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此时，明朝关外驻军的编制，同原来的卫所已大不相同。甚至内地军队，也由照例任职10到12年而不迁转的将领直接统辖。
中央的都督府已失去权威，变成纯粹的文书处理机构。旨在实现相互牵制与平衡的三司分权的地方军事制度，也被指派督察官员去“巡抚”某一地区的做法所取代。1550年后，这些巡抚又成了常设的地方长官。
巡抚之上又有总督军务，通常由文职大臣充任，但在其辖区内兼有财权和军权。
在沿边各地，这些总督又逐渐演变为地方最高长官。当关内军队不再由昔日的军户充任，而代之以募兵时，东北地区仍存在军户，其中许多人是来自山东和山西的移民，但此时他们已与辽东人大致同化了。
这些辽东军户或经商，或务农，但主要身份仍是军士，并逐渐发展为一种武人阶层。其将领皆父子相袭，朝廷的任命不过是例行程序；下级军官统领着由家丁组成的私人武装，又与其上级军官形成依附关系。朝廷在如何对待这些武人家族及其军队的问题上犹豫不决。有些大臣，像16世纪80年代的内阁首辅张居正，和17世纪初的辽东经略熊廷弼，认为稳定边防的唯一办法是承认甚至鼓励他们的存在和发展。
另一些大臣，尤其是都察院官员，则反对这种将导致权力分散的做法；明末国子学的官员还将他们比作唐末的军阀。
只要明朝不对东北作过多干预，辽东武人便依然忠于朝廷；但中央集权却因此而削弱了。当然，严格的文化归属观念——夷夏之辨——一直占优势；但随着时间的流逝，这些边地武人逐渐发现，夷狄部落的军事首领比明朝皇帝的文职大臣与他们更相投合。事实上，作为边民，他们已形成了自己的社会。
汉族边民与夷狄部落之间，并无明确界线，因而双方相互同化的现象是不可避免的。
明朝最早的卫所多由蒙古人组成。同样，1369年在甘肃被明军击溃的元朝军队中，也有汉族士兵。
直到16世纪，还常有汉人投奔蒙古，为其充当顾问，或从事外交活动。
嘉靖年间，投奔蒙古向阿勒坦汗寻求保护的白莲教徒便多达数万。
在东北，满族的前身女真人中也有许多汉人。
其中一部分自然是战俘，另一部分也可能是自愿归附满族的明军逃兵。
他们的同化，一方面反映了满族对接受其文化的外族人，包括居住在今朝鲜北边、西伯利亚和吉林省山林中的朝鲜人的接纳；
另一方面，可能也与辽东居民所固有的善战、强悍等独特品格有关。
他们使用满族姓名，遵从部落习俗，实际上已成为境外居民。他们超越了本民族文化的界线，终于失去了汉族的特征，在生活方式、语言、习俗和体格等方面，都更接近于满族人，而与其同胞相去较远。
由于失去了汉族特征，包括汉人姓名，人们很难在早期满族人中识别出这些境外居民。
有证据表明，能说流利的汉语和满语，负责为努尔哈赤处理同明朝、朝鲜的所有往来文书的达海（卒于1632年），就是一个境外居民家族的后裔。
还有迹象说明，在日后发展为八旗的满族军队中，有16个纯粹的汉人牛录。1623年，努尔哈赤下令，对1619年以前加入满族的汉人同其后加入满族的汉人要区别对待，前者应视同满人，这表明他们被满族生活方式所同化已达何等程度。努尔哈赤的此项决定还表明，在所有实际意义上，这些已被同化的汉人牛录都被视同于满族军队。
不过，16世纪末和17世纪初移民满族地区的汉人，大多未被吸收为满族部落成员，而是由战俘沦为奴隶。
在满族统治下的蒙、汉人中，被“收”为“民户”，从而与满族人处于同等社会地位者，和被“获”为“人畜”、并分赐将士充当奴隶者，处境大不相同。
后者被称为“包衣”，其经济功能大不一样。
其中一部分完全是满族人的家奴。另一部分则在努尔哈赤及其他满洲贵族自1596年创立的由庄头管理的拖克索（田庄）中从事耕作。
在满族的军事力量迅速增强的过程中，他们的最大贡献，或许就是促进了满族社会手工业和商业的进步。
在15世纪末，正是汉族和朝鲜的战俘向女真传授了用从内地和朝鲜偷运来的铁制造兵器的技术。
1599年以后，满族人甚至学会了开矿冶铁。
17世纪初，有数百名外族工匠在努尔哈赤的都城赫图阿拉制造弓箭、铁器和盔甲。
赫图阿拉城也是在汉族工匠的帮助下建造的。所用资金可能是用毛皮、宝石、人参等从内地和朝鲜换来的。汉族包衣在人参贸易中也起了特别重要的作用。17世纪初，人参加工技术有了新的进步，使人参贸易获得重大发展。
这些经济上的成就，使努尔哈赤在16世纪80年代及其以后东北城居各部落争夺军事霸权的斗争中，拥有了雄厚的经济实力。
当时，满族地区的霸主是哈达部首领，他控制着海西地区的一个部落联盟，其中著名的部落有叶赫、乌拉、辉发和浑河。哈达首领的权威得到明朝辽东总兵李成梁的承认，并被其授予都指挥使的头衔。海西以东的鸭绿江沿岸有另一群部落，当时多称为建州女真，他们也受哈达统辖，但不大顺服。16世纪80年代初，建州女真联合当地的其他小部落，试图摆脱哈达，并将矛头指向已同多数大部落一样转入城堡生活的叶赫。
李成梁注意到这一不安定迹象。1583年，他决定在一个名叫尼堪外兰（满语：意为“汉人外郎”）的明朝境外居民协助下，出兵干涉。