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《灵枢·海论》指出：“夫十二经脉者，内属于府藏，外络于肢节。”经络是人体气血运行的通路，内联脏腑，外络肢节，纵横交错，遍布全身，经络中的经脉、经别与奇经八脉、十五络脉，纵横交错、入里出表、通上达下，联系人体各脏腑组织；经筋、皮部联系肢体筋肉皮肤；浮络和孙络联系人体各细微部分。这样通过经络的复杂联系沟通，将人体内外、表里、上下、前后，五脏六腑、四肢百骸、五官九窍、筋脉皮肉等各个部分，统一成为一个有机的整体，并保持其相对的协调，完成正常的生理活动，且与外界环境相适应。正如张景岳所说：“经脉者，脏腑之枝叶；脏腑者，经络之根本。”“经脉直行深伏，故为里而难见；络脉支横而浅，故在表而易见；络之别者为孙，孙者言其小也，愈小愈多矣。”这说明经络并不是一个简单的形态，而是一个各部门与各种功能之间的相互联系，经络的联络沟通作用，反映经络具有传导功能。体表感受病邪和各种刺激，可传导于脏腑；脏腑的生理功能失常，亦可传导于体表。这些都是经络作用所为。这种复杂的联系，也可以说是功能与形态的综合。
程氏认为，腧穴是人体脉气输注于体表的部位，是“脉气所发”“神气游行出入”之处。《素问·调经论》说：“夫十二经脉者，皆络三百六十五节，节有病，必被经脉，经脉之病，皆有虚实。”于此可知，经络有内脏与体表所具有的枢纽与传导的功能，绝大部分是通过腧穴而表达其作用的，腧穴所主治的病候，是根据经络的循行而论证的，这些腧穴根据其主治作用归纳于各条经络系统，成为针灸从外治内的必要途径。针灸治病是通过针刺和艾灸等刺激体表经络腧穴，以疏通经气，调节人体脏腑气血功能，从而达到治疗疾病的目的。腧穴的选取、针灸方法的选用是针灸治疗的两大关键，均依靠经络学说的指导。针灸临床通常根据经脉循行和主治特点进行循经取穴，如《四总穴歌》所载：“肚腹三里留，腰背委中求，头项寻列缺，面口合谷收。”就是循经取穴的具体体现。
肘膝关节以下的腧穴，分为井、荥、输、经、合五大类，并结合脏腑经络，各以五行所属，从“生我”与“我生”的概念中，运用虚则补其母，实则泻其子的论治规律。其具体用法，就是当某经出现虚证时，可补本经的母穴或母经的母穴，实证时，可泻本经的子穴或子经的子穴。如由于肾阴不足而致肝阳上亢，发生头痛、心悸、眩晕、耳鸣、眼花、腰痛、气短等症。这种上盛下虚的虚像，须用滋水涵木、育阴潜阳的方法。根据五输穴的临床应用，应补足少阴肾经本经的金穴复溜和母经手太阴肺经的金穴经渠（金生水），泻足厥阴肝经本经的子穴（火穴）行间和子经手少阴心经的子穴（火穴）少商（木生火）这种循经远取法，在脏腑发生病变时，均可根据五行生克的关系，随证选用。
十二经脉流注的次序是从手太阴注入手阳明，如此一脏一腑，一表一里循序传注或为经络由里及表、由表及里的始末循环。一旦疾病侵入人体，可通过经脉表里的关系而相互传变，所以在临证时，遇到里经有病，可配表经同治；表经有病，可配里经同治，这是针灸临床上普遍的应用的治法。
至于主客原络的配穴方法，虽然也属表里的范畴，但不是按表里两经随便配用，而是以原发病的经脉原穴为主，以相为表里的经脉的络穴为辅。例如，肺经先病，则取其原穴太渊为主，大肠经后病则取其络穴偏历为客。反之大肠经先病肺经后病，则先取大肠经的原穴合谷为主，手太阴肺经的络穴列缺为客。这种以原为主、以络为客的用法，也是针灸处方的基本法则之一。所以《灵枢·九针十二原》说：“五脏有疾，当取之十二原。”这些记载明确指出十二经原穴在治疗方面的应用价值。
经络是人体通内达外的一个联络系统，在生理功能失调时，又是病邪传注的途径，具有反映病候的特点。如在有些疾病的病理过程中，常可在经络循行通路上出现明显的压痛，或结节、条索状等反应物，以及相应的部位出现皮肤色泽、形态、温度等变化。通过望色、循经触摸反应物和按压等，可推断疾病的病理状况。
经络本身具有运行气血、营养全身以及抗御病邪、保卫机体的作用，《灵枢·本藏》指出：“经脉者，所以行血气而营阴阳，濡筋骨，利关节者也。”气血是人体生命活动的物质基础，全身各组织器官只有得到气血的营养才能完成正常的生理功能。经络是人体气血运行的通道，能将营养物质输送到全身各组织脏器，使脏腑组织得以营养，筋骨得以濡润，关节得以通利。营气行于脉中，卫气行于脉外。经络“行血气”而使营卫之气密布周身，在内和调于五脏、洒陈于六腑，在外抗御病邪，防止内侵。外邪侵犯人体由表及里，先从皮毛开始。卫气充实于络脉，络脉散布于全身、密布于皮部，当外邪侵犯机体时，卫气首当其冲发挥其抗御外邪、保卫机体的屏障作用。如《素问·缪刺论篇》所说：“夫邪客于形也，必先舍于皮毛，留而不去，入舍于孙脉，留而不去，入舍于络脉，留而不去，入舍于经脉，内连五脏，散于肠胃。”这里讲的辨证归经，是指通过辨析患者的症状、体征以及相关部位发生的病理变化，以确定疾病所在的经脉。辨证归经在经络学说指导下进行。如头痛一证，痛在前额者多与阳明经有关，痛在两侧者多与少阳经有关，痛在后项者多与太阳经有关，痛在巅顶者多与督脉、足厥阴经有关。这是根据头部经脉分布特点辨证归经。临床上还可根据所出现的证候，结合其所联系的脏腑，进行辨证归经。如咳嗽、鼻流清涕、胸闷，或胸外上方，上肢内侧前缘疼痛等，与手太阴肺经有关；脘腹胀满、胁肋疼痛、食欲缺乏、嗳气吞酸等，与足阳明胃经和足厥阴肝经有关。