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肠道菌群是一个庞大复杂的生态系统，它占全身菌群总数80%左右，最新的研究成果显示肠道菌群包含有1000类菌种左右，其数量可以达到10 14 个，约为人体细胞总数的10倍，重约1.5kg。这些细菌在生长过程中产生的代谢产物，可以进入人体血液，对人体的营养、代谢和免疫都起着至关重要的作用。
在正常人体中，肠道菌群具有一定的组织结构。人体肠道菌群包括1000类左右的微生物，各种微生物的数量差别很悬殊：其中30～40种微生物占肠道菌群总数99%以上，其他的细菌则只占到很小的比例。根据不同的生理功能，这些微生物可被分为三大类：共生菌、条件致病菌和病原菌（也可分为有益菌、中性菌和有害菌）。
有益菌可以产生消炎、镇痛、抗氧化的物质，还可以合成维生素、氨基酸、丁酸盐等营养成分，对人体有滋润和保护作用；有害菌则可以产生神经毒素、致癌物质和游离抗原，进入血液后能够引起多种疾病；中性菌即具有双重作用的细菌，如大肠杆菌、肠球菌等，在正常情况下对健康有益，一旦增殖失控，或从肠道转移到身体其他部位，就可能出现不适症状甚至疾病。
肠道菌群作为一个特殊而且必需的人体“器官”，不仅与人体肠道消化有关，而且与人体健康息息相关。他们可以帮助机体代谢药物及外源复合物、合成维生素、抑制病原体的侵袭，抵御感染和自身免疫疾病的患病风险，影响免疫系统发育和大脑活动，甚至调控宿主的情绪行为，影响自闭症的发生。