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时下，司法改革进行得如火如荼，刑事司法改革首先冲击的是我国司法和执法人员多年来形成的传统观念。因此，在研究和探讨司法改革趋势和走向的同时，恰当地调整和转变司法机关和司法人员的传统观念，也是摆在我国司法和执法人员面前一个不容回避的课题。否则，再好的制度也不会取得良好的效果。这是因为，那些完善的现代制度以及伴随而来的指导大纲、管理守则，本身是一些空白躯壳。如果一个国家的人民缺乏一种能赋予这些制度以真实生命力的广泛的现代心理基础，如果执行和运用着这些现代制度的人，自身还没有从心理、思想、态度和行为方式上都经历一个向现代化的转变，失败和畸形发展的悲剧是不可避免的。再完美的现代制度和管理方式，再先进的技术工艺，也会在一群传统人的手中变成废纸一堆。这种观念的转变不仅是司法改革取得成功的关键，恰恰也是一个社会走向法治社会的重要标志。具体说来，这种观念的转变主要表现在以下几个方面：
从社会分工的历史沿革来看，刑事司法制度的本源功能就是打击犯罪，因此，世界各国在相当长的历史时期内都把打击犯罪作为刑事司法制度的基本价值定位。然而，随着社会的发展和人类文明的进步，保护人权的观念越来越受到各国人民的重视，并相继在一些国家被确立为刑事司法活动的价值目标之一。毋庸讳言，受“大公无私”等强调社会利益的传统价值观念的影响，受“敌我矛盾”等阶级斗争的思维习惯的制约，我国的刑事司法制度一直偏重于满足打击犯罪的需要，而对犯罪嫌疑人和被告人权利的保护重视不够。然而，现代社会的司法活动应该崇尚公正与文明，人类社会的进步应该表现为对人权的尊重，因此，我国刑事司法改革的目标之一就是加强对犯罪嫌疑人和被告人权利的保护。
在刑事司法实践过程中重视人权保护的价值，就要求司法人员和侦查人员改变过去那些带有偏见的办案思路和习惯，不要再用对待“阶级敌人”的态度和手段去对待犯罪嫌疑人和被告人。司法机关尽管代表国家行使权力，但也应该尊重被追诉人的基本权利。当然，我们也要避免从一个极端走向另外一个极端。在我们努力纠正过去那种“只讲打击不讲人权”的司法观念时，也不能只片面强调保护被告人权利的重要性。因为，刑事司法系统还肩负着维护社会秩序和保护公众的生命财产安全的职能，还具有打击犯罪和预防犯罪的功能。换句话说，我们应该追求司法的文明，也应该重视在刑事司法活动中保护犯罪嫌疑人、被告人乃至法院判决有罪的犯人的合法权利，但是不能因此就忘记了刑事司法系统的根本任务还是打击犯罪和保护人民。
所谓司法的实体公正，即要求司法机关在审判裁决的结果中体现公平正义的精神。所谓司法的程序公正，即要求司法机关在审判活动的过程中坚持正当平等的原则。前者的要旨在于审判结果的正确性；后者的要旨在于审判过程的正当性。如果把司法系统看作一个工厂，那么，实体公正考察的是工厂生产出来的“产品”，而程序公正考察的是该“产品”的“生产工序”。虽然就一般情况而言，要保证“产品”质量就必须遵守科学合理的“生产工序”，而科学合理的“生产工序”也应该导致“产品”的合格，但是二者的考察指标毕竟不同。单纯就实体公正来说，无论采用什么“工序”进行生产，只要“产品”合格就是“公正”；而单纯就程序公正来说，无论“产品”质量如何，只要采用了科学合理的“生产工序”，就是“公正”。世界各国在确立其刑事司法制度时不得不就实体公正与程序公正的关系作出或明示或默示的界定和取舍。当然，各国的做法不尽相同，有时甚至大相径庭。一种极端的做法是片面追求实体公正，忽视程序公正。一言以蔽之，无论程序如何，无论手段如何，只要结论是公正的，就是司法公正。这曾经是大陆法系国家诉讼制度的传统之一，现在仍然是一些国家确立刑事司法制度的主导思想。另一种极端的做法是片面强调程序公正，甚至以牺牲实体公正为代价也在所不惜。这是在普通法系国家重视程序规则的司法传统基础上发展起来的，美国的司法制度堪称代表。由于司法文化传统的影响，“重实体轻程序”的思想观念至今仍然对我国的司法人员有着广泛的影响。因而在刑事司法制度的改革中，我们必须强调程序公正的重要性。
为什么要特别强调程序公正？
这是因为，坚持程序公正是实现实体公正的基础。也就是说，实体的公正总是与程序的公正联系在一起的。程序的公正加实体的正确才等于最终的公正，没有程序公正，即过程的正当性、过程的人道性，结果再正确也不具有正当性。就如刑讯逼供得来的判决可能是真确的，但是刑讯逼供手段的残酷性足以否定掉它实体的公平性。实体的公平应该建立在过程的公平基础上。这应该作为研究实体正义和程序正义的出发点。不要把它们割裂开来，一旦割裂开来，割裂开来的是实体的正确和程序的公平，但结果和实体的公正和程序的正义不能割裂开来。实践经验证明，单纯追求实体公正不仅会导致漠视甚至践踏诉讼参与者的正当权利，而且会导致司法公正观念的扭曲。因此，真相的发现不一定就是实体公正，真相不等于公正，公正是个伦理标准，是个价值判断。真相属于认识论范畴。认识论的范畴不考虑手段，手段只是它的附庸，它的保障，不会考虑手段的独立价值。从这个角度来说，真相不等于公平。爱丁堡大学的达夫教授指出，“实体的正确不等于实体的公平，实体的真相是认识论的概念。医生也要发现真相，诊断病人病情的真相，新闻记者调查新闻事件发现真相，历史学家考古也在发现真相，所有这些现象往往缺乏像法律里的真相的道德限制”。
程序正义的一个最关键的标准是控辩平等。控辩平等有三个要素，第一个必须有对等的机会，没有对等的机会就没有公平的对抗，这个问题在我国刑事诉讼中不是太大。但在有些时候也会产生问题，比如检察官的证据大都是书面的案卷材料，被告人口供、证人证言都是案卷材料，但是如果被告人拿一个证人证言过来，法官就未必会采纳。这实际上是控辩双方的程序不对等。
第二个有对抗的能力。正义是一张普洛米休斯的脸，反复不定，但有一个最后标准，天平倒向弱者，是在对等性上的最大的公平性。越是弱者越应该给他一定的特权，越是强者就应该附加其一定的义务，让过于强大的强者与过于弱小的弱者在一个天平上对话，如果没有一个理性的平等的对话机会，没有一个在平台上对话的机会，怎么才能公平呢？所以说天平倒向弱者，也是来自西方的一个长期理念，即“equality of arm”（平等武装）这样一个多少年来的正义标准。第三个要有平等的对抗效果，检察官对抗法官就听，辩护一方法官就不听，没有一个效果，也不能做到对等。
就检察改革来讲，为了实现控辩双方的完全平等，法学界有人主张实现“检察官当事人化”。在现行实体法中，检察官的法律地位是非当事人化的。在中国，检察机关在立法上被定位为国家的法律监督机关，这种检察权完全是与立法权、行政权及审判权相并立的国家公共权力。检察官在刑事诉讼中承担着双重职能，即法律监督职能和控诉职能。为了确保检察官充分发挥其职权效能，中国宪法和法律又同时赋予检察机关以立案权、侦查权、审查起诉权、提起和支持公诉权、不起诉权、撤案权、抗诉权、司法解释权、批捕权、采取各种强制措施权，并有权对刑事诉讼、民事诉讼、行政诉讼等进行全程监督，等等。因此，法律界不少人认为，这种检察官非当事人化，势必会影响刑事诉讼程序的公正性，并造成司法实践中的重重弊端。实际上，在笔者看来，公诉人的当事人化是一个具体的司法制度建构的问题。这里的问题实际涉及如何看待诉讼之中控辩双方的权利与权力地位。通常来说，主张检察官的当事人化，是基于诉讼制度的权利权力地位平等的思考。这种思考与民事诉讼制度中诉辩当事人平等地位的原理有着密切联系。在较为深度的层面上，这是意在强调国家权力和公民个人权利的地位平等，淡化国家权力在诉讼制度中的原有优势。应该说，为了限制国家权力的滥用，检察制度当事人化可能是有益的。这是在制度平台上建立一种公民社会权利与国家权力制约平衡的机制。在当下中国的语境中，尤其是国家权力历来都有至高无上的品格，我们可以理解，这种主张的社会政治意义远远超过了“检察官的当事人化可以有利于在诉讼制度运作的过程中查明案件事实真相”的意义。所以，如果追问这种当事人化是否合理，实际上是在追问用公民权利制约国家权力是否合理，追问在当下中国语境中进一步限制国家权力是否合理。但是，在强调公诉人的当事人化的情况下，也存在弱化一种国家权力对另外一种权力的制约的情形，比如对法院权力的制约。其实，如果担心检察权力的行使者可能滥用权力，就没有理由否认法院的审判可能会滥用权力。这样，检察官的当事人化实质上是在侧面加强了法院的权力，使法院权力出现滥用的可能。这就要求我们必须看到公权力当事人化的另外一方面的问题。如果没有办法可以防止法院权力的专制，也没有理由认为公诉人的当事人化更有可靠性，那么，法院权力绝对独立在专制问题上属于换汤不换药。我们并没有真正解决防止专制的问题。在笔者看来，最好的制度配置应该在权利与权利之间，在权利与权力之间，以及在权力与权力之间，都具有较好的相互制约的网络。从这个意义上看，公诉人的当事人化恐怕是有问题的。所以，真正的思考应该是在检察权力细节化的过程中，时刻不忘各方面的制约问题。
就司法证明方法而言，人类社会曾经有过两次重大的转变，第一次是从以“神证”为主的证明方法向以“人证”为主的证明方法的转变；第二次是从以“人证”为主的证明方法向以“物证”为主的证明方法的转变。与此相应，司法证明方法的历史发展也可以分为神证、人证、物证三个阶段。所谓“神证”，即“神示证据”的简称，是用一定形式邀请神灵帮助裁断案情，并且用一定方式把神灵的旨意显示出来，作为裁判的依据。“神证”的方法包括“神誓法”和“神判法”。“神誓法”，即面对神灵宣誓以证明案件事实的方法。“神判法”又称为“神明裁判法”，即通过让当事人接受某种肉体折磨或考验来证明案件事实的方法。在以人证为主的司法证明时期，当事人特别是刑事被告人的陈述无疑是最主要的证据。在刑事案件中，以获取被告人供述为主要目的的审讯问案法便很自然地成了司法证明的主要手段，而刑讯逼供的盛行也就成为一种历史的必然。在我国两千余年封建社会中，“刑讯逼供”“不打如何肯招”的观念根深蒂固，原因在于酷刑下的许多招供是真实的。屈打成招之下的“杨乃武与小白菜”的冤案终占少数，而酷刑下的迅速破案，迅速取证，迅速定罪的好处是将侦查成本大大降低。至于有多少冤案的产生，则在将来“平反昭雪”就可以了。因此，在两千年人治的中国社会中，在“口供中心主义”的定案指导思想下，动用肉刑作为破案定罪的重要方式，无论官员还是百姓都认为是“天经地义”、可接受的破案捷径，只要这“肉刑”不落到自己头上就好。可以说，中国古代的证据制度是以“人证”为中心的。纵观从夏朝建立到清朝覆灭这四千多年的历史，刑讯一直是获取被告人口供的法定手段，法律对刑讯的条件、方法、用具和程度往往有明确规定。当然，中国古代的司法人员也在司法实践中总结出“以五声听狱讼”和“钩距问案”等科学的“人证”调查方法。物证在司法活动中的应用和推广总是伴随着一定科学技术的产生和发展。物证虽然是客观存在的，但是并不能自己到法庭上去直接证明案件事实，必须借助于人的力量，必须由人来解释物证所反映的案件情况。换言之，物证需要人的解读，而解读物证往往需要一定的科学知识，所以，物证与科学技术之间的关系是密不可分的。在大多数情况下，物证离开了科学技术便无法发挥其证明作用。正是在这种意义上，我们又把物证及其相关的检验鉴定结论称为“科学证据”。在人类社会的历史进程中，各种物证技术在司法活动中的运用曾经长期处于随机使用和分散发展的状态。直到18世纪以后，与物证有关的科学技术才逐渐形成体系和规模，物证在司法证明活动中的作用也越来越重要起来。毫无疑问，19世纪是科学证明方法得到长足发展的时期。20世纪以来，为司法证明服务的科学技术的发展更是日新月异。人类的司法证明已经进入了以物证为主要内容的“科学证据”时代。在复杂纷繁的社会生活中，在日新月异的科学发展中，司法活动的对象也在不断提高其科技含量，司法活动的环境也在不断更新其科技内容，因此，要实现司法公正并提高司法效率，就必须依靠科学技术，就必须提高司法证明手段的科技水平。一言以蔽之，就要从以人证为主的司法证明转变为以物证为主的司法证明。然而，目前我国的一些侦查人员还习惯于依赖人证的侦查方法和手段，或者说在内心深处还残留着“人证情结”。在办案过程中，他们只知道“从人的嘴里要证据”，却不重视对各种物证的发现和提取。在一些案件中，犯罪现场本来留有许多物证，但是由于侦查人员对“人证”的偏爱，结果错失了提取物证的时机，错失了用合法证据证明案件事实的机会，导致案件虽已查明却不能证明，甚至导致冤假错案的发生。
公正和效率，是当今世界各国所普通关注的经济和社会问题，也是刑事诉讼程序改革的价值趋向或者说是目标模式。刑事诉讼法学中的许多重要的理论与实践问题最终都可归结于这两大问题：诉讼公正与诉讼效率。正如匈牙利学者阿尔培德·欧德所说的那样，“在我们当今的时代里，几乎所有刑事司法程序改革都有两个目标：一是发现实施一种迅速、简便和成功程序的新方式和新途径，换言之，使刑事诉讼活动的进行更有效率；二是确保诉讼参与人的权利，这与公正的要求密切联系”。从宏观上看，整个刑事诉讼无非是诉讼公正与诉讼效率的统一，诉讼效率也是实现诉讼公正的要求和手段。当然，这两者之间又时刻存在尖锐的矛盾。因此，如何在二者之间寻求一种平衡，协调公正与效率的关系就成为刑事审判程序改革必须面对的问题。我国传统的诉讼法学研究更多地关注了诉讼公正尤其是实体公正，而对诉讼效率的研究还处于初始阶段。对诉讼公正与诉讼效率之间的关系以及二者的协调问题，更是一片空白。因此，运用系统方法，从刑事诉讼的整体出发，对上述两大问题进行深入研究，不仅是我们司法观念更新的需要，也是发展我国的刑事诉讼法学所必需的。在处理公正与效率的关系方面，应当注意以下几个方面：第一，公正与效率是我们追求的两个目标，但两个目标不可同日而语，公正是诉讼制度追求的永恒主题，也是我们审判程序改革关注的主要目标。公平是第一目标，效率是兼顾的目标。司法这个制度始终是和正义如影相随的，离开了这一点岂不是本末倒置了呢？所以说正义是至高无上的标准。正如罗尔斯所说，离开了正义，这个社会再便利再方便再快捷也没有正当性。第二，在关注公正的同时不能忽视效率。关注效率是无可奈何的选择，人类无法不关注效率，如果人类资源是无穷无尽的，如果我们的案件数量是下降的而不是上升的，如果我们的人力物力是无休止的，那么我们当然愿意无休止地追求正义，但是人类有这种无可奈何，司法资源的有限性再加上案件数量的反复上升，像我们的刑事诉讼，案件数量的反复增长，居高不下，迫使我们追求效率，效率是不得已而为之，这是两害相权取其轻，无可奈何的选择，这是最基本的逻辑态度。
第三，公正与效率不能割裂，即使在简易程序中也要讲求最低的公正，比如说被告人的最后陈述权。再比如说，为充分保障被告人的诉讼权利，在庭审中，审判长应当讯问被告人是否同意适用简易化审理，并应告知其认罪可能导致的法律后果。确保简易程序的适用是被告人自由选择的结果，这是最低选择。如果被告人、辩护人中有任何一方不同意适用该审理方式，则不能适用。同时，适用简易程序审理过程中，如果公诉人或被告人、辩护人提出要求，可就案件的全部或部分恢复适用普通程序。所以我说，公正、正义与效率不是截然分开的。