀疑自己保卫远方领地的能力了”。
安条克大帝从达达尼尔海峡撤军，西庇阿军团在没有遇到任何反抗的情况下穿过海峡进入亚洲。在最后一场陆地战役之后，罗马人结束了战争，并消除了塞琉古王国对伊奥尼亚的影响。此时，罗马称霸了整个爱琴海，在抵御东方的专制统治几个世纪之后，希腊人最终向西方的专制统治屈服了。
为了保持自身的优势，罗马人开始实行分治政策，第一批受害者之一就是其忠实的盟友罗德岛，其利益多次遭到侵害。第三次马其顿战争（公元前172—公元前167）之后，罗马将得洛斯岛转让给雅典，附加条件是得洛斯岛必须建造一个免税港口，这使罗德岛每年至少损失140塔兰特（约合3,500千克白银）。
更大的打击出现在第三次布匿战争（公元前149—公元前146）结束时，迦太基遭到毁灭，而它过去一直是罗德岛的一个重要贸易伙伴。迦太基人请求罗马人保护他们免受近邻努米底亚的袭击，但遭到拒绝；罗马人强迫其军队投降，并坚持要毁灭这座城市，将其居民向内地迁徙80斯塔德。巧合的是，柏拉图曾建议，为了确保免受海上贸易的不道德的影响，一座城市与大海之间应该保持的距离也是80斯塔德。这些要求是在战争开始前提出的，迦太基人拒绝了这些粗暴的要求，但是在外交和军事上对罗马长达半个世纪的屈服，已经导致他们的舰队人员不足且缺乏训练，装备也十分落后。然而，尽管在战前准备、武器和经验方面有着压倒性优势，罗马人仍花费3年时间才赢得了最后一次布匿战争的胜利。迦太基城最终落入西庇阿·埃米利安努斯（Scipio Aemilianus）之手，他听从了拥有清教徒式狂热的元老加图（Cato）的主战呼声。
加图在演说中提出“迦太基必须被摧毁”，长期以来一直在呼吁发动战争。
事实便是如此，因为迦太基是一个已经繁荣了7个多世纪的海上强国。
到公元前2世纪末，迦太基被击败，罗德岛被边缘化，没有什么外部势力能够威胁到罗马的地中海贸易，得洛斯岛上的自由港便是其中一个商业中心。公元前88年，得洛斯岛的繁荣被粉碎了。当时，本都国王米特里达梯六世（Mithridates VI）下令屠杀安纳托利亚和得洛斯岛上的10万名罗马人和意大利人。持续几十年的紧张关系达到顶峰，加上对罗马人在希腊和安纳托利亚统治的敌视，共同导致了第一次米特里达梯战争（公元前88—公元前63）的爆发。战争过程中涉及大量海上交战，但事实证明，这并没有加快战争的结束，因为罗马指挥官苏拉（Sulla）是在毫无舰队支持的情况下进入希腊的。结果，当苏拉包围雅典和比雷埃夫斯时，米特里达梯通过海路补充自己的兵力，正如雅典人在伯罗奔尼撒战争中所做的那样。当比雷埃夫斯港在公元前86年陷落时，“苏拉烧毁了比雷埃夫斯，因其给他带来的麻烦比雅典城更多，他对军火库、海军船坞及其他任何著名的建筑都没有手下留情”。
正是这些建筑使比雷埃夫斯港得以维持了4个世纪的繁荣。关于这些海战的详细记载十分缺乏，尽管我们付出了巨大的努力，仍只能获得模糊的了解。古罗马历史学家阿庇安（Appian）在对这些战争的总结中指出，“（米特里达梯）常常拥有超过400艘战船”。
尽管他率军在希腊登陆时拥有战船数量上的优势，却仍无法攻下当时仍是罗马盟友的罗德岛。米特里达梯不仅从本国和邻国抽调部队，而且获得了罗马将军塞多留（Sertorius）的支援，当时塞多留正在西班牙率军反对苏拉，他派遣一支部队经海路前往支援米特里达梯。享有盛誉的将军李锡尼·卢库鲁斯（Licinius Lucullus）吸取了苏拉的教训，事实上，也正是他救了苏拉。在第二次战争期间，虽然他长期在安纳托利亚的腹地行军，但他的成功很大程度上依赖于对黑海地区的锡诺普和阿马苏斯这两个港口的占领，因此当他在罗马庆祝胜利时，他的队伍中包括“110艘装有青铜尖嘴的战船”。