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卫所是明太祖称帝前在南京创建的，是明朝军队中最为重要的一部分。这种制度是模仿北魏隋唐的府兵制，又吸收元朝军制的某些内容而形成的，属于自给自足的军屯类型。
最初，每个军士受田15亩以维持生活。1365年，长江中游一些惨遭战火洗劫的地区被辟为军屯区，每个军士受田50亩，给耕牛农具，并免其田租徭役。这种制度，使各地卫所军士在明初25年中，每年都能生产约3亿公斤粮食，足以供养100万军队，从而使朝廷无须从国库按月拨发粮饷便能维持一支庞大的边防力量。
卫所军士皆由身份永远不变的世袭军户充任。卫所军官也世袭其职。这样，卫所制度一方面表现出朝廷有决定其臣民之身份的权力，同时也展示出封建化的巨大潜力。
世袭的军士会因其身份相同而形成牢固的个人联系，因此必须尽力防止将领与军士的关系过于紧密，并对整个军队组织加以严密的行政控制。各卫之事务由三司分掌：都指挥使掌兵，此外有布政使司和按察使司。所有军户的户籍皆由五军都督府管理，军队调动权则在兵部文职大臣手中。当卫所军队被征调作战时，其军士便脱离了卫所军官，由都督府指定的总兵官统领，而总兵官则向通常由朝廷大臣出任的统帅负责。
要使这种精心设计的自给自足的军事制度永久存在下去，必须维持世袭军户的素质和义务。但15世纪后期，意味着该制度走向衰败的不祥征兆却出现了。朝廷中某些贵戚官僚开始驱使军士建造寺庙和宫室。
不久，地方将领也把军士变为劳工，或向他们“卖闲”，每月交纳200钱就可免除军事训练。这样，卫所军官便成了有利可图的职位。于是，商贾子弟纷纷重金行贿，求得此职以饱私囊，或将家奴登入军籍，借此来贪污军饷。有些军官甚至割占军屯土地，强令手下军士像农奴一样为其耕种。
大量军士因得不到军饷又遭受如此剥削而极力摆脱军户身份。据史载，至16世纪初，一些卫所的逃亡军士已达其总数的80％，许多边地驻军也只剩下兵力的一半。
军官奉命出兵时，只好临时雇用矿工和盐工充数，或招募辽东、陕西的雇佣兵，而这些人与他们要去镇压的乱民常常出自同一社会阶层。
似乎是为了弥补兵员的损失，明末统治者越来越重视长城的修缮，或以砖石加固旧城，或在某些地段增修新城。
这种防御心理的形成，并不仅仅是由于卫所制度的衰落，它可上溯到明朝第三代皇帝成祖永乐时期。明成祖从其侄儿手中夺取皇位后，对拥兵驻守今关外之承德（热河）的兄弟宁王心怀疑惧。1403年他令宁王率部撤出承德，而将这一战略要地交给了曾支持他发动政变的蒙古兀良哈部
。同时，他还撤回了驻守河套北部的军队，并加修长城，将辽东、广宁和大同防线连为一体。
这等于将东胜一带拱手让给了北方民族，1462年——即明英宗在耻辱的“土木之变”中被蒙古瓦剌首领也先俘获后的第十三年——河套遂落入察哈尔部之手。
不过，明朝并非总是被动挨打。当它逐渐控制塞北的时候，以及1390年后在蒙古人基本停止了袭扰中原的近60年间，明军一度控制了直抵朝鲜边境的东北地区
。成祖曾亲率大军五次出塞；16世纪40年代，内阁首辅夏言又发动了驱逐蒙古、收复河套的战役
。1547年，三边总督曾铣一度将蒙古人赶出了河套；但次年鞑靼首领阿勒坦汗又入境侵扰，并于1550年兵临北京城下。
自此，人们对夏言的进攻之策丧失了信心。嘉靖朝臭名昭著的大臣严嵩，在置夏言于死地后改取守势；1570年，张居正（万历时升任内阁首辅）又以封王和开放边市贸易为手段，对阿勒坦汗进行安抚。
这种策略也不是无懈可击。
有人曾指责张居正，说他声称自己对阿勒坦汗采取的措施有利于中夏，是“虚辞以欺君父”；说今日把中华之丝绸绮绣变成了夷狄的日常服装，名为互市，实为姑息养奸。边防的筹划者以贸易特权贿买夷狄，夷狄反过来却用兵威敲诈我们。
严嵩则被人们视为奸臣的典型，常与李林甫（勾结鞑靼出卖朝廷的唐朝大臣）、秦桧（1141年出卖爱国将领岳飞的宋朝大臣）相提并论。
然而，对北方部落所实行的这种“羁縻”政策，有力地促进了边地驻军的膨胀，从而使明朝的军费负担因卫所制度的衰落而比以往更加沉重。尽管世袭军户日渐减少，军官数量却不断增加。14世纪末，京师驻军只有大约2700名军官，到15世纪中增至3000名，除禄米外，每年还要领取饷银48万两。此类开支在不断增长。到16世纪末，正规军已达120万人，仅基本开支——如果全额供给的话——就需白银2000万两。其中一部分被用来征招募兵，以弥补世袭军士之不足。募兵每人每年的饷银为18两，若在边地则外加5两，其家庭也可得到一份津贴。1492年，明朝颁行开中制度，鼓励商人运粮至边防，换取盐引回内地兑盐经营。但这一制度1500年后便逐渐废止，致使边地米价迅速上涨，每担（60公斤）值银5两。
边地所需军饷当然也要随之增加：1500年为5万两，1573年增至280万两，1586年又增至360万两。
这项庞大开支需由太仓府库支付。16世纪80年代，地方每年向太仓纳银，其白银储备通常能保持600万两。但由于边地军饷不断增加，16世纪末为征讨鞑靼、平定西南土著叛乱和帮助朝鲜抗击倭寇，又花去1200万两，太仓储银也很快消耗殆尽。至1618年，太仓储银只剩下了12万两。就在这一年，后金大败明军，攻占了抚顺，明神宗不得不解开私囊，来填补兵部的50万两赤字。
（当时东御府储银仍有300多万两。）
为应付这些不断增长的开支，明朝又开始加派赋税。1619年，加派辽饷，税率约为9％，除京畿皇庄外，全国各地都要交纳。
由此额外征银520万两，但仅够支付辽东一边18万军队和9万战马的费用，而无法顾及九边
中的其余八边。此后几年中，整个边地军费仍在持续增长。
米价也不断上升。从1520年到1620年，米价翻了一倍；从1620年到1644年，又上涨了20％。
1630年，明朝又提高了辽饷税率，向全国特别是江南地区进一步搜刮，但仍入不敷出。