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德川家茂的死对孝明天皇的打击很大。他非常喜欢这个朋友，一度相信他们能够合力实现公武合体的理想。假如天皇能够忘掉这个理想并接受王政复古的新理想，那他无疑会幸运一些。届时不仅有大多数公卿的支持，还有武士阶层的支持，但他却拒绝放弃自己的旧理念。令周围的人恼火抓狂的是，天皇非常固执，然而严格说来，他的极度不愿改变只是保守主义者的表现：每一次的让步都使他感到痛苦和懊悔。在幕府军队征讨长州失败之后，天皇处于一个令人啼笑皆非的地位：一些人试图使他成为日本无可争议的统治者，而为了对抗这些人，他使尽了一切办法。
1866年10月8日，就在德川庆喜宣布中止长州征伐后不久，二十二名公卿向朝廷递交了一份请愿书，要求觐见天皇。他们说，在这个国家危难的时刻，他们想向天皇表达自己的衷心。这些公卿由中御门经之（1820—1891）和大原重德（1801—1879）领头，幕后操纵者是岩仓具视。
1862年，岩仓由于涉嫌与幕府合谋将和宫下嫁到江户去而遭到弹劾，之后便被迫在京都之外过起了隐居生活。然而他是个天生的阴谋家，不用多长时间便和以前的熟人恢复了联系。经常有人来拜访他，特别是那些攘夷派，他们给他带来了最新的消息。
正亲町三条实爱在御前会议上反对继续进行长州征伐，其大胆立场给岩仓留下了深刻印象，他萌发一个念头，让公卿集体向天皇请愿，从而加强自己一方的力量，动摇孝明对幕府一如既往的支持态度。
岩仓强烈支持萨摩藩提出的停止长州征伐的建议。他延续建议书中改造宫廷的观点，起草了一份创立宫廷内阁的计划作为公卿提案的草案。计划主要有三点，首先要求朝廷将二条齐敬等反对派清理出去，包括朝彦亲王、德川庆喜和松平容保；接着允许那些暂时被迫隐居的公卿回到朝廷；最后重新任命近卫忠熙为关白。这些（以及其他的）“谏奏”的最终目的是为了实现王政复古。他们想在将军刚死，幕府内部混乱的状态下一举实现这一目的。
作为回应，天皇和关白二条齐敬、朝彦亲王等高官一起接见了这些请愿的公卿。大原重德是一名年长的朝臣，他站出来向天皇提出了公卿的集体请求。大原要求按照初步方案，由宫廷迅速召集各藩大名听取天皇的命令。这种方式将绕过幕府。接着，大原提出的三个要求，和岩仓的并不完全一样：恢复那些因政治事件而被关押或者判处幽禁的公卿自由；解散征讨长州的军队；重组朝廷的议事机构。
大原的话听起来很刺耳，一方面是因为他是有名的硬汉，另一方面是因为他已经六十五岁了，可能觉得自己已经没什么好失去的了。不管怎么说，这种勇气在日本宫廷可不多见。
孝明的回应可想而知：“上作色曰：‘汝等所奏之言，只琐琐之事。’”他诘问到，集体上书的公卿口中的“国家之大事”指的是什么？前年冬天，发生“条约敕许”问题时才真正是关系“国家之安危”的大事。“汝等若果有忧国之念”，那个时候正该“献忠言”。然而你们“不知该事可为”，到现在“猝然结党来迫”，除了是“不敬”还是什么？
脾气温和的关白向天皇道歉，解释说，大原是因为“忧国之心至切”才做出这番请愿。除了深深担忧国家，一个人还有什么理由如此直言呢？二条齐敬最后下结论说，失政之责在他，身为公卿最高位的关白，他本人难辞其咎。
对此，大原表示关白并没有错，但是当朝彦亲王和二条齐敬一样，为自己未能做好辅弼之任而道歉时，大原却转身对他说：“殿下宜负罪引退，以谢天下。”
接着他表示，如果得到关于此事的答复，他会立刻退下。天皇回答说几天后他将和大原单独谈谈。孝明显然并不打算再举行一次全体会议。朝彦亲王建议留住大原，让他说出全部的想法，但是天皇说他需要时间来考虑这三条提议。他令进谏的公卿到侧房等，和朝彦亲王等人商议之后，同意于10月11日召集大名，让他们和大原见面。凌晨2点，仍在等候答复的二十二名公卿听到这个消息之后，各自回家了。
或许我们应该看到，岩仓具视是那天发生的事件后面的推手。他认为只要二条齐敬和朝彦亲王还在朝廷，王政复古就无法实现。在试图除去这两个人时，岩仓利用了大原，但是他仍不得不与天皇抗争。10月12日，受到公卿弹劾的二条齐敬以生病为由辞职。天皇拒绝接受他的请辞。朝彦亲王也表达了辞职的愿望，说自己无法胜任肩负的重任，但是天皇安抚了生气的亲王，并说服他留了下来。这些举措暂时中止了进一步的行动，因为对二条齐敬和朝彦的任何指控都会被视为对天皇本人的攻击。
10月15日，二十四位大名收到敕命，要求他们参加有天皇出席的国事讨论。到了11月，只有三位大名（加上另外两位的嗣子）来到京都，其他人都以身体不适为由缺席了会议。鉴于大家的热情如此之低，这次会议并无下文。
11月25日，天皇发布了处罚中御门经之、大原重德和请愿的其他二十二名公卿的敕令，谴责他们犯了欺君之罪。中御门和大原被要求在家禁闭，其他人则被勒令不准上朝。正亲町三条实爱由于有协助那些遭禁闭的公卿的嫌疑，同样被要求在家禁闭。天皇希望通过这些方法，扼杀那些反对自己政策的公卿。
1867年1月10日，天皇授予德川庆喜“攘夷大将军”的称号，以表示自己依然坚定地支持公武合体的理念。这是他在位时颁布的最后几个法令之一。一个星期后的1月16日，天皇连日不舒服，但还是在内殿观看了神乐舞蹈的表演。太医诊断是感冒，虽然建议不要参加，但天皇仍抱病参加仪式，然而表演结束之前，天皇感到极为难受，提前离场。此后他的病情加重。两天后，天皇发高烧并卧床不起。1月20日，太医宣布天皇得了天花。经过调查，发现一个名为藤丸的侍从曾经得过天花，但是经过长时间的治疗已经康复。1月15日，藤丸又开始在宫里露面，人们怀疑天皇是被他传染。
根据天皇的儿时的朋友、朝臣东久世通禧的说法，孝明的身体一向健康强壮，从未生过病。
也许在那些熟悉孝明的人看来，他不太可能生病。直到今天，学者们仍然意见分歧，一些人认为孝明死于天花，一些人认为他死于中毒。没有人怀疑他得了天花这个事实，然而奇怪的是，源头竟是一个已经康复且被认为不再具有传染力的男孩。而且宫里只有天皇一人染上这种病，而是他和藤丸只有偶尔的接触。关于只活了三十六岁的天皇的死因，坊间流传着几种神秘的说法。
从那些服侍过他的人，包括睦仁亲王的外祖父中山忠能和母亲中山庆子所写的信件和日记中，我们可以追踪孝明染病的经过。天皇在观看神乐表演时首次病倒，第二天就发起高烧，并开始出现神志昏迷、失眠、食欲不振。1月20日，天皇手上开始出现斑点，第二天斑点蔓延到脸上。太医诊断为天花，这个结果得到了十五名医生的签名认可。
天皇的病情变化正常，有几天他只能喝几口热水，但是之后情况明显好转，他一天天地好起来。1月24日的官方记录里写天皇得的是极轻的天花。
看起来他快要完全康复，情况可喜，而受命为他诵了十七天经的湛海和尚也被允许回到寺里。
27日，为了庆祝天皇康复，宫内甚至计划举办一个宴会，然而1月30日天皇的病情突然恶化，出现严重的呕吐和腹泻。各种记录都提到那天孝明脸上出现了紫色的斑点，而且“九孔”流血。不久他就在极度痛苦中咽气。
到这时为止，所有的记录都保持一致，但他的死亡被隐瞒了几天，而且就在他看似已经脱离了危险时，病情却出人意料地急转直下，不久就有谣言说他死于砒霜中毒。这些谣言一直存在，并使人们煞费苦心地研究死于中毒和死于天花的症状有何不同。从1月31日起，官方记录中有关他的病情的记录便一片空白，一些学者猜测有人故意抹去了相关的事实。即使在当时，宫里也有人怀疑太医的诊断过于乐观。公卿山科言成在日记中写道，他听说天皇1月24日那天遭受了极大的痛苦，病情已经扩展到身体的其他部位，尽管官方宣布他的情况正在好转。
天花在当时的日本并不少见，但是那种特别严重的、几乎致命的类型（名为出血脓包天花或者出血性天花）
要罕见得多。而且，那种最危险的天花和砒霜中毒的症状很相似，这促使一些学者一步步地追查孝明的发病过程（根据当时的文件记录）与砒霜中毒症状（根据医书中的记录）之间的相似之处。即使在首次可以自由讨论这类问题的1945年之前，已经有学者认为孝明是被毒杀的。
这种谣言可以追溯到欧内斯特·萨道义（Ernest Satow）爵士，他在大部分写于1885—1887年之间的《明治维新亲历记》（
A Diplomat in Japan
）一书中回忆道，1867年2月——孝明死后没有多少天——在兵库港，我遇到了几名当地的商人，他们对港口即将开放有着浓厚的兴趣，并讨论了适合建立外国人居住区的几处地点。他们还告诉我刚刚公布的皇帝驾崩的消息。坊间说他死于天花，但是几年后，一名熟知内幕消息的人郑重地告诉我皇帝是被毒死的。天皇坚决反对向外国人做出任何让步，一些人预见到幕府垮台后宫廷将不得不与西方列强直接联系，于是除掉了这个拦路虎。如果皇帝过于保守，一切都将变得非常困难，很可能会导致战争。在东方国家，人们经常将重要人物的死归咎于毒药，上一任将军据说就是被一桥庆喜
的门徒干掉的。关于天皇，我当时确实没有听到任何这类的谣言。他离开了政治舞台，留下一名十五六岁的男孩作为继任者，我们无法否认，他死得恰是时候。
萨道义的文章清楚地表明为什么这么多年来学者会被这种学说所吸引：人们认为在一个如此保守的君主统治之下，某个人或某些人对国家的进展感到绝望，于是决定毒死孝明。显然，正如萨道义所说的，如果孝明继续碍手碍脚，对那些试图推翻幕府并在日本建立新政府的人来说，他们的行动将会面临更大的困难，甚至可能无法实现。他的继任者，一个十五岁大的男孩，则是另外一回事。一些明治维新的领导者认为他是块“宝玉”，即让他们的革命计划得以实现的宝。学者们认真考虑过这个事实之后，觉得天皇在年富力强的时候突然死去真是太巧合了，很难让人不怀疑他的死因。对他们来说，这不可能是个偶然事件。
但如果孝明是被毒死的，那么问题在于是谁干的，又是怎么做到的？祢津正志是最直言不讳地支持谋杀论的学者，他认为是那些收了幕府贿赂并促成和宫下嫁的公卿下的毒，包括关白九条尚忠、内大臣久我建通、岩仓具视和千种有文。
这些人教唆一名宫女下了毒。
岩仓具视被认为是最可能的下毒者。有一种说法是岩仓知道孝明在斟酌字句时有舔毛笔的习惯，于是在天皇发病前一天，把两支将呈给天皇的新毛笔都涂上毒药。
但是这个说法和天皇发病过程中的其他细节相抵触。假如他的病起源于效果直接而可怕的毒药，那么他不会慢慢地出现天花的症状，也不会在几天后病情似乎出现了转机。这个说法显然难以成立。
更为普遍的一种说法认为是岩仓的妹妹堀河纪子下的毒，但她在1863年就已经出家，再也没有回到宫中，因此不太可能有机会进入孝明的病房。还有其他一些宫女也被认为是凶手，但是目前还不清楚为什么只有女人可以给他下毒。
岩仓是下毒的幕后黑手的猜想无疑源于他阴谋家的名声，
然而除此之外，并没有证据显示是他策划了这次谋杀或者孝明的死对他极有利。实际上，他自信能操纵天皇，但同时认为天皇是至高的权威，是宫廷改革绝对关键的人物。据说岩仓在听到孝明的死讯时，第一个想法就是：“吾事已终！”并打算遁世隐居。
原口清是“病死说”的主要支持者，他努力想证明孝明这个时候死去对岩仓没有好处。
原口认真检查了当时的文件记录（其中一些被谋杀论者用到）中所有有关孝明发病的症状，并与1946年名古屋天花大流行（将近一万八千人受到感染）时观察到的症状相比较。
他的结论是孝明死于疾病。因此，没有人下毒，也没有人策划这起事件。除非当局批准我们检查孝明的骸骨是否残留有砒霜，否则我们不可能知道真相。
天皇发病的初期，睦仁亲王每天都陪在父亲的病榻旁，也许是为了让父亲开心，他身穿鲜艳的衣服。但是当医生认为病源是天花时，孝明害怕传染，下令亲王在他康复前不要到病房来。不过，事实上睦仁接种过天花疫苗。很多年前，当亲王还住在外祖父家时，中山忠能就让荷兰医馆的医生给他接种。天皇在病榻上听到这个消息时，觉得无需担心传染睦仁，松了一口气。当然，孝明本人是拒绝打疫苗的。
也许因为孝明死得太突然，宫廷还没准备好葬礼，因此封锁天皇的死讯几天。这段时间，悲痛的睦仁亲王既不能悼念，也不能登基。践祚仪式有必要迅速完成，然而一个意想不到的问题却突然冒了出来：亲王还没有加元服，因此不知道他在践祚仪式上应该穿什么衣服。一名官员受命寻找先例，结果发现1779年登基的光格天皇践祚时穿着孩童的服饰。因此，践祚时睦仁梳着总角，穿着儿童样式的衣服。
父亲的突然去世对亲王肯定是个沉重打击，他的日常生活立刻发生了变化。他的服饰、食物，甚至连睡觉的地方都发生了变化，心里肯定感到不安。2月4日，天皇驾崩的消息终于公布，国家进入大丧。第二天，天皇的遗体入殓，亲王最后一次向父亲告别。
廷臣们认为葬礼应该符合古仪，命精通此事的户田忠至研究古时的葬礼。他汇报说，从中世开始，天皇的葬礼惯用火葬，山陵也只是在埋葬骨灰的地方立一个小石塔。然而，1654年后光明天皇驾崩时，举办了盛大的葬礼，名义上采取火葬的礼仪，但实际上进行了土葬。大家于是决定孝明也进行土葬，并且安葬在京都的泉涌寺里。
新天皇的践祚仪式在1867年2月13日举行。仪式出人意料地简单。下午4点天皇走出来，在紫宸殿的指定地方坐下。两名宫女已经将标志王权的剑和玉（草薙剑
、八尺琼勾玉）放在天皇座椅的右边。天皇命令前关白担任摄政，代自己行使职权。接着天皇退到内宫。摄政命人宣读天皇诏书，其中称公卿的权利与前朝相比并没有什么变化。将军家定的遗孀和德川庆喜的妻子都送上了贺礼，仍然在为丈夫家茂服丧的亲子内亲王的贺礼延后。
也许仪式上最高兴的人要数中山忠能了。他跟大约八百五十年前的藤原道长一样，为自己成为天皇的外祖父而开心不已。孝明天皇的死固然令其悲伤，但是可能开心的心情更强。他写了首和歌送给女儿中山庆子，以表达自己的心情：
悲痛，然而
在伤心之中
也有快乐
快乐源于
今天发生之事
年轻的天皇写了四十多首哀悼父亲的和歌，其中有三首提到天皇肩负的重任。他将短歌展示给中山忠能看，后者感动得老泪纵横。
不幸的是这些短歌都遗失了。但是从这时开始直到生命结束，诗歌几乎是明治天皇宣泄个人感情的唯一途径。