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公元前559年，新巴比伦帝国被阿契美尼德王朝（公元前550—公元前330）的建立者居鲁士大帝（Cyrus the Great）推翻。该王朝兴起于伊朗西南部一个名为“波西斯”（Persis）的部落，“波斯”（Persia）这一名称便来源于此。10年后，居鲁士成为伊朗北部的米底人的国王，到公元前525年，他征服了埃及、吕底亚及伊奥尼亚的希腊城邦，直到公元前499年，伊奥尼亚人才接受了波斯人的统治。当时，居鲁士的继承者大流士一世正准备远征纳克索斯岛，它是基克拉迪群岛中最大的岛屿，大概位于伊奥尼亚与伯罗奔尼撒半岛的中间。米利都召集其他伊奥尼亚城邦共同反抗波斯人的统治，但是希腊本土各城邦的反应并不积极。斯巴达是实力最强的城邦，派出了一艘三桨座战船调查情况。雅典和埃雷特里亚是仅有的两个提供实质性帮助的城邦，分别派出20艘和5艘战船。用希罗多德简短的总结来说就是，每一艘战船“对于希腊人和野蛮人而言都是罪恶的开端”。
雅典人穿过了爱琴海，进军到萨迪斯，并在仓皇撤退之前放火将其烧毁。伊奥尼亚人只有353艘三桨座战船，无法与拥有600艘战舰的波斯舰队抗衡。波斯人的舰队由腓尼基人、埃及人和卡帕多西亚人的三桨座战船组成，这支舰队曾经在公元前494年袭击过米利都。在一场发生在拉德岛附近的战役中，少数没有投降的米利都人的战船被摧毁或俘获，伊奥尼亚人的反抗实际上也宣告结束了。波斯人继续在达达尼尔海峡周边肃清残敌，征服了海峡两岸的多个希腊城市。尽管战事十分顺利，但由于萨迪斯被毁灭，大流士一世发誓要惩罚雅典人。“他命令一名仆人不断对自己说，‘主人，请记住雅典人’。无论大流士是坐着还是在进餐，仆人都要连说三遍。”
公元前491年，波斯人在大流士的女婿马铎尼斯（Mardonius）的指挥下第一次入侵希腊。马铎尼斯的军队在渡过达达尼尔海峡之后向南航行，决定拿下埃雷特里亚和雅典。军队在欧洲大陆登陆后，波斯舰队沿着海岸向南航行到阿陀斯半岛（阿克特半岛）附近令人生畏的海角。在这里，一场暴风雨造成300艘战船沉没，20,000名水手被淹死。波斯人在色雷斯也遇到了阻碍，尽管他们最终仍处于有利地位，但马铎尼斯决定回国。
波斯人继续追逐其最初的目标，面对有组织的抵抗一路势如破竹。雅典和埃伊那岛是长期的对手，已经交战达15年之久。当时，埃伊那岛人刚刚挫败了由雅典人和科林斯人组成的舰队。正是在这一背景下，大流士发动了第二次远征。希罗多德提供了一些关于波斯人“海军部队”的构成的信息，它包括“所有的战船以及从不同族群的臣民中征发而来的士兵，包括大流士在1年前从附庸国征募的运输马匹”，“600艘坚固的三桨座战船以及船上的军队向伊奥尼亚进发”。
这一次，波斯人直接穿过爱琴海，“可能是因为指挥官们对阿陀斯半岛周围的航道感到恐惧”。但是他们也有军事上和政治上的优势。在征服纳克索斯岛之后，波斯人在埃维厄岛登陆，准备袭击阿提卡。在距离雅典42千米的马拉松平原上，雅典人和普拉提亚人发起反击，俘获了7艘敌船。波斯人重新进行部署，试图由海路攻击雅典，但当时他们的船只在法勒隆海滩搁浅，而雅典军队已经从陆路返回，波斯人便撤退了。
大流士策划了对希腊新一轮的入侵，但是由于在埃及发生的起义和围绕继承人问题的争论（最终以他的儿子薛西斯的胜利而告终）而被迫推迟。在薛西斯镇压了埃及的起义之后，他的顾问们（包括生活在帝国都城苏萨的被流放的雅典人）鼓动他重新向雅典发动战争。薛西斯的叔叔阿尔达班（Artabanus）指出，国内的主战派低估了希腊人抵抗的能力和决心，但薛西斯不顾劝告，集结了一支由1,207艘三桨座战船和1,800艘运输船组成的军队。与往常一样，驾船工作大多是由腓尼基人、埃及人、伊奥尼亚人和希腊内陆人负责的。希腊内陆人更愿意同世界上最强的帝国结盟，以打击与他们相争的同族。人们估计，为波斯人战斗的希腊人可能与反抗入侵的希腊人数量相当。
舰队的规模证实了阿尔达班的忧虑，即波斯最强大的敌人并不是希腊，而是海洋或陆地。“因此，就我所知，没有足够大的港口能够容纳我们的舰队，使之在暴风雨到来的时候获得保护。实际上，这样的港口只有一个也是不够的，而是必须有许多个，我们可以由此起航。但是连一个也没有。”
阿尔达班出色地完成了后勤准备工作，包括物资、战马和牲畜的调配以及两项巨大的工程。其中之一是在达达尼尔海峡用船只搭建起2座桥（完成于公元前480年5月），以便军队能够从亚洲前往欧洲。
由于水流的速度至少有4节，因此在达达尼尔海峡用船建造一座桥是一项相当巨大的工程，不过这种想法倒并不新鲜。大流士在公元前512年攻打斯基泰人期间，便曾在达达尼尔海峡与多瑙河之间架起了一座桥。薛西斯的桥是由抛锚在达达尼尔海峡的三桨座战船和五十桨帆船组成的，根据希罗多德的描述，桥的北部由360艘三桨座战船和五十桨帆船组成，桥的南面由314艘三桨座战船和五十桨帆船组成，由2根亚麻缆绳和4根纸莎草缆绳连接在一起，从海峡的一侧连接到对岸。完成之后，用船板将船与船之间连接起来，船的两侧用于安置马匹和牲畜，以免其在遇到水的时候受惊。
另一项雄心勃勃的事业，便是开凿一条穿过阿陀斯半岛的运河，以避免公元前491年的灾难再次发生。尽管希罗多德记录的真实性受到人们的怀疑，但是在20世纪90年代的考古发掘中发现了一条长2.5千米，宽约30米的沟渠，“宽度足以让2艘三桨座战船并排航行”。
希罗多德对这项工程十分不屑，并不是因为波斯人以此来寻求避开海上的危险，而是因为它是薛西斯炫耀权力的一种表现，“他想炫耀自己的权力，想留下一些能够被人们记住的东西”。希罗多德写道，“把船只运送到地峡旁的陆地上，这一点儿也不难”，就像在科林斯地峡所做的那样。
与此同时，雅典人也并没有闲着。在马拉松战役之后，重装步兵和主张进行海战的人之间产生了分歧。前者是在陆上作战的兵种，胜利自然归功于他们。而主张海战的最积极分子是地米斯托克利（Themistocles），他曾参加过马拉松战役，但他认为最好的防御方法是放弃雅典，在比雷埃夫斯寻求新的发达港口以避难，并建造一支强大的海军。准备以比雷埃夫斯作为防御据点的观点获得了一定的支持，但是当时缺乏建造一支舰队所需的资金，直到人们在劳利翁附近发现了丰富的银矿。尽管希腊人意识到薛西斯正在准备新一轮的入侵，但地米斯托克利却主张建造一支舰队来对抗埃伊那岛而非波斯，雅典与埃伊那岛之间再次处于交战状态。正如希罗多德所写道的：“这次（与埃伊那岛之间的）战争在那个时刻爆发，通过迫使雅典成为一个海上强国而拯救了希腊。”
这个计划在地米斯托克利和海军至上主义者的努力下得以顺利进行，雅典人在之后的3年中，每个月建造6～8艘三桨座战船。
巧合的是，在波斯第二次入侵的前一年，德尔斐神庙的神谕宣称，雅典最佳的防御在于其“木墙”，并称“神圣的萨拉米斯……将把死亡带给母亲的儿子们”。
雅典人在讨论这些话的含义时，地米斯托克利坚持认为“木墙”并不是指阿克罗波利斯周围的木制栅栏（这是最明显的解释），而是指雅典的三桨座战船，他坚持认为阿提卡正南方大岛屿上的“神圣的”萨拉米斯对希腊是有利的。地米斯托克利的观点在当时获得了支持，雅典人把妇女和儿童撤离到伯罗奔尼撒半岛，把成年男子和动产转移到萨拉米斯。雅典及其同盟（包括斯巴达、科林斯以及埃伊那岛）的成年男子被分派到战船上，其中半数战船航行到埃维厄岛北端的阿尔泰米斯翁。地米斯托克利建议先发制人，提前阻拦波斯人的舰队前往沿海的水道与其军队会合。他希望斯巴达能够守住阿尔泰米斯翁以西约65千米处的温泉关。8月中旬的2场暴风雨，使薛西斯舰队中大约三分之一的船只沉没。此后发生了2场战役，一场是由地米斯托克利发动的旨在试探波斯人实力和决心的小规模战役，另一场是波斯人袭击阿尔泰米斯翁的战役。第二场战役十分激烈，半数雅典船只受损（但并不严重），地米斯托克利在听说300名斯巴达战士在温泉关全军覆没后，命令希腊军队退守到萨拉米斯。由于波斯人向南转移，斯巴达人选择放弃阿提卡和萨拉米斯，以便集中力量在科林斯地峡一带保卫伯罗奔尼撒半岛。地米斯托克利指出，在萨罗尼克湾的公海上，实力更强的波斯舰队可以自由移动，敌人的优势会更明显。他同时宣称，如果伯罗奔尼撒人拒绝在萨拉米斯与敌人作战，雅典人将用200艘船载着他们的家眷，前往意大利的一处殖民地，剩下的人则只能依靠自己。
萨拉米斯海峡十分狭长且形状不规则，东边靠近受到普斯塔雷阿岛保护的地方。在通向萨拉米斯和内陆之间的依洛西斯湾之前，海峡的宽度只有大约0.5英里，而通向西边的“S”形的迈加利安海峡则更为狭窄。将希腊人拖入公海对于波斯人而言十分有利，但是薛西斯已经没有兴趣继续拖延这次远征了。除了一位大臣，其他所有的大臣都赞成立即展开攻击。这位反对者是哈利卡那索斯的统治者阿尔泰米西娅（Artemisia），她直率地建议继续忍耐。她的理由是，由于缺乏补给，且担心伯罗奔尼撒人的袭击，希腊各盟国很快就会瓦解。她也注意到，波斯军队的后勤依赖于海军。她相当有远见地劝告，“如果您匆忙发动一次海上军事行动，我担心您的舰队的失败可能也会祸及陆军”，但薛西斯并没有听从她的建议。
埃斯库罗斯（Aeschylus）是曾参加过萨拉米斯战役的一名老兵，他的悲剧《波斯人》（The Persians）是现存最早的以此次战役为题材的戏剧。根据他和希罗多德的描述，在战斗打响的前夜，一名希腊信差告诉波斯人，一些希腊人正打算从迈加利安海峡逃跑。庞大的波斯舰队停泊在普斯塔雷阿岛以东的海面上，为了拦截小股逃窜的敌人，波斯人派遣一支军队来守卫迈加利安海峡。在9月25日清晨太阳升起的时候，薛西斯和他的随从在陆地上眺望萨拉米斯海峡。当一支希腊军队进入依洛西斯湾的时候，薛西斯命令战舰提前驶入漏斗形的海峡，他认为希腊人正在逃往被封锁的迈加利安海峡，但当时腓尼基人和希腊人的舰队已经从萨拉米斯海峡出发。
随着排列整齐的波斯舰队驶入这个逐渐收窄的海峡，战斗全面打响了。当其他船只继续从普斯塔雷阿岛前往前线作战时，主力战舰却企图撤退。“希腊人的战舰正打算猛冲，把我们包围起来。”
这场战役的结局似乎早就注定了，但是战斗仍进行了一整天，几千名士兵连同他们的战舰一起被消灭，水手们大多死在自己的位置上，士兵们被从高层甲板上扔下来，掩埋在沉重的武器和盔甲中。落入水中的人没有获救，他们“像马鲛鱼等被捕获的鱼一样被击晕和屠杀，尸骨如同船桨碎片和船体残骸一般”。“所有的灾难，即便我能够详述，讲上10天也讲不完。”波斯人比希腊人更快地接受了自己的失败，希腊人急切地准备进行新一轮的攻击，但是在战斗结束2天之后，当他们知道波斯舰队已经在夜间放弃了帕勒隆时才醒悟过来。这场战役可能已使希腊人损失了40艘三桨座战船，大概剩下270艘，而波斯人在战争中损失了约200艘战船，其战船总数下降到250艘，与战争开始时相比已经大大减少。
由于阿尔泰米西娅曾经警告过，没有战舰就意味着失去了补给，于是薛西斯立即从阿提卡撤退了大批部队。
除了证明地米斯托克利的战略的正确性，萨拉米斯战役迫使波斯人转入守势，为希腊人赢得了难以攻破的爱琴海。战争的结束也宣告希腊进入了古典时代，这一时期与前古典时代既大不相同，又有相似之处。一群拥有共同的语言、宗教及文化观念的人们依然生活在包括今天的希腊、达达尼尔海峡、伊奥尼亚、黑海沿海的部分地区、西西里岛的大部分及意大利南部在内的广大地区。前古典时代的各种争斗造成了希腊政治上的分裂。然而，古典时代与之前的不同则是更为重要的。雅典可能使作为希腊最强大城邦的斯巴达显得稍逊一筹，但这两个城邦至少也是同样重要的。而且，雅典新近获得的权威来自其海军实力，雅典海军的规模、组织和已经被证明的战斗力，与之前任何地方的任何舰队都不同。地米斯托克利对德尔斐神谕的解释，不仅对雅典人和希腊世界，而且对此后直到今天的海洋史都产生了深刻的影响。根据修昔底德的描述，地米斯托克利相信，“如果雅典人成为一个航海民族，那么他们除了自己的权力还将获得一切优势”。
“实际上，正是他首次冒险告诉雅典人，他们的未来在于海上。因此，他马上开始为帝国的建立奠定基础。”于是，在历史上人们第一次可以想象一个辽阔而强大的帝国，通过没有中间商的远距离海上贸易获得财富，并凭借海军来保障其优势。